本文關(guān)鍵詞：云南鼠疫耶爾森氏菌12mDa質(zhì)粒的分離、序列測(cè)定及生物信息學(xué)分析

  更多相關(guān)文章： 云南 鼠疫 爾森 氏菌 12mDa 質(zhì)粒 分離 序列 測(cè)定 生物 信息 分析

【摘要】：目的:云南省鼠疫菌特有質(zhì)粒分離、回收、序列測(cè)定及生物信息學(xué)分析,探索云南特有質(zhì)粒的功能及其生物學(xué)意義。方法:1.使用耶爾森選擇培養(yǎng)基復(fù)蘇含有特有質(zhì)粒的鼠疫菌株,并擴(kuò)大培養(yǎng)。2.分別使用試劑盒法和改良?jí)A裂法從鼠疫菌中提取質(zhì)粒,并通過(guò)瓊脂糖電泳進(jìn)行質(zhì)粒分離。3.對(duì)特有質(zhì)粒進(jìn)行切膠,并分別使用試劑盒法、冰凍擠壓法、塑料纖維法、透析膜法、挖槽法、電洗脫法、低熔點(diǎn)瓊制糖回收和溶膠后飽和酚抽提進(jìn)行膠回收實(shí)驗(yàn)。4.對(duì)回收成功的質(zhì)粒進(jìn)行序列測(cè)定。5.對(duì)序列進(jìn)行基因組組分分析、基因預(yù)測(cè)及注釋、比較基因組分析。結(jié)果:1.成功復(fù)蘇四株含有鼠疫特有質(zhì)粒的菌株341、611、1247、2179號(hào),經(jīng)兩代培養(yǎng)后活性良好,質(zhì)粒穩(wěn)定傳代。2.試劑盒法和堿裂法均可提取到鼠疫菌質(zhì)粒。其中試劑盒法適合較小質(zhì)�；厥�,得到樣品濃度很高、質(zhì)粒譜完整;但大質(zhì)粒(65m Da)條帶不清晰。堿裂法獲得質(zhì)粒濃度較高,條帶分離清晰,但不完整,缺失36m Da質(zhì)粒。綜合考慮,確定2179號(hào)鼠疫菌采用試劑盒法,而341、611、1247號(hào)鼠疫菌采用堿裂法。3.試劑盒法成功回收到了達(dá)到了測(cè)序要求的12m Da的質(zhì)粒的樣品。4.12m Da質(zhì)粒樣品成功進(jìn)行了文庫(kù)制備及上機(jī)測(cè)序,共產(chǎn)出10Mb數(shù)據(jù)�；跍y(cè)序數(shù)據(jù)組裝得到該質(zhì)粒為環(huán)狀完整質(zhì)粒,基因組大小為16465 bp,GC含量47.9%,共1個(gè)Scaffold,1個(gè)Contig,屬于完成圖。5.12m Da質(zhì)�；蚪M含有25個(gè)ORFs,總長(zhǎng)度為13662bp,平均長(zhǎng)度546bp,占基因組全長(zhǎng)的82.98%。通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)獲得的ORFs進(jìn)行功能注釋,在所有預(yù)測(cè)的ORFs中,13個(gè)(52%)ORFs可以被注釋。發(fā)現(xiàn)12m Da質(zhì)粒包含鼠疫菌常規(guī)質(zhì)粒p PCP的pla和pst基因。注釋了其中的轉(zhuǎn)座因子,包含插入序列IS100和表達(dá)砷抗性的轉(zhuǎn)座子。6.綜合BLASTn和MUMmer軟件分析的結(jié)構(gòu)變異結(jié)果,確定這個(gè)12m Da質(zhì)粒由常規(guī)鼠疫菌質(zhì)粒p PCP獲得插入序列和轉(zhuǎn)座子而來(lái)。與JAVA9鼠疫菌中的12m Da質(zhì)粒僅有一段基因的差異,這段基因編碼轉(zhuǎn)座酶滅活衍生物L(fēng)。7.利用MEGA6軟件制作了系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和一致樹(shù)。使用MUMmer軟件進(jìn)行了12m Da質(zhì)粒和其他p PCP質(zhì)粒間的基因共線(xiàn)性同源比對(duì),并按照一定的方向?qū)Ρ葘?duì)結(jié)果進(jìn)行可視化排序。結(jié)論完成了云南省鼠疫耶爾森菌所特有的12m Da質(zhì)粒的制備、測(cè)序及生物信息學(xué)分析,確定這個(gè)12m Da質(zhì)粒由常規(guī)鼠疫菌質(zhì)粒p PCP獲得插入序列和表達(dá)砷抗性轉(zhuǎn)座子而來(lái)。
【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：大理大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：R378
【目錄】：

• 英文縮略詞4-5
• 中文摘要5-7
• 英文摘要7-9
• 前言9-12
• 第一章 特殊質(zhì)粒的電泳分離12-20
• 引言12-13
• 實(shí)驗(yàn)技術(shù)路線(xiàn)13-14
• 1 材料與方法14-16
• 2 結(jié)果和討論16-20
• 第二章 膠回收及膠回收方法比較20-30
• 引言20
• 1 材料與方法20-25
• 2 結(jié)果與討論25-29
• 3 討論29-30
• 第三章 12mDa質(zhì)粒測(cè)序及生物信息學(xué)分析30-46
• 引言30-31
• 測(cè)序?qū)嶒?yàn)技術(shù)路線(xiàn)31-32
• 生物信息分析路線(xiàn)32-33
• 1 材料與方法33-34
• 2.方法34-35
• 3.結(jié)果與討論35-43
• 4 討論43-46
• 小結(jié)46-47
• 參考文獻(xiàn)47-50
• 綜述50-57
• 參考文獻(xiàn)55-57
• 致謝57

，

本文編號(hào)：935897