基于炎癥反應(yīng)的阿爾茨海默癥基因通路研究
本文選題:阿爾茨海默癥 切入點(diǎn):基因表達(dá)數(shù)據(jù) 出處:《安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)》2014年11期 論文類型:期刊論文
【摘要】:目的融合基因表達(dá)數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)交互作用數(shù)據(jù)(PPI),同時(shí)考慮到炎癥反應(yīng)是阿爾茨海默癥(AD)核心病理機(jī)制之一,構(gòu)建基于炎癥因子核因子-κB(NF-κB)的AD相關(guān)信號(hào)傳導(dǎo)通路。方法首先,使用線性回歸模型進(jìn)行顯著基因提取;然后,使用整數(shù)線性規(guī)劃方法(ILP)融合基因表達(dá)數(shù)據(jù)和PPI數(shù)據(jù),構(gòu)建信號(hào)傳導(dǎo)通路。結(jié)果得到以NF-κB為起點(diǎn)的預(yù)測(cè)通路,通路中包含6個(gè)已確定的AD致病基因,并探尋出與AD密切相關(guān)的T/B細(xì)胞受體信號(hào)通路,發(fā)現(xiàn)多個(gè)與炎癥相關(guān)的基因。結(jié)論證明炎癥反應(yīng)是AD產(chǎn)生和發(fā)展的重要因素之一。
[Abstract]:Objective to construct an AD related signal transduction pathway based on inflammatory factor-魏-魏 B (NF-魏 B), considering that inflammatory response is one of the core pathological mechanisms of Alzheimer's disease (AD) by fusion of gene expression data and protein interaction data. Using linear regression model to extract significant genes, then using integer linear programming (ILP) to fuse gene expression data with PPI data to construct signal transduction pathway. There are six identified AD pathogenetic genes in the pathway, and the T / B cell receptor signaling pathway closely related to AD has been found, and many genes related to inflammation have been found. Conclusion the inflammatory reaction is one of the important factors in the production and development of AD.
【作者單位】: 上海海事大學(xué)信息工程學(xué)院;美國(guó)羅文大學(xué)生物化學(xué)系;
【基金】:國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):61271446、61003093) 上海市科委青年科技啟明星計(jì)劃(A類)(編號(hào):11QA1402900)
【分類號(hào)】:R749.16
【參考文獻(xiàn)】
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【共引文獻(xiàn)】
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