【摘要】：研究背景和目的人類免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)是一種單鏈RNA病毒,能夠引起人類獲得性免疫缺陷綜合征(Acquired immunodeficiency syndrome,AIDS),導(dǎo)致機體免疫功能的逐漸缺失而缺乏對外界病原體的抵抗,最終導(dǎo)致多種機會性病原體的共感染從而產(chǎn)生多重臨床癥狀直至死亡。HIV基因進化速率較高,很容易產(chǎn)生新的流行株和耐藥型,這使得臨床上對HIV感染者的治療產(chǎn)生了極大的阻礙。目前對HIV的基因分型、進化分析和耐藥性研究大多集中在住院AIDS患者中,對于獻血者人群中相應(yīng)的研究卻很少。因此本研究通過對中國無償獻血者中HIV的基因型、亞型分布與系統(tǒng)發(fā)育情況的調(diào)查,監(jiān)測獻血者人群中HIV的基因分子進化趨勢。同時了解獻血人群中HIV的耐藥性,希望為臨床上HIV感染者未來的治療和用藥趨勢做出指導(dǎo),起到早期準(zhǔn)備和研究的作用,也可以為耐藥性的流行和進化趨勢提供數(shù)據(jù)支持。此外,HIV的感染到發(fā)病是一個十分漫長的過程,在這個期間宿主的免疫功能逐漸下降,HIV感染致死的原因多是其他病原體的共感染。然而,目前國內(nèi)對于HIV共感染的研究都集中在醫(yī)院中,即已經(jīng)或即將發(fā)展為AIDS的患者,發(fā)現(xiàn)的共感染病原體主要為引起急性癥狀或致死率較高的病原體,很少有針對在HIV感染無癥狀期的共感染研究。因此本研究通過調(diào)查HIV感染的不同階段,在新近感染和既往感染以及艾滋病發(fā)病的樣本中,通過宏基因組檢測方法調(diào)查病原體的共感染情況。進而分析不同感染階段的感染者不同病原體的感染差異,通過比較可以為不同階段HIV感染者的治療和防護起到一定的指導(dǎo)作用。方法第一部分實驗:采集2015年8月到2017年2月國內(nèi)5個地區(qū)(重慶市、烏魯木齊、洛陽市、綿陽市和柳州)HIV感染的獻血者樣本,經(jīng)確證試驗抗-HIV 陽性血漿標(biāo)本共176(人)份。提取標(biāo)本的RNA后進行逆轉(zhuǎn)錄,接著進行巢式PCR對其HIV POL基因片段擴增并測序。將測序結(jié)果用MEGA 7.0軟件構(gòu)建HIV分子進化樹并對其做基因分型,在斯坦福大學(xué)的HIV耐藥基因分析庫中分析耐藥性。第二部分實驗:分別收集30例HIV既往感染樣本,新近感染樣本,艾滋病樣本和健康樣本(對照試驗)。混合10個樣品后進行進行超速離心富集DNA和RNA,將它們分別分成3組。在提取每組的總DNA和總RNA后,將RNA進行逆轉(zhuǎn)錄,以DNA和cDNA為模板進行隨機引物PCR,然后將產(chǎn)物進行高通量測序,將測序結(jié)果利用Kraken Py1.0進行物種分類,將分類后得到的數(shù)據(jù)Heml軟件進行聚類熱圖分析、Past軟件進行主成分分析。結(jié)果本組獻血者抗-HIV陽性血漿標(biāo)本獲得HIV POL基因片段成功擴增的比例為 44.3%(78/176),其中重慶為 37.8%(31/82)、烏魯木齊為 48.5%(16/33)、綿陽為71.43%(10/14)、洛陽為40%(4/10)、柳州為45.9%(18/37)。所有陽性PCR產(chǎn)物(HIV POL基因片段成功擴增的樣品)經(jīng)雙向測序后均獲得核苷酸序列,共檢測出 5 個 HIV 基因亞型:B 1.3%(1/78)、CRF07_BC 74.4%(58/78)、CRF01_AE 16.7%(13/78)、CRF08_BC5.1%(4/78)、CRF55_01B2.47%(2/78)。所有陽性 PCR 產(chǎn)物所得序列經(jīng)分析共檢測出7個(9.0%)耐藥性突變,包括4個PI accessory(3個Q58E、1個I84M)突變,2個NRTI(D67N)突變和1個NNRTI(V179E)突變。既往感染的154例(87.5%)與新近感染22個(12.5%)HIV,在基因型分布上沒有展現(xiàn)出明顯的差異性(P0.05)。使用Kraken Py 1.0分析5 GB整理后數(shù)據(jù)的物種多樣性。既往感染者樣本組的病原體總體數(shù)量和多樣性明顯高于其他三組�？傮w趨勢為HIV既往感染組新近感染組艾滋病發(fā)病組組對照組。主要的共感染細(xì)菌為:假單胞菌科和腸桿菌科的細(xì)菌。病毒主要為:逆轉(zhuǎn)率病毒,細(xì)小病毒,皰疹病毒,嗜肝DNA病毒,指環(huán)病毒,腺病毒等。結(jié)論我國獻血人群HIV基因亞型多樣性較強,以CRF07_BC為主;同時在本調(diào)查區(qū)域內(nèi)發(fā)現(xiàn)的CRF55_01B揭示HIV感染正由男同性戀高危人群向普通人群擴散。在HIV感染的不同階段,共感染病原體的數(shù)量和多樣性隨著感染過程的發(fā)展而增加;由于優(yōu)勢種的誕生,艾滋病患者組中共感染病原體的多樣性較低。
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R373
【圖文】：

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本文編號：2749530