新型冠狀病毒肺炎目前已進(jìn)入全球大流行狀態(tài),多個(gè)國家出現(xiàn)疫情爆發(fā)。美國疾病管制局期刊《新興傳染病》發(fā)表的關(guān)于新型冠狀病毒的最新研究結(jié)論顯示,新型冠狀病毒基本傳染數(shù)R0的中位數(shù)高達(dá)5.7,這意味著在未來較長時(shí)間內(nèi)新型冠狀病毒可能會在人群中持續(xù)傳播并發(fā)生變異。在這一背景下,如何監(jiān)視病毒的變異,對于冠狀病毒的研究和藥物研發(fā)具有重要意義。本文基于來自GISAID的病毒基因組序列數(shù)據(jù),設(shè)計(jì)和實(shí)現(xiàn)了新型冠狀病毒變異時(shí)空分析系統(tǒng)。該系統(tǒng)可對來自不同國家和地區(qū)的新型冠狀病毒序列數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì),對病毒序列在不同時(shí)間、不同空間內(nèi)的變異情況進(jìn)行分析和可視化,同時(shí)還支持不同序列之間的差異比對。該系統(tǒng)可為新型冠狀病毒肺炎的研究和政府的疾病控制機(jī)構(gòu)的決策提供支持。 

【文章來源】：生物信息學(xué). 2020,18(02)

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

在選擇位點(diǎn)之間的變異病毒株數(shù)分布

圖5 在選擇位點(diǎn)之間的變異病毒株數(shù)分布圖5展示了用戶選定的目標(biāo)序列集合與基準(zhǔn)序列相比,具有不同變異位點(diǎn)數(shù)的病毒株數(shù)分布。除具有不同變異頻數(shù)的病毒株數(shù)分布統(tǒng)計(jì)(見圖5)之外,系統(tǒng)還會對病毒序列在不同時(shí)間和地區(qū)的平均變異率做統(tǒng)計(jì)(見圖6)。該功能模塊會將所有序列按照國家進(jìn)行分組,每一組用不同的顏色加以區(qū)分,組內(nèi)序列按照采樣時(shí)間進(jìn)行排序,給出所在地區(qū)在每一個(gè)采樣日的平均變異率(每一個(gè)采樣日內(nèi),對所在地區(qū)當(dāng)天采樣的所有病毒序列的變異率求取平均值)。該柱狀圖可以直觀地展示某一地區(qū)內(nèi)病毒序列的變異率隨著時(shí)間遞增的變化情況。

與病毒序列變異統(tǒng)計(jì)模塊的參數(shù)面板相比,圖7所示的參數(shù)面板具有更豐富的選項(xiàng),包括標(biāo)準(zhǔn)序列、要分析的時(shí)間區(qū)間(以采樣時(shí)間為準(zhǔn))、要分析的地域(以采樣地域?yàn)闇?zhǔn),可選擇全世界的不同國家,也可以選擇全國的不同省份)。在提交參數(shù)選項(xiàng)之后,系統(tǒng)會給出兩個(gè)分析結(jié)果圖,如圖8和圖9所示。圖8 不同時(shí)間下各地區(qū)的變異率

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission[J]. Xintian Xu,Ping Chen,Jingfang Wang,Jiannan Feng,Hui Zhou,Xuan Li,Wu Zhong,Pei Hao.  Science China（Life Sciences）. 2020(03)
[2]基于Spring MVC及MyBatis的Web應(yīng)用框架研究[J]. 徐雯,高建華.  微型電腦應(yīng)用. 2012(07)



本文編號：3501869