【摘要】：精神分裂癥是一種普遍存在的精神疾病，，在人群中的患病率約為1％，具有顯著的家族聚集性。當(dāng)前精神分裂癥病因假說認(rèn)為眾多微效基因的相互作用以及與環(huán)境因素的作用導(dǎo)致了疾病的發(fā)生。連鎖和關(guān)聯(lián)策略均被應(yīng)用到精神分裂癥易感基因的研究中，尋找可能致病的基因組變異。藥理學(xué)、神經(jīng)化學(xué)和臨床研究都提供了一些精神分裂癥的易感位點(diǎn)。為了適應(yīng)精神分裂癥易感基因系統(tǒng)研究的需求，我們構(gòu)建了精神分裂癥相關(guān)基因的變異數(shù)據(jù)庫VSD(a Database for Schizophrenia related genes focusing on Variations)，VSD致力于收錄易感基因的變異信息。 收錄的易感基因大部分是神經(jīng)遞質(zhì)受體、神經(jīng)遞質(zhì)載體和參與神經(jīng)遞質(zhì)代謝的酶。變異信息主要從公共的突變和多態(tài)數(shù)據(jù)庫中獲取，比如OMIM(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim)、dbSNP(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP)和HGVbase(http://hgvbase.cgr.ki.se)，多態(tài)數(shù)據(jù)均歸于不同的基因位點(diǎn)。除此之外，VSD還提供了基因信息、酶和其它生物學(xué)信息。 另外，VSD有別于現(xiàn)有的其他變異數(shù)據(jù)庫的主要特點(diǎn)是：一是在基因組、mRNAs和蛋白質(zhì)三個(gè)水平上定位了變異；二是分析了可能影響蛋白質(zhì)功能的非同義單核苷酸多態(tài)性變異(nonsynonymous SNP，nsSNPs)。分別敘述如下： (1)由于NCBI的RefSeq(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq.html)數(shù)據(jù)庫為基因組、mRNAs和蛋白質(zhì)提供了標(biāo)準(zhǔn)的參考序列，使得定位變異和基于基因的查詢成為可能。VSD便利用了這個(gè)高度引用的和非冗余的資源，來重新編排精神分裂癥相關(guān)基因的變異，將基因變異歸于不同的基因位點(diǎn)，并以參考序列為標(biāo)準(zhǔn)在基因組、mRNAs和蛋白質(zhì)三個(gè)水平上確定和定位變異位點(diǎn)。 (2)為了使易感基因的研究更有目的性，一個(gè)可行的策略是選擇那些可能影響蛋白質(zhì)功能的SNPs來檢驗(yàn)這些SNPs和疾病之間的關(guān)聯(lián)。很顯然，那些位于編碼區(qū)并引起氨基酸改變的nsSNPs會(huì)引起我們的興趣。一個(gè)在蛋白質(zhì)功能和nsSNPs之間的關(guān)聯(lián)信息將會(huì)使我們有目的地選擇進(jìn)行關(guān)聯(lián)研究的目標(biāo)nsSNPs。在本研究中，我們比較了變異和蛋白質(zhì)功能區(qū)域的位置，找出那些位于蛋白質(zhì)重要特征中的nsSNPs，
【圖文】：

來自swlss一PRoT的蛋白特征信息表(sptbale)、酶信息表(enz卿et曲le)、化合物信息表(ocmPoundtbal)e和代謝通路信息表(pahtwyatbale)等9個(gè)實(shí)體表，詳見圖3�；虻木C合信息表(geneinof)重要收集了基因的相關(guān)鏈接。包括:對(duì)應(yīng)的LoekuLikn的10號(hào)(Loeus)、對(duì)應(yīng)的UniGene的xD號(hào)(unigene)、基因在基因組上的定位(gneome)、正鏈或負(fù)鏈(srtnad)、所在染色體位置(hcrom)、基因名稱(nmae)、基因全名(nfmae)、對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(rtnas)、對(duì)應(yīng)的參考序列訪問號(hào)(gbesgene)還有對(duì)應(yīng)的swlsS一PRoT、oDB、Enz卿e、oMIM、oneeeard、KEGo和pubMEd各數(shù)據(jù)庫的ID號(hào)。主碼為LocukLikn的DI號(hào)(Locus)。參考序列數(shù)據(jù)表(ersfqetbale)包含了11項(xiàng)屬性:參考序列的訪問號(hào)(er--fGB)、參考序列的類型(ytpe)、對(duì)應(yīng)的LocukLikn的ID號(hào)(Locus)、染色體定位(ergino)、對(duì)應(yīng)的基因或蛋白質(zhì)名稱(nmae)、版本號(hào)(version)、基因或蛋白質(zhì)的定義(definition)、參考序列的長度(sqelne)、序列的來源(osuree)、序列所具有的特征(efuarte)和具體序列(sqe)。以參考序列的訪問號(hào)(er--fGB)作為主碼。單核普酸多態(tài)性信息表(SNPtbale)主要收集了各基因相關(guān)的SNPs的信息。每一條NSP數(shù)據(jù)包含了:對(duì)應(yīng)的bdSNP的DI號(hào)(er盡bSNP)、所在基因?qū)?yīng)的LocusLikn的ID號(hào)(loeus)、對(duì)應(yīng)的參考eoniig(eontig)、在參考eontig上的位置(eonii即05)、SNP的雜合度(hetero)、等位點(diǎn)(allele)、SNP所在的基因功能區(qū)域(九ntlon)?

(三)根據(jù)染色體位置的圖像進(jìn)行查詢還能根據(jù)染色體位置的圖像進(jìn)行查詢。染色體位置查詢可以通過點(diǎn)擊不同的染色體得到位于這條染色體上的易感基因信息。如圖14顯示的是2號(hào)染色體上的13個(gè)基因列表。在圖的左邊，是2號(hào)染色體的圖譜，右邊列出了13個(gè)基因的基因名、基因的功能描述以及染色體位置。通過點(diǎn)擊感興趣的基因，使用者可以得到關(guān)于這個(gè)基因位點(diǎn)的信息繼而多態(tài)信息。Total13genesonChromosome圖14分布在第2號(hào)染色體上的13個(gè)精神分裂癥相關(guān)基因圖中給出了2號(hào)染色體的圖譜和這13個(gè)基因的基因名(nam)e、基因的功能描述(descrPitino)以及染色體位置(position)。
【學(xué)位授予單位】：中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2003
【分類號(hào)】：R749.3

【參考文獻(xiàn)】

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1 張其鵬,張丹,劉貝,朱曉華,盧銘,陳光慧,尚彤,湯建;高血壓相關(guān)基因和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的初構(gòu)[J];北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2002年02期

2 張其鵬,張丹,劉貝,朱曉華,盧銘,陳光慧,尚彤,湯健;心力衰竭相關(guān)基因和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的初構(gòu)[J];北京大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2002年03期

本文編號(hào)：2595999