【摘要】：甲型流感病毒屬于正粘病毒科,可以引起高度傳染性的呼吸道疾病,在全球范圍內(nèi)造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。該病毒利用和破壞宿主內(nèi)蛋白分子和信號(hào)通路以增加病毒自身的復(fù)制和抑制宿主的抗病毒免疫反應(yīng)。本工作主要是以流感病毒為對(duì)象,對(duì)流感病毒感染宿主細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了分析研究,找出感染以后的宿主細(xì)胞對(duì)病毒侵入的分子生物學(xué)水平的變化,同時(shí)建立了研究病毒基因克隆型的方法。首先使用H5N1青海毒株(A/bar-headed goose/青海/1/2005)流感病毒分別感染人類(lèi)A549和293T細(xì)胞,其中對(duì)A549細(xì)胞感染率較高。為了確定人類(lèi)細(xì)胞對(duì)流感病毒感染的宿主細(xì)胞反應(yīng),采用RNA測(cè)序技術(shù),利用流感病毒感染組和未感染的對(duì)照組之間的差異鑒定差異表達(dá)基因。對(duì)鑒定出的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能注釋和KEGG代謝通路分析。轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果顯示,流感病毒感染導(dǎo)致細(xì)胞的基因和代謝通路的變化,為研究流病毒與宿主細(xì)胞的復(fù)雜關(guān)系提供了理論依據(jù)。另外開(kāi)展了克隆型的方法學(xué)研究,有助于確定某種疾病是否伴隨著特定病毒克隆型的經(jīng)常出現(xiàn),從而將疾病與基因關(guān)聯(lián)起來(lái)。在此,我們利用MinION平臺(tái)評(píng)估了新興的直接RNA測(cè)序和cDNA測(cè)序的結(jié)果,并建立了一種結(jié)合Illumina測(cè)序技術(shù)的高準(zhǔn)確度和MinION測(cè)序技術(shù)的長(zhǎng)讀的新方法來(lái)解決流感病毒克隆型的問(wèn)題。本方法可以快速的識(shí)別變異位點(diǎn)數(shù)量大于40的流感病毒基因片段的克隆型,修正MinION測(cè)序的高錯(cuò)誤率,有助于研究宿主中流感病毒基因的克隆型的組成和分布,從而進(jìn)一步理解其適應(yīng)性和進(jìn)化趨勢(shì)。
【圖文】：

邐流感病毒感染轉(zhuǎn)錄組分析及病毒克隆型方法學(xué)研究邐逡逑來(lái)了極其嚴(yán)重的影響。據(jù)估計(jì)，“西班牙流感”期間，全球患病人數(shù)達(dá)５億以上，逡逑發(fā)病率約４０％，造成了至少４０００？５０００萬(wàn)人死亡［２Ｇ，２１］。此外，“西班牙流感”逡逑的起源尚不明確，死亡病例中青壯年所占比例較高。對(duì)此有研宄提出兩種假設(shè)：逡逑一種是流感病毒可以引起嚴(yán)重的“細(xì)胞因子風(fēng)暴”，免疫系統(tǒng)健全的成年人反逡逑而會(huì)受到強(qiáng)烈的自身攻擊，因此病情更為嚴(yán)重［２２］；另一種認(rèn)為老年人可能曾經(jīng)逡逑暴露于相似亞型的流感病毒中從而獲得了一定的免疫能力［２３］。“亞洲流感”暴發(fā)逡逑于我國(guó)云南地區(qū)，與“西班牙流感”相比疫情嚴(yán)重程度稍低。據(jù)估計(jì)，病死率逡逑約為０．６７％，在全球約造成１００？２００萬(wàn)人死亡［２１，２４］。１９６８年７月暴發(fā)于我國(guó)香逡逑港地區(qū)的由基因重配產(chǎn)生的Ｈ３Ｎ２流感病毒引起的“香港流感”和２００９年３－４逡逑月暴發(fā)于美國(guó)和墨西哥的甲型Ｈ１Ｎ１流感的死亡人數(shù)則更少，，分別為５０？１００萬(wàn)逡逑［２５】和４０００人左右［２６］。逡逑

圖１．３邋Ｈ５Ｎ６禽流感病毒進(jìn)化途徑示意圖（畢玉海，２０１６）逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１．３邋Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋Ｈ５Ｎ６邋ＡＩＶ邋Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ邋Ｐａｔｈｗａｙ邋（Ｙｕｈａｉ邋Ｂｉ，邋２０１６）逡逑從病毒粒子頂部到底部的水平線分別代表ＰＢ２、ＰＢｌ、ＰＡ、ＨＡ、ＮＰ、ＮＡ、Ｍ和ＮＳ８逡逑個(gè)片段。不同的顏色代表不同的病毒家系，箭頭的厚度代表的是途徑中Ｈ５Ｎ６分離物逡逑數(shù)量的近似值。逡逑１．３流感病毒感染宿主細(xì)胞研究逡逑對(duì)流感病毒感染后宿主的研究主要圍繞宿主本身的生物學(xué)特性以及被流感逡逑病毒感染后所誘導(dǎo)產(chǎn)生的包括先天性免疫反應(yīng)和適應(yīng)性免疫反應(yīng)中的免疫細(xì)胞逡逑含量、細(xì)胞因子和炎癥因子等表達(dá)水平的變化等方面展開(kāi)。逡逑１．３．１人體免疫系統(tǒng)逡逑免疫系統(tǒng)（Ｉｍｍｕｎｅ邋ｓｙｓｔｅｍ）是生物體的疾病防御系統(tǒng)，它由體內(nèi)一系列的逡逑生物結(jié)和過(guò)組。、、，逡逑
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類(lèi)號(hào)】：R373.13

【參考文獻(xiàn)】

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1 鄭建東;彭質(zhì)斌;秦穎;馮錄召;李中杰;;中國(guó)季節(jié)性流感防控現(xiàn)狀與挑戰(zhàn)[J];中華流行病學(xué)雜志;2018年08期

2 胡德華,方平;生物信息學(xué)在醫(yī)學(xué)上的應(yīng)用及其社會(huì)意義[J];湖南醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)(社會(huì)科學(xué)版);1999年01期

本文編號(hào)：2627841