本文選題：虛擬篩選 + 群體感應(yīng)��； 參考：《華北理工大學》2017年碩士論文

【摘要】：目的探索虛擬篩選用于銅綠假單胞菌群體感應(yīng)抑制因子。方法1從PDB的網(wǎng)站上獲取las R蛋白的三維結(jié)構(gòu)文件,通過類藥性評價篩選出天然產(chǎn)物,運用計算機分子對接手段進行基于靶標的虛擬篩選,從ZINC數(shù)據(jù)庫中篩選對Las R蛋白具有活性作用的化合物,并對得分較高的化合物進行結(jié)合位點的預測。2臨床標本送檢培養(yǎng),經(jīng)病原菌種類鑒定,獲取耐藥性銅綠假單胞菌的臨床分離株。3選定、購買目標化合物,對銅綠假單胞菌質(zhì)控菌株及臨床分離株以培養(yǎng)時間為橫坐標,以600 nm處吸光度為縱坐標,繪制銅綠假單胞菌在不同濃度化合物作用下的生長曲線,篩選不影響銅綠假單胞菌生長的化合物,并選擇適當濃度,確保后期活性影響鑒定實驗的研究,都在不影響細菌生長的濃度范圍內(nèi)進行。4實時熒光定量PCR技術(shù)考察在加入目標化合物前后,銅綠假單胞菌質(zhì)控菌株及臨床分離株群體感應(yīng)相關(guān)基因表達的變化。5檢測目標化合物對銅綠假單胞菌質(zhì)控菌株及臨床分離株彈性蛋白酶、生物膜生成以及Swarming動力的影響。結(jié)果1從ZINC數(shù)據(jù)庫的3500多萬小分子中篩選出34種與Las R蛋白結(jié)合得分較高的化合物,預測得分最高的化合物是通過ASP129、THR142、CYS126、LYS130、ASN143和TRP41這幾種關(guān)鍵氨基酸與靶蛋白產(chǎn)生氫鍵作用使得結(jié)合力較強。2從臨床標本中分離選取一株多耐藥性銅綠假單胞菌KQX13株。3選擇購買A:ZINC02316089(STL038792)、B:ZINC00850552(STL327934)、C:ZINC01130988(STK135354)、D:ZINC31818910(STK655506)作為目標化合物,通過繪制生長曲線,B藥、D藥1600μM濃度范圍,A藥、C藥在400μM濃度范圍內(nèi)不抑制銅綠假單胞菌質(zhì)控菌株及臨床分離KQX13株的生長,確定為后續(xù)實驗濃度。4熒光定量PCR表明:A藥在400μM濃度下,顯著下調(diào)質(zhì)控菌株毒力基因Las R,Las B及Lasl的表達;C藥在同等摩爾濃度下,顯著下調(diào)銅綠假單胞菌臨床分離KQX13菌株毒力基因Las R,Las B及Lasl的表達;B藥在較高的摩爾濃度(1600μM)下,與C藥作用相似,并且表現(xiàn)出對KQX13菌株毒力基因Las R,Las B及Lasl的表達下調(diào)作用極為顯著;四種化合物中,D藥是唯一一個對菌株毒力基因起上調(diào)作用的化合物,顯著上調(diào)質(zhì)控菌株毒力基因Las R,Las B及Lasl的表達。5在銅綠假單胞菌質(zhì)控菌株及KQX13菌株中加入A藥、B藥、C藥彈性蛋白酶表達、生物被膜形成、Swarming表達都有所下降,加入D藥彈性蛋白酶活性、Swarming動力活性在質(zhì)控菌株中增強,彈性蛋白酶活性及生物膜形成能力在KQX13菌株中增強。結(jié)論1虛擬篩選技術(shù)應(yīng)用于群體感應(yīng)抑制因子的研究相較于高通量等其他篩選方法,大大減少了工作量,節(jié)約了成本,可以基于靶蛋白的結(jié)構(gòu)進行數(shù)以百萬計的大規(guī)模篩選且命中率較高,有望發(fā)現(xiàn)與靶蛋白結(jié)合力強的苗頭化合物。2虛擬篩選得到的苗頭化合物,需要由進一步的研究來確定作用的方向性。銅綠假單胞菌的群體感應(yīng)系統(tǒng)是個十分復雜的網(wǎng)絡(luò)體系,同一化合物作用下,不同的銅綠假單胞菌菌株的表現(xiàn)顯著程度不同。
[Abstract]:A three - dimensional structure file of Pseudomonas aeruginosa was obtained from the site of PDB . The expression of Las B and Lasl was similar to that of C drug under the higher molar concentration ( 1600 渭M ) , and the expression of Las R , Las B and Lasl in strain KQX13 was significantly increased .

【學位授予單位】：華北理工大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：R378

【參考文獻】

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本文編號：1813836