本文選題：數(shù)據(jù)挖掘 + 乙�；���； 參考：《華東理工大學(xué)》2017年博士論文

【摘要】：在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,基于各種組學(xué)的轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組以及臨床上患者病理記錄等數(shù)據(jù)層出不窮,如何從海量生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)中挖掘出新穎且有用的信息來(lái)揭示生物醫(yī)學(xué)機(jī)制已成為人們關(guān)注的熱點(diǎn)之一。數(shù)據(jù)挖掘已廣泛地運(yùn)用到生物信息的各個(gè)方向中,但仍面臨各種挑戰(zhàn)和機(jī)遇。本課題分別從蛋白質(zhì)、microRNA和臨床醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)層面對(duì)蛋白質(zhì)翻譯后修飾、疾病的診斷和預(yù)后進(jìn)行了數(shù)據(jù)挖掘分析。在本課題中,我們盡可能多地收集賴氨酸乙�；臄�(shù)據(jù),在蛋白質(zhì)和肽段水平都做了去冗余處理,整合了氨基酸物化屬性(AAPP)、位置特異性組成(PSSC)以及相鄰氨基酸之間的轉(zhuǎn)換概率(TPM)等生物學(xué)特征,并構(gòu)建預(yù)測(cè)模型LAceP。與其他已有的方法比較,LAceP模型準(zhǔn)確率最高,而且能預(yù)測(cè)分析多種生物的乙�；稽c(diǎn),模型的穩(wěn)定性更高,應(yīng)用性更廣。另外,為了便于生物科學(xué)家使用,LAceP做成了公開(kāi)且免費(fèi)的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器,用戶可以在網(wǎng)上簡(jiǎn)單快速地輸入序列進(jìn)行預(yù)測(cè)分析。LAceP模型為蛋白質(zhì)乙�；揎椦芯刻峁┝诵碌姆治龇椒�,有助于科研人員更好地理解蛋白質(zhì)的作用機(jī)制。高通量測(cè)序的方法為某些疾病的診斷提供了新的研究思路。在本課題中,基于microRNA的高通量測(cè)序技術(shù),我們提出了一種新穎的基于兩層邏輯回歸模型的HBV相關(guān)疾病診斷方法。通過(guò)樣本收集、數(shù)據(jù)處理、模型選擇、特征選擇和模型優(yōu)化過(guò)程,我們篩選到9個(gè)microRNAs可作為HBV相關(guān)疾病診斷的潛在標(biāo)志物。第一層模型利用3個(gè)microRNAs區(qū)分HBV相關(guān)疾病和健康對(duì)照組。第二層模型通過(guò)8個(gè)microRNAs將HBV相關(guān)疾病進(jìn)一步分為肝硬化和慢乙肝。兩組獨(dú)立測(cè)試集的驗(yàn)證結(jié)果顯示,我們的模型具有高的準(zhǔn)確率和魯棒性。通過(guò)對(duì)篩選到的microRNAs和它們的靶基因進(jìn)行功能富集分析,這些microRNAs顯著性地富集到了 HBV相關(guān)疾病和相關(guān)的功能通路。除了疾病的診斷,疾病預(yù)后也是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域最為關(guān)心的話題之一。而影響預(yù)后的因素除了病人的身體素質(zhì)外,還有治療方式、病情以及社會(huì)生活等因素。在課題中,我們收集了 SEER數(shù)據(jù)庫(kù)中近十年50歲以下的Ⅰ期子宮內(nèi)膜樣腺癌(EEAC)患者的臨床病理學(xué)診斷和治療記錄數(shù)據(jù)。采用傾向得分匹配以及一些統(tǒng)計(jì)學(xué)方法對(duì)其進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘,回顧性地分析了年輕患者保留或切除卵巢對(duì)其生存預(yù)后的影響。研究結(jié)果表明,與切除卵巢的患者相比,保留卵巢的患者顯著性地傾向于更小的診斷年齡、更早的癌癥分期和分化更好的腫瘤組織,她們的腫瘤更小,接受放療和淋巴結(jié)切除術(shù)的可能性更低。經(jīng)過(guò)傾向得分匹配隨機(jī)化的過(guò)程后,保留卵巢和切除卵巢組間排除許多潛在的混雜因素,去除許多數(shù)據(jù)間的噪音,兩組間各臨床特征的差異也將不再顯著。對(duì)降噪之后的數(shù)據(jù)進(jìn)行多因素統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果顯示,保留卵巢以及切除卵巢對(duì)總體生存和腫瘤特異性生存均無(wú)顯著性差異。保留卵巢對(duì)于年輕的Ⅰ期患者可能是安全的,患者可以在確保治療效果的情況下,考慮接受較為保守的治療方式從而保障其正常的生活質(zhì)量。以上結(jié)果對(duì)臨床診斷和治療具有一定的指導(dǎo)意義�？傮w而言,本文從蛋白質(zhì)、microRNA和臨床醫(yī)療信息等層面對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘分析,提出了 LAceP模型對(duì)賴氨酸乙�；稽c(diǎn)預(yù)測(cè),準(zhǔn)確率較高,穩(wěn)定性良好,網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器版本的預(yù)測(cè)工具,具有一定的實(shí)用性。論文基于兩層模型利用9個(gè)microRNA標(biāo)志物對(duì)HBV相關(guān)肝病進(jìn)行診斷,模型具有較高的準(zhǔn)確率和魯棒性,能明確區(qū)分HBV相關(guān)慢性肝炎和肝硬化,具有一定的臨床應(yīng)用價(jià)值。另外,論文基于傾向得分匹配算法,提出的Ⅰ期年輕子宮內(nèi)膜樣腺癌患者保留卵巢具有一定安全性的建議,具有良好的臨床指導(dǎo)意義。
[Abstract]:This paper presents a novel method for the diagnosis and prognosis of HBV related diseases from the data of protein , microRNA and clinical medicine . This paper analyses the data from the aspects of protein , microRNA , clinical medical information and so on , and puts forward the application value of LAceP model in diagnosis of HBV - related liver diseases .

【學(xué)位授予單位】：華東理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類(lèi)號(hào)】：R363;Q51

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本文編號(hào)：1813307