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基于全外顯子組測序的遼寧漢族成年人顱骨正常形態(tài)的關(guān)聯(lián)基因篩選

發(fā)布時間:2020-06-21 03:32
【摘要】:目的本研究通過采集遼寧漢族成年人顱骨CT數(shù)據(jù)和血液,獲取其顱骨形態(tài)數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù),將形態(tài)數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析后,得到變異的SNP位點。再通過Sanger測序?qū)ψ儺愇稽c進行檢測,篩選與顱骨正常形態(tài)關(guān)聯(lián)的基因,探討遼寧漢族成年人顱骨形態(tài),為以后顱骨形態(tài)的研究提供理論依據(jù)。方法采集50例受試者顱骨CT數(shù)據(jù)進行顱骨三維重建,經(jīng)幾何形態(tài)測量法獲取顱骨形態(tài)數(shù)據(jù),并采集其2ml血液提取DNA,運用全外顯子組測序技術(shù)獲取受試者基因型數(shù)據(jù),構(gòu)建混合線性模型計算形態(tài)與基因位點的關(guān)聯(lián)性,得到變異SNP位點,篩選出候選基因。通過Sanger測序?qū)ψ儺愇稽c進行SNP檢測,最終得出影響顱骨正常形態(tài)的關(guān)聯(lián)基因。結(jié)果1.顱骨形態(tài)數(shù)據(jù)與基因型數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:4個SNP位點與遼寧漢族成年人顱骨正常形態(tài)具有顯著關(guān)聯(lián)性(P1×10~(-6)),分別是的rs62152530、rs647711、rs1048603及rs838543,rs62152530和rs647711對應(yīng)的候選基因分別為RGPD3、IGSF3,rs1048603及rs838543對應(yīng)的候選基因為USP40。2.Sanger測序結(jié)果顯示:rs62152530位點發(fā)生堿基突變的有50例,rs647711位點發(fā)生堿基突變的14例,rs1048603位點發(fā)生堿基突變的有11例,rs838543位點發(fā)生堿基突變的有10例。結(jié)論1.rs62152530、rs647711、rs1048603及rs838543這4個SNP位點與遼寧漢族成年人顱骨正常形態(tài)關(guān)聯(lián),候選基因為RGPD3、IGSF3、USP40。2.RGPD3、IGSF3、USP40與遼寧漢族成年人顱骨正常形態(tài)具有密切關(guān)系,RGPD3與左頜額點左眶額顴點之間的歐式距離相關(guān),IGSF3與左右下頜角點之間的歐式距離(即下頜角間寬)相關(guān),USP40與左右鼻額點之間的歐式距離(即鼻骨最小寬)相關(guān)。
【學(xué)位授予單位】:錦州醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號】:R322
【圖文】:

三維圖像,顱骨,三維圖像


用飛利浦 128 排 CT 掃描儀獲取受試者顱骨 CT 數(shù)據(jù),層厚 0.5mm,據(jù)儲存格式為 DICOM。CT 采集者固定為同一個專業(yè)工作人員,要求被蘭克福平面與地面垂直。同時采集受試者外周靜脈血液 2ml,用 ED放入-80℃冰箱保存。三維重建和測量指標采集的 CT 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 VG Studio MAX 2.2 軟件重建三維圖像,首先進行,確定取點的顱骨三維圖像,然后進行簡單注冊建立顱骨三維圖像坐標人體測量方法》第二版[17]選取 20 個顱骨標志點,中軸線 4 個標志點,右兩側(cè)各 8 個標志點(圖 1),并提取標志點的三維坐標。

歐式距離,梨狀孔,頦孔,外側(cè)緣


鼻額點:鼻額縫最下點。梨狀孔外側(cè)緣點:梨狀孔最外側(cè)緣的點。顴弓點:顴弓上向外最突出的點。下頜角點:下頜體下緣與下頜支后緣相交處最向下、最向后和最向點。頦孔點:下頜骨頦孔下緣的最低點。所有標志點由同一人測量兩次,同一樣本兩次數(shù)據(jù)測量結(jié)WinEDMA1.0.1 軟件進行形狀差異矩陣(Form difference matrix ,bootstrap 非參數(shù)檢驗,若 P<0.05 則認為兩次測量結(jié)果有差異,需重新至 P>0.05,可納入本研究。運用 EDMA 分析法計算標志點之間的歐式獲取顱骨形態(tài)數(shù)據(jù)。本實驗共選取了標志點之間的 13 個歐氏距離代表顱如圖 2 所示,具體信息見表 1。

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