【摘要】：長(zhǎng)非編碼RNA(Long Noncoding RNA,lncRNA)可以通過與不同類型的分子結(jié)合在生物過程中發(fā)揮作用。近年來,有關(guān)lncRNA、單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)及突變的研究越來越多,為了給lncRNA及其變異的研究提供資源,我們收集、整理并注釋了完整的lncRNA上的功能性變異數(shù)據(jù),包括SNP和癌癥中的突變信息。SNP數(shù)據(jù)來源于NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù),突變數(shù)據(jù)來源于癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)以及癌癥體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)庫(kù)(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC)。利用上述公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù),我們最終鑒定了人類141,353條lncRNA的7,260,238個(gè)SNP以及小鼠117,405條lncRNA的3,921,448個(gè)SNP;人類lncRNA的859,534個(gè)來自COSMIC的非編碼突變以及158,806個(gè)來源于TCGA的癌癥相關(guān)的突變。除此之外,我們還預(yù)測(cè)了lncRNA序列上的潛在miRNA結(jié)合位點(diǎn),收集了lncRNA在20種癌癥的癌旁和癌癥樣本中的表達(dá)量,lncRNA相關(guān)的疾病信息,實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的lncRNA與miRNA的相互作用信息。對(duì)于上述收集的lncRNA上的SNP和突變信息,我們預(yù)測(cè)了這些變異對(duì)lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)和功能的影響,對(duì)lncRNA與miRNA相互作用的影響。同時(shí),利用全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study,GWAS)數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)注釋了發(fā)生在lncRNA上的位于tagSNP所在的連鎖不平衡區(qū)域(Linkage Disequilibrium,LD)的SNP。最后,我們將上述所有l(wèi)ncRNA及其變異信息整合到了數(shù)據(jù)庫(kù)中,并設(shè)計(jì)了一個(gè)開放性網(wǎng)站供研究人員使用,網(wǎng)址是:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/。網(wǎng)站提供了lncRNA及其變異相關(guān)數(shù)據(jù)的瀏覽、查詢以及部分?jǐn)?shù)據(jù)下載功能。此外,我們還構(gòu)建了兩個(gè)預(yù)測(cè)工具,可以根據(jù)用戶提供的lncRNA序列及相關(guān)的變異信息預(yù)測(cè)變異對(duì)lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響以及對(duì)lncRNA上miRNA結(jié)合位點(diǎn)的影響。
【圖文】：

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文在癌癥的發(fā)生發(fā)展過程以及預(yù)后中發(fā)揮作用之外，在預(yù)測(cè)癌癥病人對(duì)治療的反應(yīng)方面也有重要作用。如在結(jié)腸癌中， BET 抑制劑治療對(duì)長(zhǎng)非編碼 RNACCAT1 的高表達(dá)的患者來說有更好的療效[14]；在卵巢癌中，長(zhǎng)非編碼 RNAHOTAIR 的高表達(dá)預(yù)示著不良預(yù)后[15]。

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文來，以人類的數(shù)據(jù)庫(kù)模塊為例介紹 lncRNASNP 數(shù)據(jù)庫(kù)。lncRNASNP-human 的首頁(yè)如圖 3.1 所示。在數(shù)據(jù)庫(kù)的首頁(yè)，設(shè)計(jì)了查詢框，用戶可以通過關(guān)鍵字來搜索數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)內(nèi)容，可供查詢的關(guān)鍵字有 dbSNP 數(shù)據(jù)庫(kù)中 SNP 的名稱，，lncRNA 的名稱（可以是 NONCODE id 或者其他別名），miRNA 的名稱，TCGA 中的癌癥縮寫，COSMIC 中的突變名稱以及染色體上的某一段區(qū)域。用戶可以通過上述關(guān)鍵字的全部和部分內(nèi)容對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)進(jìn)行查詢。用戶對(duì) lncRNASNP2 數(shù)據(jù)庫(kù)的訪問可以從 lncRNA、SNP、miRNA、Mutation（來源于 TCGA 的 mutation 或來源于 COSMIC的 mutation）這幾個(gè)方面展開。
【學(xué)位授予單位】：華中科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：TP311.13;R346

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本文編號(hào)：2669640