小鼠TBI后腦細(xì)胞間隙外泌體長(zhǎng)非編碼RNA的表達(dá)及l(fā)ncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)分析
發(fā)布時(shí)間:2022-08-10 18:43
目的:應(yīng)用高通量全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)分析小鼠創(chuàng)傷性腦損傷(Traumatic Brain Injury,TBI)后腦細(xì)胞間隙外泌體中長(zhǎng)非編碼RNA(lncRNA)表達(dá)的變化。運(yùn)用生物信息學(xué)方法分析差異性表達(dá)lncRNA,并構(gòu)建lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò),闡明腦細(xì)胞間隙外泌體攜帶的lncRNA是如何調(diào)控TBI發(fā)生發(fā)展的,為T(mén)BI臨床診斷提供新的分子標(biāo)記物及為T(mén)BI的治療提供新策略。方法:(1)建立外泌體分離方法:采用木瓜蛋白酶消化法結(jié)合外泌體分離試劑盒分離小鼠腦細(xì)胞間隙外泌體,用磷鎢酸負(fù)染法利用透射電鏡觀察外泌體外觀,Western Blot鑒定外泌體標(biāo)志性蛋白CD63、TSG101和HSP70。(2)分組:24只C57BL/6小鼠隨機(jī)分為T(mén)BI組和Sham組。(3)RNA高通量測(cè)序:提取總RNA,質(zhì)控;去除核糖體RNA(rRNA),構(gòu)建RNA文庫(kù)并進(jìn)行文庫(kù)質(zhì)控;全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)lncRNA、miRNA和mRNA進(jìn)行檢測(cè)、鑒定及注釋;對(duì)差異表達(dá)的lncRNA、miRNA和mRNA進(jìn)行篩選。(4)驗(yàn)證RNA高通量測(cè)序結(jié)果:隨機(jī)選擇5個(gè)差異表達(dá)的lncRNA、miRNA和mRNA,并...
【文章頁(yè)數(shù)】:159 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
縮略語(yǔ)/符號(hào)說(shuō)明
前言
研究現(xiàn)狀、成果
研究目的、方法
一、腦細(xì)胞間隙外泌體的分離與鑒定
1.1 對(duì)象和方法
1.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
1.1.2 主要儀器
1.1.3 主要試劑
1.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
1.2 結(jié)果
1.2.1 透射電鏡下外泌體的形態(tài)學(xué)鑒定
1.2.2 Western Blot鑒定外泌體的表面標(biāo)志物
1.3 討論
1.3.1 外泌體的分離
1.3.2 外泌體的鑒定
1.3.3 TBI與外泌體
1.4 小結(jié)
二、小鼠TBI后腦細(xì)胞間隙外泌體中l(wèi)ncRNA表達(dá)的變化
2.1 對(duì)象和方法
2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
2.1.2 主要儀器
2.1.3 主要試劑
2.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
2.1.5 統(tǒng)計(jì)分析
2.2 結(jié)果
2.2.1 RNA質(zhì)控
2.2.2 RNA文庫(kù)質(zhì)控
2.2.3 RNA測(cè)序結(jié)果以及差異表達(dá)RNA的鑒定
2.2.4 方法學(xué)驗(yàn)證:實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證RNA結(jié)果
2.3 討論
2.3.1 小鼠TBI模型的建立
2.3.2 lncRNA測(cè)序
2.4 小結(jié)
三、小鼠TBI后外泌體中差異表達(dá)的lncRNA的生物信息學(xué)分析
3.1 對(duì)象和方法
3.1.1 實(shí)驗(yàn)方法
3.2 結(jié)果
3.2.1 差異表達(dá)lnc RNA的 GO富集結(jié)果
3.2.2 差異表達(dá)lnc RNA的 KEGG信號(hào)通路分析結(jié)果
3.2.3 lncRNA-miRNA-mRNA相互作用預(yù)測(cè)
3.3 討論
3.3.1 GO分析
3.3.2 KEGG通路分析
3.3.3 lncRNA-miRNA-mRNA的相互作用
3.4 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
發(fā)表論文和參加科研情況說(shuō)明
附錄
綜述 長(zhǎng)非編碼RNA在中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病的作用
綜述參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy: From genetics to diagnostic and therapeutic challenges[J]. Bruno Pinamonti,Francesca Brun,Luisa Mestroni,Gianfranco Sinagra. World Journal of Cardiology. 2014(12)
本文編號(hào):3674158
【文章頁(yè)數(shù)】:159 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
縮略語(yǔ)/符號(hào)說(shuō)明
前言
研究現(xiàn)狀、成果
研究目的、方法
一、腦細(xì)胞間隙外泌體的分離與鑒定
1.1 對(duì)象和方法
1.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
1.1.2 主要儀器
1.1.3 主要試劑
1.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
1.2 結(jié)果
1.2.1 透射電鏡下外泌體的形態(tài)學(xué)鑒定
1.2.2 Western Blot鑒定外泌體的表面標(biāo)志物
1.3 討論
1.3.1 外泌體的分離
1.3.2 外泌體的鑒定
1.3.3 TBI與外泌體
1.4 小結(jié)
二、小鼠TBI后腦細(xì)胞間隙外泌體中l(wèi)ncRNA表達(dá)的變化
2.1 對(duì)象和方法
2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
2.1.2 主要儀器
2.1.3 主要試劑
2.1.4 實(shí)驗(yàn)方法
2.1.5 統(tǒng)計(jì)分析
2.2 結(jié)果
2.2.1 RNA質(zhì)控
2.2.2 RNA文庫(kù)質(zhì)控
2.2.3 RNA測(cè)序結(jié)果以及差異表達(dá)RNA的鑒定
2.2.4 方法學(xué)驗(yàn)證:實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證RNA結(jié)果
2.3 討論
2.3.1 小鼠TBI模型的建立
2.3.2 lncRNA測(cè)序
2.4 小結(jié)
三、小鼠TBI后外泌體中差異表達(dá)的lncRNA的生物信息學(xué)分析
3.1 對(duì)象和方法
3.1.1 實(shí)驗(yàn)方法
3.2 結(jié)果
3.2.1 差異表達(dá)lnc RNA的 GO富集結(jié)果
3.2.2 差異表達(dá)lnc RNA的 KEGG信號(hào)通路分析結(jié)果
3.2.3 lncRNA-miRNA-mRNA相互作用預(yù)測(cè)
3.3 討論
3.3.1 GO分析
3.3.2 KEGG通路分析
3.3.3 lncRNA-miRNA-mRNA的相互作用
3.4 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
發(fā)表論文和參加科研情況說(shuō)明
附錄
綜述 長(zhǎng)非編碼RNA在中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病的作用
綜述參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy: From genetics to diagnostic and therapeutic challenges[J]. Bruno Pinamonti,Francesca Brun,Luisa Mestroni,Gianfranco Sinagra. World Journal of Cardiology. 2014(12)
本文編號(hào):3674158
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