本文關(guān)鍵詞：白假絲酵母菌CA6184全基因組測(cè)序及分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：白假絲酵母菌(Candida albicans)是一種重要的條件致病性真菌,該菌廣泛存在于自然界,也存在于人口腔,上呼吸道,腸道及陰道。當(dāng)機(jī)體免疫功能受損時(shí),可引起鵝口瘡、陰道炎等疾病,是系統(tǒng)性真菌感染的主要病原體之一。近年來,隨著大劑量的抗生素、激素、免疫抑制劑的使用及器官移植術(shù)的開展,系統(tǒng)性真菌感染發(fā)病率及耐藥率也逐年增高,并可造成危及生命的嚴(yán)重后果。目前白假絲酵母菌的致病相關(guān)等機(jī)制尚不明確,治療手段及預(yù)防技術(shù)發(fā)展緩慢。白假絲酵母菌已知的致病因子包括分泌蛋白、酯酶、粘附因子等,目前公布的兩株白假絲酵母菌全基因組序列不能滿足我們從全基因組水平解釋白假絲酵母的致病特征及耐藥機(jī)制。因此,為了更全面的研究白假絲酵母菌的遺傳變異規(guī)律及致病因子,我們進(jìn)行了中國(guó)第一株白假絲酵母菌的全基因組測(cè)序及分析。我們首先通過RAPD分型選擇一株白假絲酵母菌臨床分離株CA6184,通過擴(kuò)增其18S r DNA并進(jìn)行測(cè)序、對(duì)比,確定該分離株種屬特性。其次驗(yàn)證了其對(duì)常用抗真菌藥物的敏感性,發(fā)現(xiàn)其為常用抗真菌藥物敏感株。由于白假絲酵母菌基因組存在許多重復(fù)序列,難以分離穩(wěn)定的單倍體,我們結(jié)合第二代和第三代基因組測(cè)序技術(shù),對(duì)分離的白假絲酵母菌CA6184進(jìn)行了全基因組測(cè)序。CA6184基因組大小約為15.38Mb(megabase,Mb),GC含量為33.60%,Contig 50為833.4 Kb,測(cè)序深度最高達(dá)215×。我們完成了CA6184的編碼基因的注釋工作,對(duì)基因功能、基因本體論(Gene Ontology,GO)、信號(hào)通路等進(jìn)行了注釋,通過排除法分析了CA6184的理論分泌蛋白,并對(duì)理論分泌蛋白中的致病性可能相關(guān)基因做了歸納。利用比較基因組方法分析了白假絲酵母菌、釀酒酵母相關(guān)代謝基因,Pfam結(jié)構(gòu)域、轉(zhuǎn)錄因子,并對(duì)CA6184及釀酒酵母共有蛋白和白假絲酵母菌特有蛋白進(jìn)行了分析,發(fā)現(xiàn)共有蛋白2895個(gè)及CA6184特異蛋白408個(gè),特異蛋白中具有較多的粘附蛋白及應(yīng)激蛋白等。此外還對(duì)同種間3個(gè)白假絲酵母菌的共有蛋白和特異蛋白做了統(tǒng)計(jì),分析了致病因子在CA6184中的分布。本研究結(jié)合二代和三代基因組測(cè)序技術(shù),對(duì)白假絲酵母菌進(jìn)行了全基因組測(cè)序,為進(jìn)一步闡明白假絲酵母菌的致病機(jī)制及后續(xù)的轉(zhuǎn)錄組研究,打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：白假絲酵母菌 全基因組測(cè)序 比較基因組學(xué)
【學(xué)位授予單位】：南昌大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R379.9
【目錄】：

• 摘要3-5
• ABSTRACT5-9
• 英文縮略詞表9-10
• 第1章 引言10-16
• 1.1 真菌基因組的研究現(xiàn)狀10-14
• 1.1.1 白假絲酵母菌研究現(xiàn)狀10-11
• 1.1.2 白假絲酵母菌基因組研究現(xiàn)狀11-12
• 1.1.3 比較基因組研究現(xiàn)狀12-13
• 1.1.4 測(cè)序技術(shù)研究現(xiàn)狀13-14
• 1.2 本論文的研究意義14
• 1.3 本論文的研究?jī)?nèi)容14-16
• 第2章 材料與方法16-26
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料16-18
• 2.1.1 菌株16
• 2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑16
• 2.1.3 培養(yǎng)基的配制16-17
• 2.1.4 主要設(shè)備與儀器17-18
• 2.2 實(shí)驗(yàn)方法18-25
• 2.2.1 白假絲酵母菌藥物敏感性測(cè)定18-19
• 2.2.2 RAPD分型方法19
• 2.2.3 用于RAPD分型白假絲酵母菌DNA快速抽提19-20
• 2.2.4 測(cè)序基因組DNA制備20
• 2.2.5 完整性及純度驗(yàn)證20-21
• 2.2.6 文庫(kù)的制備21
• 2.2.7 二代測(cè)序21
• 2.2.8 三代測(cè)序21-22
• 2.2.9 基因組組裝概述22
• 2.2.10 基因預(yù)測(cè)22-23
• 2.2.11 GO注釋與KEGG通路分析23
• 2.2.12 基因組序列染色體定位23
• 2.2.13 InDels及SNPs分析23-24
• 2.2.14 分泌蛋白的預(yù)測(cè)24
• 2.2.15 比較基因組分析24-25
• 2.3 生物信息學(xué)分析軟件及數(shù)據(jù)庫(kù)25-26
• 第3章 結(jié)果與討論26-49
• 3.1 CA6184菌株基本情況26-28
• 3.1.1 CA6184為臨床常用抗真菌藥物敏感性菌株26-27
• 3.1.2 RAPD分型CA6184被分為I類27-28
• 3.2 CA6184測(cè)序結(jié)果28
• 3.3 CA6184組裝結(jié)果28-32
• 3.4 CA6184基因組32
• 3.5 基因預(yù)測(cè)32
• 3.6 基因功能注釋32-36
• 3.6.1 GO注釋32-34
• 3.6.2 KEGG通路統(tǒng)計(jì)34-36
• 3.7 基因組序列染色體定位36
• 3.8 SNPs和InDels分析36-38
• 3.9 預(yù)測(cè)分泌蛋白分析38-41
• 3.10 比較基因組學(xué)分析41
• 3.11 結(jié)構(gòu)域差異分析41-43
• 3.12 轉(zhuǎn)錄因子分析43-44
• 3.13 比較基因組分析CA6184與S288c共有蛋白44-46
• 3.14 白假絲酵母菌CA6184特有蛋白46-47
• 3.15 比較基因組分析白假絲酵母菌CA6184、SC5314及WO-147-49
• 3.15.1 CA6184特有蛋白功能分類統(tǒng)計(jì)48
• 3.15.2 致病因子分布統(tǒng)計(jì)48-49
• 第4章 結(jié)論與展望49-51
• 4.1 結(jié)論49
• 4.2 展望49-51
• 致謝51-52
• 參考文獻(xiàn)52-55
• 附錄55-59
• 攻讀學(xué)位期間的研究成果59-60
• 綜述60-63
• 參考文獻(xiàn)62-63

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 高碩;趙瑋;邱榮敏;林艷;;白假絲酵母菌分泌型天冬氨酸蛋白酶與重癥嬰幼兒齲的相關(guān)性[J];中華口腔醫(yī)學(xué)研究雜志(電子版);2010年05期

2 周笑梅;寧玉梅;;單味中藥抑制白假絲酵母菌作用的研究進(jìn)展[J];中華中醫(yī)藥學(xué)刊;2011年03期

3 張琳;孫s，

本文編號(hào)：341645