【目的】創(chuàng)傷弧菌是致死率最高的弧菌物種,但目前尚無(wú)在全基因組層面挖掘毒力相關(guān)因子的研究。本研究以創(chuàng)傷弧菌分離來(lái)源(臨床和環(huán)境)作為不同表型,通過(guò)與260株基因組序列進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,挖掘毒力相關(guān)因子,從而進(jìn)一步了解創(chuàng)傷弧菌致病因素。【方法】對(duì)139株創(chuàng)傷弧菌分離株進(jìn)行高通量測(cè)序,獲取其全基因組序列;與公共數(shù)據(jù)庫(kù)已公開(kāi)發(fā)表的121株基因組整合,使用pyseer軟件進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,對(duì)與不同分離來(lái)源顯著相關(guān)的基因進(jìn)行注釋和解讀�！窘Y(jié)果】共發(fā)現(xiàn)11個(gè)基因與臨床分離株顯著相關(guān),其中9個(gè)是本研究新發(fā)現(xiàn)的創(chuàng)傷弧菌潛在毒力相關(guān)因子�！窘Y(jié)論】本研究使用群體基因組學(xué)和統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)方法,在全基因組范圍掃描挖掘了創(chuàng)傷弧菌毒力相關(guān)因子,為深入揭示該物種致病機(jī)制、設(shè)計(jì)新的疫苗和治療靶點(diǎn)提供了重要依據(jù)。

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【部分圖文】：

圖1.種群結(jié)構(gòu)圖

目前應(yīng)用最為廣泛的毒力因子數(shù)據(jù)庫(kù)是劉波等在2005年建立的VFDB數(shù)據(jù)庫(kù)，我們?cè)谠摂?shù)據(jù)庫(kù)的核心庫(kù)(setA，僅包含經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證過(guò)的毒力基因)中，共找到226個(gè)存在等位基因的毒力因子。另外，我們通過(guò)文獻(xiàn)調(diào)研找到56個(gè)其他的毒力因子。使用x2檢驗(yàn)來(lái)計(jì)算282個(gè)已知毒力因子在創(chuàng)傷弧菌環(huán)....

圖2.菌株來(lái)源(環(huán)境/臨床)與菌株SNPs/Gene/Kmers位點(diǎn)BGWAS分析的Manhattan圖

為全面挖掘創(chuàng)傷弧菌毒力相關(guān)元件，我們應(yīng)用BGWAS方法，分別從SNPs、基因獲得缺失和Kmers三個(gè)不同水平，在全基因組范圍對(duì)260株創(chuàng)傷弧菌的分離來(lái)源表型與基因型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，檢測(cè)臨床菌株中的特異性遺傳元件。為降低假陽(yáng)性率，我們結(jié)合先驗(yàn)知識(shí)，采用嚴(yán)格閾值對(duì)分析結(jié)果進(jìn)行判定，即僅....

本文編號(hào)：4038281