寨卡病毒包膜蛋白糖環(huán)缺失的生物學效應研究
【圖文】:
2.2 方法2.2.1 系統(tǒng)發(fā)育分析從 Genbank 獲取寨卡病毒全長基因組序列,,利用 MEGA7 對基因組進行核苷酸序列比對和系統(tǒng)發(fā)育分析。生物系統(tǒng)發(fā)生樹采用最大似然法計算,核苷酸替代模型采用 GTR+G+I,循環(huán)次數(shù)執(zhí)行 1000 次。2.2.2 克隆的構建為構建含有 E 蛋白糖環(huán)缺失的寨卡病毒突變體質(zhì)粒,首先采用融合 PCR 的方法獲得帶有突變位點的 DNA 片段。然后利用 AvrII/NotI 雙酶切體系將帶有突變位點的 DNA 片段切下,與同樣雙酶切的寨卡病毒(FSS13025)全長感染性克隆質(zhì)粒連接,從而獲得含有糖環(huán)缺失的寨卡病毒突變體質(zhì)粒。構建的突變質(zhì)粒分別包括 E蛋白糖環(huán)內(nèi)缺失 4 個和 6 個氨基酸序列。突變質(zhì)粒的構建示意圖如圖 1-1 所示。融合 PCR 引物序列如表 1-2 所示。
圖 1-2 寨卡病毒的亞洲和非洲世系中均存在糖環(huán)缺失 1-2 Glycan loop deletions are present in both Asian and African lineages of Z缺失寨卡病毒的系統(tǒng)發(fā)育分析 MEGA7 采用最大似然法建立生物系統(tǒng)發(fā)生樹,核苷酸替代I,E 蛋白存在糖環(huán)缺失的非洲株和亞洲株分別用黃色和綠色突系統(tǒng)進化樹上可以看出,寨卡病毒分為非洲和亞洲兩個世系,其分為兩個亞支,即亞洲本土株和美洲及太平洋流行株。從圖中環(huán)缺失株主要分布在寨卡病毒非洲世系,在 1947 年,1963 年 1997 年共分離到 10 株含有糖環(huán)缺失的寨卡病毒株(其中一株組序列,其余 9 株含有寨卡病毒全長基因組序列),含有糖環(huán)缺分散在非洲世系的不同進化分支中,說明糖環(huán)缺失的獨立出現(xiàn) 月從韓國分離的兩株寨卡病毒株在 E 蛋白糖環(huán)區(qū)域存在氨基酸
【學位授予單位】:安徽醫(yī)科大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:R373
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