【摘要】：B細(xì)胞表位是抗原能夠被B細(xì)胞抗體特異性識(shí)別與結(jié)合、發(fā)揮免疫作用的特殊部位,其準(zhǔn)確定位與分析對(duì)于免疫預(yù)防具有重要的研究?jī)r(jià)值。構(gòu)象性表位作為B細(xì)胞表位構(gòu)成的重要組成形態(tài),是B細(xì)胞表位研究的一個(gè)重要分支。隨著計(jì)算機(jī)技術(shù)的發(fā)展,如何通過(guò)計(jì)算機(jī)技術(shù),對(duì)大量的B細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行分析與表位預(yù)測(cè),提高B細(xì)胞表位定位的準(zhǔn)確率逐漸成為該領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。本論文以“人工智能算法在構(gòu)象性B細(xì)胞抗原表位預(yù)測(cè)中的應(yīng)用研究”課題為背景,以抗原抗體復(fù)合物為研究對(duì)象,提出了一種基于PLR_DPC算法的構(gòu)象性B細(xì)胞表位定位預(yù)測(cè)模型,以提高表位定位的準(zhǔn)確率;并在此基礎(chǔ)上實(shí)現(xiàn)了構(gòu)象性B細(xì)胞表位定位原型系統(tǒng)。主要研究?jī)?nèi)容包括:(1)抗原抗體復(fù)合物數(shù)據(jù)分析和預(yù)處理:抗原抗體復(fù)合物原始信息來(lái)源于蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)免疫表位數(shù)據(jù)庫(kù)獲取復(fù)合物表位信息,分析了構(gòu)象性B細(xì)胞表位的結(jié)構(gòu)和氨基酸特征,提取抗原表面殘基,并根據(jù)結(jié)構(gòu)和氨基酸特征的7個(gè)指標(biāo),對(duì)復(fù)合物抗原鏈數(shù)據(jù)進(jìn)行了數(shù)值轉(zhuǎn)換。(2)PLR_DPC構(gòu)象性B細(xì)胞表位定位模型和對(duì)比分析:重點(diǎn)研究了PLR、DPC算法,并將兩種算法相結(jié)合,構(gòu)建了PLR_DPC構(gòu)象性B細(xì)胞表位定位模型。采用PLR算法對(duì)數(shù)值特征進(jìn)行回歸擬合,確定各個(gè)特征指標(biāo)的權(quán)重值,并構(gòu)建加權(quán)圖;在此基礎(chǔ)上利用DPC對(duì)加權(quán)圖進(jìn)行區(qū)域劃分與表位的定位。同時(shí)利用驗(yàn)證集數(shù)據(jù)對(duì)算法模型的準(zhǔn)確性進(jìn)行評(píng)價(jià),并與Disco Tope2.0、PEPITO進(jìn)行對(duì)比分析。(3)構(gòu)象性B細(xì)胞表位定位原型系統(tǒng)設(shè)計(jì):利用Anaconda2、MATLAB等工具設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了構(gòu)象性B細(xì)胞表位定位原型系統(tǒng),實(shí)現(xiàn)了復(fù)合物單鏈坐標(biāo)數(shù)據(jù)提取、突出指數(shù)計(jì)算、可及性面積計(jì)算等特征提取功能,以及構(gòu)象性表位定位功能。
【學(xué)位授予單位】：石家莊鐵道大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類(lèi)號(hào)】：TP18;R392
【圖文】：

首頁(yè)如圖2-1 所示。PDB 檔案以每年近 10％的速度增長(zhǎng)，每天下載量>180 萬(wàn)個(gè)，從農(nóng)業(yè)到動(dòng)物學(xué)的學(xué)科領(lǐng)域，為近 100 萬(wàn)份已發(fā)表的研究論文提供了數(shù)據(jù)，它已經(jīng)成為生物學(xué)、分子化學(xué)、計(jì)算機(jī)學(xué)科的研究者的重要數(shù)據(jù)來(lái)源。每個(gè) PDB 條目都有由 4 個(gè)大寫(xiě)字母、數(shù)字字符組成字符串組成的 PDB_ID

字段 數(shù)據(jù)類(lèi)型 字段含義1 DBREF 表示此信息為交叉引用信息2 PDB_ID 復(fù)合物實(shí)體 ID3 chain 復(fù)合物多鏈信息4 seqBegin 鏈片段初始序列號(hào)5 seqEnd 鏈片段結(jié)束序列號(hào)6 database 序列數(shù)據(jù)庫(kù)名稱(chēng)7 dbAccession 序列數(shù)據(jù)庫(kù)記錄碼編號(hào)8 dbIdCode 序列數(shù)據(jù)庫(kù)識(shí)別碼編號(hào)9 dbseqBegin 序列起始序列號(hào)10 dbseqEnd 序列結(jié)束序列號(hào)如圖 2-2 所示是 PDB-ID 為 1EZV 的條目中各條鏈的交叉引用信息，A 鏈的第 27-456 個(gè)氨基酸與 UNIPROT 數(shù)據(jù)庫(kù)中登記碼為“P07256”的蛋白質(zhì)中的第27-457 個(gè)氨基酸的序列信息相同。

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本文編號(hào)：2723536