本文選題：白介素　切入點(diǎn)：比較基因組學(xué)　出處：《第二軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報》2013年01期

【摘要】：目的從系統(tǒng)發(fā)生學(xué)和結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)的角度探討脊椎動物白介素17(IL-17)基因的起源及其蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。方法從美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)及聯(lián)合基因組研究所(JGI)數(shù)據(jù)庫搜索得到全部已知的人、斑馬魚和文昌魚IL-17蛋白質(zhì)序列,同時從另外幾個數(shù)據(jù)庫中搜索得到雞、海鞘等7種常見模式生物的部分IL-17蛋白質(zhì)序列。利用MEGA軟件為這些蛋白質(zhì)序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹,并用MODELLER軟件預(yù)測斑馬魚、文昌魚、海鞘、線蟲IL-17的三維結(jié)構(gòu),再與已有的人IL-17F晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較分析。結(jié)果雖然所有IL-17蛋白質(zhì)序列中都含有4個保守的可能形成一個"半胱氨酸結(jié)"構(gòu)象的半胱氨酸殘基,但文昌魚展示出兩種不同的分布模式,其中一種與脊椎動物的分布模式相似,另一種是文昌魚自身特有。系統(tǒng)發(fā)生樹顯示,脊椎動物IL-17基因的直系同源(ortholog)在文昌魚基因組中沒有出現(xiàn),而出現(xiàn)于海鞘基因組中。IL-17蛋白質(zhì)三維模型的比較結(jié)果與系統(tǒng)發(fā)生樹一致。結(jié)論文昌魚的IL-17可能是IL-17進(jìn)化的分歧點(diǎn),脊椎動物IL-17基因的直系同源可能最早出現(xiàn)于尾索動物。
[Abstract]:The purpose of learning and structural bioinformatics systems from the perspective of the study of vertebrate interleukin 17 (IL-17) gene and its protein structure origin. Methods from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and the Joint Genome Research (JGI) database search to get all known human, zebrafish and amphioxus IL-17 protein sequences of chicken search from several other databases at the same time, part of the IL-17 protein sequences of 7 kinds of ascidian model organisms. These protein sequences for phylogenetic tree was constructed using MEGA software and the MODELLER software is used to predict the zebrafish, amphioxus, ascidians, three-dimensional structure of nematode IL-17, then compared with IL-17F crystal structure. The cysteine although the results of all residues in the IL-17 protein sequence contains 4 conserved may form a cysteine knot conformation, but show amphioxus Two different distribution patterns, including a similar distribution pattern and vertebrate, the other is unique. Amphioxus phylogenetic tree showed that vertebrate orthologous IL-17 gene (ortholog) does not appear in the amphioxus genome, tree consistent occurrence comparison results appeared in.IL-17 gene protein in ascidian 3D model and group the system is IL-17. Conclusion the amphioxus IL-17 bifurcation point of evolution, vertebrate IL-17 gene orthology may first appeared in a animal.

【作者單位】： 第二軍醫(yī)大學(xué)基礎(chǔ)部生物物理學(xué)教研室;山東衛(wèi)生報刊社《山東醫(yī)藥》編輯部;山東大學(xué)山東省口腔生物重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;山東大學(xué)口腔醫(yī)院口腔頜面外科;
【基金】：山東省科技發(fā)展計劃(2012G0021833)~~
【分類號】：R392.1

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6 陳楠;歐z延，

本文編號：1666219