目的探討線粒體源外泌體基因參與肝細(xì)胞癌(HCC)病理過程的可能分子機(jī)制。方法通過RNA-seq和生物信息學(xué)手段,分析HCC中差異表達(dá)的線粒體源外泌體基因(DEMEs)及其生物學(xué)功能。結(jié)果 HCC組織中共鑒定出93個(gè)DEMEs,其中74個(gè)表達(dá)下調(diào),19個(gè)表達(dá)上調(diào)。表達(dá)下調(diào)的DEMEs經(jīng)功能富集,共富集到4個(gè)生物學(xué)過程(biological process,BP)、4個(gè)細(xì)胞組分(cellular component,CC)、2個(gè)分子活性(molecular function,MF)、1個(gè)信號通路(KEGG pathway,KG)和4個(gè)蛋白位點(diǎn)序列特征(UP_SEQ_FEATURE,US)。它們參與了氧化還原、脂質(zhì)代謝等過程,且大量DEMEs還具有線粒體轉(zhuǎn)運(yùn)肽功能。而上調(diào)表達(dá)的DEMEs,除了富集到1個(gè)CC,即線粒體組分,還發(fā)現(xiàn)其中一些參與了跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、對過氧化氫和對機(jī)械刺激的反應(yīng)過程,有些還具有轉(zhuǎn)移酶活性和ATP結(jié)合能力,并參與癌癥的發(fā)生和轉(zhuǎn)移等病理過程。結(jié)論線粒體源外泌體基因在HCC腫瘤組織與非腫瘤組織存在差異性表達(dá),生物信息學(xué)分析顯示這種差異性表達(dá)的基因涉及多個(gè)生物學(xué)過程,提示它們可能通過多種途徑影響HCC的發(fā)生。
【部分圖文】：

HCC中DEMEs編碼蛋白的互作關(guān)系

對篩選出的DEMEs通過DAVID 6.8軟件進(jìn)行了功能富集。其中,在HCC中下調(diào)表達(dá)的74個(gè)DEMEs共富集到4個(gè)BP、4個(gè)CC、2個(gè)MF、1個(gè)KG和4個(gè)US(圖1)。從BP可以看出,24個(gè)基因參與了氧化還原過程,16個(gè)基因參與了脂類代謝過程等。從MF可以看出,這些分子具有氧化還原酶活性和催化活性等。且表達(dá)下調(diào)的這74個(gè)DEMEs中,73個(gè)屬于線粒體組分,且其中31個(gè)具有線粒體轉(zhuǎn)運(yùn)肽功能。而表達(dá)上調(diào)的DEMEs,僅富集到了1個(gè)CC,即線粒體組分(見圖1)。另外,上調(diào)表達(dá)的DEMEs中,SFXN3、SLC25A24和SLC25A4 三個(gè)基因參與了跨膜轉(zhuǎn)運(yùn);SRC和MMP2兩個(gè)基因參與了對過氧化氫及對機(jī)械刺激的反應(yīng);RIPK3、ALDH18A1、OXCT1、PDSS1、AGPS和SRC等6個(gè)基因還具有轉(zhuǎn)移酶活性;RIPK3、SPATA5、ALDH18A1、RAD51、SRC等5個(gè)基因具有ATP結(jié)合能力。DEMEs編碼蛋白的互作關(guān)系見圖2。圖2 HCC中DEMEs編碼蛋白的互作關(guān)系
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