轉(zhuǎn)突變型A53Tα-突觸核蛋白基因的帕金森模型小鼠中腦的全基因組甲基化測序分析
發(fā)布時間:2020-12-12 18:30
【目的】研究帕金森氏。≒D)致病基因SNCA在A53T位置突變后對轉(zhuǎn)基因小鼠中腦多巴胺,神經(jīng)元DNA甲基化修飾的影響!痉椒ā糠謩e取轉(zhuǎn)突變的人源α-突觸核蛋白(hα-syn)即hA53Tα-syn基因小鼠和對照組小鼠的中腦組織,采用重亞硫酸鹽測序法(BS-seq)分別對12月齡的轉(zhuǎn)基因小鼠和非轉(zhuǎn)基因(nTg)小鼠進行全基因組甲基化分析,隨后篩選出差異甲基化區(qū)域(DMR)用于GO富集分析!窘Y(jié)果】通過對比分析,我們總計發(fā)現(xiàn)481個DMR,其中高甲基化與低甲基化DMR分別有257和224個,包括與泛素降解途徑相關(guān)的Ubqln2、HECTD4、Rnf157基因,絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶PINK1等基因。富集結(jié)果顯示,差異甲基化基因總共映射到545個GO子條目,且主要富集于解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育、樹突發(fā)育、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育、神經(jīng)元投射等條目!窘Y(jié)論】帕金森致病基因SNCA在A53T位置的突變可誘導(dǎo)小鼠中腦多巴胺神經(jīng)元DNA甲基化改變。
【文章來源】:中山大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2020年01期 北大核心
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
基因型鑒定結(jié)果
我們獲得了每個樣本的甲基化測序結(jié)果,染色體甲基化分布圖譜如圖2所示。對不同序列背景下mC的比例進行了統(tǒng)計,如表1所示,我們發(fā)現(xiàn)無論是Pitx3/A53T組(97.09%,n=2)還是nTg組(96.86%,n=2),mC都基本集中于mCG序列背景下。2.3 差異甲基化分析
差異甲基化基因映射到545個GO子條目(圖4)。如圖5,通過GO富集分析,我們發(fā)現(xiàn)DMR所在基因涉及到樹突發(fā)育、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育等功能;從細胞組成成分來看,差異甲基化基因的表達產(chǎn)物主要存在于樹突、神經(jīng)元投射纖維和細胞膜上。3 討論
本文編號:2913066
【文章來源】:中山大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2020年01期 北大核心
【文章頁數(shù)】:7 頁
【部分圖文】:
基因型鑒定結(jié)果
我們獲得了每個樣本的甲基化測序結(jié)果,染色體甲基化分布圖譜如圖2所示。對不同序列背景下mC的比例進行了統(tǒng)計,如表1所示,我們發(fā)現(xiàn)無論是Pitx3/A53T組(97.09%,n=2)還是nTg組(96.86%,n=2),mC都基本集中于mCG序列背景下。2.3 差異甲基化分析
差異甲基化基因映射到545個GO子條目(圖4)。如圖5,通過GO富集分析,我們發(fā)現(xiàn)DMR所在基因涉及到樹突發(fā)育、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育、神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育等功能;從細胞組成成分來看,差異甲基化基因的表達產(chǎn)物主要存在于樹突、神經(jīng)元投射纖維和細胞膜上。3 討論
本文編號:2913066
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