小鼠全腦CRH神經(jīng)元的分布和統(tǒng)計(jì)分析研究
發(fā)布時(shí)間:2020-07-06 16:25
【摘要】:神經(jīng)元在大腦活動(dòng)中各司其職,依據(jù)其形態(tài)結(jié)構(gòu)或功能可劃分為不同類型。對(duì)特定類型神經(jīng)元分布的準(zhǔn)確和定量研究有助于深入理解大腦的結(jié)構(gòu)和功能。神經(jīng)元在全腦廣泛分布且各腦區(qū)的分布存在差異。然而,受研究方法限制,過去的神經(jīng)元分布研究主要集中在局部腦區(qū)或者僅得到定性描述的結(jié)果,研究范圍或準(zhǔn)確性都有限。近年來,基因標(biāo)記技術(shù)和顯微光學(xué)成像技術(shù)的發(fā)展為獲取全腦特異性標(biāo)記的神經(jīng)元數(shù)據(jù)提供了方法基礎(chǔ)。但是,全腦范圍特定類型神經(jīng)元分布統(tǒng)計(jì)研究仍然存在挑戰(zhàn):(1)神經(jīng)元識(shí)別是神經(jīng)元分布統(tǒng)計(jì)的基礎(chǔ),目前的神經(jīng)元識(shí)別方法難以適用于全腦復(fù)雜的數(shù)據(jù),(2)針對(duì)全腦范圍眾多腦區(qū)中神經(jīng)元分布的研究,缺少準(zhǔn)確的、高效的神經(jīng)元分布統(tǒng)計(jì)分析方案。基于全腦定位系統(tǒng)(Brain-wide positioning system,BPS)獲取的全腦數(shù)據(jù)集,本論文開展了促腎上腺皮質(zhì)激素釋放激素(Corticotropin-releasing hormone,CRH)神經(jīng)元全腦分布的研究。具體如下:(1)建立了可在全腦范圍識(shí)別CRH神經(jīng)元的方法。利用射線爆發(fā)算法提取了胞體和突起的形態(tài)特征,再利用支持向量機(jī)(Support vector machine,SVM)區(qū)分胞體和突起結(jié)構(gòu),構(gòu)建了能夠克服復(fù)雜的神經(jīng)元突起干擾的神經(jīng)元識(shí)別方法。本論文提出的神經(jīng)元識(shí)別方法的平均準(zhǔn)確率/召回率分別為94.0%/96.5%,優(yōu)于傳統(tǒng)的神經(jīng)元識(shí)別方法。另一方面,本論文結(jié)合數(shù)據(jù)分塊策略和并行優(yōu)化算法,實(shí)現(xiàn)了高效地識(shí)別全腦范圍的神經(jīng)元。并對(duì)4只CRH-IRES-Cre;Ai3小鼠腦中的CRH神經(jīng)元識(shí)別,統(tǒng)計(jì)了小鼠腦中CRH神經(jīng)元的數(shù)目為752,586±80,699個(gè)。(2)建立了可在全腦范圍統(tǒng)計(jì)CRH神經(jīng)元分布的方案。本論文將BPS獲取的碘化丙錠(Propidium iodide,PI)數(shù)據(jù)集與數(shù)字化圖譜進(jìn)行配準(zhǔn),利用圖譜的腦區(qū)矢量信息快速對(duì)PI數(shù)據(jù)集的腦區(qū)進(jìn)行初分割;然后利用細(xì)粒度配準(zhǔn)策略和PI數(shù)據(jù)集的細(xì)胞構(gòu)筑信息對(duì)初分割結(jié)果進(jìn)行修正,獲取了準(zhǔn)確的腦區(qū)分割結(jié)果。結(jié)合上述的全腦神經(jīng)元識(shí)別方法,構(gòu)建了全腦神經(jīng)元分布統(tǒng)計(jì)方案,并統(tǒng)計(jì)了小鼠腦各腦區(qū)中CRH神經(jīng)元的數(shù)目。統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明,CRH神經(jīng)元在全腦廣泛分布,特別地,整個(gè)皮層中都存在CRH神經(jīng)元的分布,而小腦中僅有極少的CRH神經(jīng)元。這些結(jié)果可以為理解腦中細(xì)胞類型提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。(3)定量地分析了全腦CRH神經(jīng)元的分布和胞體形態(tài)差異。利用上述分布統(tǒng)計(jì)結(jié)果,本論文進(jìn)一步對(duì)比分析了CRH-IRES-Cre;Ai3小鼠腦中CRH神經(jīng)元的分布,結(jié)果表明除了先前報(bào)道的中央杏仁核、下丘腦室旁核等存在密集的CRH神經(jīng)元外,在以往研究未關(guān)注的腦區(qū)如主嗅球、靠近丘腦中線的腦區(qū)、楔外核等也存在較密集的CRH神經(jīng)元。以上分布分析結(jié)果將有助于CRH神經(jīng)元功能的研究。此外,本論文還分析了不同腦區(qū)CRH神經(jīng)元胞體的形態(tài),其結(jié)果表明CRH神經(jīng)元胞體形態(tài)在不同腦區(qū)間或同一腦區(qū)內(nèi)都表現(xiàn)出多樣性。這些胞體形態(tài)分析結(jié)果可以為CRH神經(jīng)元亞型的發(fā)現(xiàn)提供參考。本論文建立了可統(tǒng)計(jì)分析小鼠腦中CRH神經(jīng)元分布的方法。同時(shí),該方法可用于其他類型神經(jīng)元分布的研究,甚至適用于其他哺乳動(dòng)物腦中特定類型神經(jīng)元分布的研究。這些統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果能夠幫助人們提高對(duì)腦中細(xì)胞類型的理解和深入腦功能的研究。
【學(xué)位授予單位】:華中科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:R338
【圖文】:
[4]。一個(gè)典型的神經(jīng)元由胞體、樹突和軸突組成,如圖1.1。胞體是神經(jīng)元的主體結(jié)構(gòu),負(fù)責(zé)整個(gè)神經(jīng)元的新陳代謝和功能活動(dòng)所需的物質(zhì)和能量來源。胞體的形狀類似球形或橢球形,其大小表現(xiàn)出多樣性。樹突和軸突都是從胞體結(jié)構(gòu)延伸出來的突起結(jié)構(gòu),但少數(shù)神經(jīng)元可能沒有樹突或軸突。樹突形態(tài)類似于樹形結(jié)構(gòu),主要負(fù)責(zé)接收來自上游神經(jīng)元的神經(jīng)沖動(dòng),并傳遞給胞體;軸突主要負(fù)責(zé)傳遞信號(hào)給下游神經(jīng)元,部分信號(hào)傳遞過程因?yàn)橄掠紊窠?jīng)元間隔遠(yuǎn),經(jīng)常需要跨越數(shù)個(gè)腦區(qū)。圖1.1 神經(jīng)元的基本結(jié)構(gòu)示意圖[5]。Fig 1.1 Basic structure of a neuron.
圖 1.2 依據(jù)神經(jīng)元形態(tài)特征進(jìn)行神經(jīng)元分類。(a)依據(jù)神經(jīng)元突起的數(shù)目進(jìn)行神經(jīng)元分類(改自文獻(xiàn)[6])。(a1-a4)分別表示單極性、雙極性、多極性細(xì)胞和假單極性神經(jīng)元。(b)依據(jù)突起形狀進(jìn)行神經(jīng)元的分類(摘自文獻(xiàn)[7])。(b1-b4)分別表示錐體細(xì)胞、籃狀細(xì)胞、浦肯野細(xì)胞以及吊燈細(xì)胞。Fig. 1.2 Classification of neurons according to the morphological characteristics of the neurons. (a)Classification of neurons based on the number of neurites. (a1-4) show a unipolar neuron, a bipolarneuron, a mutipolar neuron and a pseudounipolar neuron, respectively. (b) Classification of neuronsaccording to their shapes. (b1-4) show a pyramidal cell, a basket cell, a Purkinje cell and a chandeliercell, respectively.(1)依據(jù)神經(jīng)元形態(tài)的分類神經(jīng)元的胞體、樹突和軸突形態(tài)都表現(xiàn)出多樣性,類似形態(tài)的神經(jīng)元可能具有相近的連接或功能,因此神經(jīng)元的形態(tài)特征常作為神經(jīng)元分類的重要依據(jù)[8]。神經(jīng)元亞型的探索中主要用的樹突形態(tài)特征包括樹突的分支數(shù)量、長(zhǎng)度等,軸突的形態(tài)特征包括軸突的長(zhǎng)度、角度、投射終點(diǎn)所屬腦區(qū)等。例如,基于突起的數(shù)量可以將神
本論文圍繞全腦CRH神經(jīng)元的分布統(tǒng)計(jì)分析提出了全腦神經(jīng)元識(shí)別方法和全腦神經(jīng)元分布統(tǒng)計(jì)分析方案,并對(duì)鼠腦140多個(gè)腦區(qū)中的CRH神經(jīng)元的分布進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)和分析。圖1.3給出了本論文的研究?jī)?nèi)容。圖1.3 論文研究結(jié)構(gòu)圖。Fig. 1.3 Framework of research contents.各章節(jié)內(nèi)容簡(jiǎn)述如下:第一章 首先介紹了神經(jīng)元的基本結(jié)構(gòu)、神經(jīng)元分類方式以及從腦結(jié)構(gòu)、腦功能以及腦疾病三個(gè)方面闡述了特定類型神經(jīng)元分布研究的意義。然后說明了特定類型神經(jīng)元數(shù)據(jù)獲取方法、特定類型分布研究現(xiàn)狀、CRH神經(jīng)元分布研究現(xiàn)狀和神經(jīng)元分布研究方法的現(xiàn)狀。最后給出了全腦CRH神經(jīng)元分布研究中存在的挑戰(zhàn)以及本論文的研究?jī)?nèi)容。第二章 說明了本研究的數(shù)據(jù)來源和數(shù)據(jù)特征。利用CRH-Cre小鼠[16]和EYFP Ai3小鼠[95]構(gòu)建的CRH-IRES-Cre;Ai3小鼠實(shí)現(xiàn)CRH神經(jīng)元的特異性標(biāo)記,并利用免疫組化方法對(duì)標(biāo)記結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證,再利用BPS光學(xué)成像系統(tǒng)獲取了全腦CRH神經(jīng)元數(shù)據(jù)集和與其共定位的碘化丙錠(Propidium iodide, PI)數(shù)據(jù)集。另外,對(duì)BPS數(shù)據(jù)集的特征進(jìn)行分析,為后續(xù)方法的建立提供參考。第三章 基于支持向量機(jī)(Support vector machine, SVM)[96]提出了高魯棒性的神經(jīng)元識(shí)別方法。首先利用射線爆發(fā)算法[97]提取胞體結(jié)構(gòu)和神經(jīng)元突起結(jié)構(gòu)的形態(tài)特征,然后利用有監(jiān)督的SVM區(qū)分胞體結(jié)構(gòu)和神經(jīng)元突起結(jié)構(gòu),構(gòu)建了高魯棒性的神
本文編號(hào):2743866
【學(xué)位授予單位】:華中科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號(hào)】:R338
【圖文】:
[4]。一個(gè)典型的神經(jīng)元由胞體、樹突和軸突組成,如圖1.1。胞體是神經(jīng)元的主體結(jié)構(gòu),負(fù)責(zé)整個(gè)神經(jīng)元的新陳代謝和功能活動(dòng)所需的物質(zhì)和能量來源。胞體的形狀類似球形或橢球形,其大小表現(xiàn)出多樣性。樹突和軸突都是從胞體結(jié)構(gòu)延伸出來的突起結(jié)構(gòu),但少數(shù)神經(jīng)元可能沒有樹突或軸突。樹突形態(tài)類似于樹形結(jié)構(gòu),主要負(fù)責(zé)接收來自上游神經(jīng)元的神經(jīng)沖動(dòng),并傳遞給胞體;軸突主要負(fù)責(zé)傳遞信號(hào)給下游神經(jīng)元,部分信號(hào)傳遞過程因?yàn)橄掠紊窠?jīng)元間隔遠(yuǎn),經(jīng)常需要跨越數(shù)個(gè)腦區(qū)。圖1.1 神經(jīng)元的基本結(jié)構(gòu)示意圖[5]。Fig 1.1 Basic structure of a neuron.
圖 1.2 依據(jù)神經(jīng)元形態(tài)特征進(jìn)行神經(jīng)元分類。(a)依據(jù)神經(jīng)元突起的數(shù)目進(jìn)行神經(jīng)元分類(改自文獻(xiàn)[6])。(a1-a4)分別表示單極性、雙極性、多極性細(xì)胞和假單極性神經(jīng)元。(b)依據(jù)突起形狀進(jìn)行神經(jīng)元的分類(摘自文獻(xiàn)[7])。(b1-b4)分別表示錐體細(xì)胞、籃狀細(xì)胞、浦肯野細(xì)胞以及吊燈細(xì)胞。Fig. 1.2 Classification of neurons according to the morphological characteristics of the neurons. (a)Classification of neurons based on the number of neurites. (a1-4) show a unipolar neuron, a bipolarneuron, a mutipolar neuron and a pseudounipolar neuron, respectively. (b) Classification of neuronsaccording to their shapes. (b1-4) show a pyramidal cell, a basket cell, a Purkinje cell and a chandeliercell, respectively.(1)依據(jù)神經(jīng)元形態(tài)的分類神經(jīng)元的胞體、樹突和軸突形態(tài)都表現(xiàn)出多樣性,類似形態(tài)的神經(jīng)元可能具有相近的連接或功能,因此神經(jīng)元的形態(tài)特征常作為神經(jīng)元分類的重要依據(jù)[8]。神經(jīng)元亞型的探索中主要用的樹突形態(tài)特征包括樹突的分支數(shù)量、長(zhǎng)度等,軸突的形態(tài)特征包括軸突的長(zhǎng)度、角度、投射終點(diǎn)所屬腦區(qū)等。例如,基于突起的數(shù)量可以將神
本論文圍繞全腦CRH神經(jīng)元的分布統(tǒng)計(jì)分析提出了全腦神經(jīng)元識(shí)別方法和全腦神經(jīng)元分布統(tǒng)計(jì)分析方案,并對(duì)鼠腦140多個(gè)腦區(qū)中的CRH神經(jīng)元的分布進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)和分析。圖1.3給出了本論文的研究?jī)?nèi)容。圖1.3 論文研究結(jié)構(gòu)圖。Fig. 1.3 Framework of research contents.各章節(jié)內(nèi)容簡(jiǎn)述如下:第一章 首先介紹了神經(jīng)元的基本結(jié)構(gòu)、神經(jīng)元分類方式以及從腦結(jié)構(gòu)、腦功能以及腦疾病三個(gè)方面闡述了特定類型神經(jīng)元分布研究的意義。然后說明了特定類型神經(jīng)元數(shù)據(jù)獲取方法、特定類型分布研究現(xiàn)狀、CRH神經(jīng)元分布研究現(xiàn)狀和神經(jīng)元分布研究方法的現(xiàn)狀。最后給出了全腦CRH神經(jīng)元分布研究中存在的挑戰(zhàn)以及本論文的研究?jī)?nèi)容。第二章 說明了本研究的數(shù)據(jù)來源和數(shù)據(jù)特征。利用CRH-Cre小鼠[16]和EYFP Ai3小鼠[95]構(gòu)建的CRH-IRES-Cre;Ai3小鼠實(shí)現(xiàn)CRH神經(jīng)元的特異性標(biāo)記,并利用免疫組化方法對(duì)標(biāo)記結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證,再利用BPS光學(xué)成像系統(tǒng)獲取了全腦CRH神經(jīng)元數(shù)據(jù)集和與其共定位的碘化丙錠(Propidium iodide, PI)數(shù)據(jù)集。另外,對(duì)BPS數(shù)據(jù)集的特征進(jìn)行分析,為后續(xù)方法的建立提供參考。第三章 基于支持向量機(jī)(Support vector machine, SVM)[96]提出了高魯棒性的神經(jīng)元識(shí)別方法。首先利用射線爆發(fā)算法[97]提取胞體結(jié)構(gòu)和神經(jīng)元突起結(jié)構(gòu)的形態(tài)特征,然后利用有監(jiān)督的SVM區(qū)分胞體結(jié)構(gòu)和神經(jīng)元突起結(jié)構(gòu),構(gòu)建了高魯棒性的神
【參考文獻(xiàn)】
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1 李安安;龔輝;;光學(xué)顯微水平全腦成像方法的研究進(jìn)展[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2012年06期
本文編號(hào):2743866
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