本文關(guān)鍵詞：Pvalue在SNP關(guān)聯(lián)性分析中的應(yīng)用研究

  更多相關(guān)文章： SNP 關(guān)聯(lián)分析 pvalue 單核苷酸多態(tài)性 數(shù)據(jù)仿真

【摘要】：單核苷酸多態(tài)性(SNP,Single Nucleotide Polymorphism)的關(guān)聯(lián)分析是研究復(fù)雜疾病和基因之間聯(lián)系的重要方法,SNP主要是指單個(gè)核苷酸的突變而引起DNA序列改變,從而導(dǎo)致物種染色體基因組多樣性并有可能表現(xiàn)出不同的疾病癥狀。如今在關(guān)于SNP和疾病相關(guān)性研究的文章中,大多數(shù)文章中是通過計(jì)算SNP的pvalue,并依據(jù)pvalue找到復(fù)雜疾病的易感疾病SNP位點(diǎn)。但有些疾病可能是由SNP疾病模型的交互作用引發(fā),當(dāng)研究疾病的相關(guān)SNP序列中SNP疾病模型交互時(shí),pvalue是否還能作為篩選易感疾病SNP位點(diǎn),還需要進(jìn)一步的探討。本文的致力于研究pvalue在SNP疾病模型交互作用下的準(zhǔn)確性問題。在本文中,我們介紹了SNP數(shù)據(jù)的相關(guān)生物知識和仿真SNP數(shù)據(jù)的參數(shù)設(shè)置,在仿真SNP數(shù)據(jù)時(shí),我們選擇了既可以修改SNP仿真參數(shù)又可以嵌入SNP疾病模型的epiSIM軟件。仿真階段,通過變化SNP仿真參數(shù)生成不同參數(shù)下相同SNP疾病模型的數(shù)據(jù),來確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果不會被仿真數(shù)據(jù)的參數(shù)差異影響。同時(shí)為了確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果不受算法的影響,我們編寫了兩種計(jì)算pvalue的算法軟件:permutationpareto是基于數(shù)理統(tǒng)計(jì)和概率分布結(jié)合的算法,計(jì)算單維度SNP速度快,同時(shí)精確性也比較高的算法;chi-square test是基于概率的算法,在計(jì)算單維度SNP和多維度SNP交互作用的pvalue都比較精確的算法,也是被用來計(jì)算pvalue使用比較廣泛的算法之一。我們將不同參數(shù)下的SNP疾病模型單個(gè)SNP疾病模型數(shù)據(jù)中計(jì)算出來的pvalue做對比,在對比中顯示不同參數(shù)下相同SNP疾病模型的數(shù)據(jù)中計(jì)算出來的pvalue準(zhǔn)確性相差不大,相同參數(shù)下不同SNP疾病算出來的pvalue的準(zhǔn)確度下降很多。
【學(xué)位授予單位】：西安電子科技大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：Q811.4;R3416

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 侯永達(dá);;談?wù)剟游锛膊∧Ｐ偷膽?yīng)用[J];上海實(shí)驗(yàn)動物科學(xué);1985年03期

2 戚春婷,張瑞忠,徐平,施美蓮,施恩,金玫蕾;人類疾病模型小鼠的標(biāo)準(zhǔn)化維持方法研究[J];中國實(shí)驗(yàn)動物學(xué)報(bào);2005年02期

3 劉新玉,董偉,張連峰;小鼠的遺傳分析技術(shù)及疾病模型[J];中國比較醫(yī)學(xué)雜志;2005年01期

4 高翔;;小鼠基因功能研究及疾病模型系列專題(一)[J];中國細(xì)胞生物學(xué)學(xué)報(bào);2010年01期

5 ;制造動物實(shí)驗(yàn)性疾病模型為針灸研究創(chuàng)造條件[J];科學(xué)通報(bào);1959年20期

6 ;基因修飾豬優(yōu)化人類疾病模型[J];科技導(dǎo)報(bào);2011年30期

7 楊化強(qiáng);賴良學(xué);;基因修飾豬作為人類疾病模型的研究進(jìn)展[J];科技導(dǎo)報(bào);2011年30期

8 弓莉;王元占;蔡建平;楊培梁;朱玉峰;;TLR4在鼠感染疾病模型的作用機(jī)理[J];中國比較醫(yī)學(xué)雜志;2008年12期

9 馬杰,郭力輝,張秀敏,周群;鵪鶉動脈粥樣硬化模型的探討[J];動物學(xué)雜志;1997年02期

10 陳箏;;人類疾病的轉(zhuǎn)基因模型[J];北京實(shí)驗(yàn)動物科學(xué);1990年04期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 李科威;;疾病模型與中西醫(yī)診斷原理[A];朱文鋒學(xué)術(shù)思想研討會暨中醫(yī)診斷師資班30周年紀(jì)念大會論文集[C];2012年

2 戚春婷;張瑞忠;徐平;施美蓮;施恩;金玫蕾;;人類疾病模型小鼠的標(biāo)準(zhǔn)化維持方法研究[A];中國實(shí)驗(yàn)動物學(xué)會第六屆學(xué)術(shù)年會論文集[C];2004年

3 朱盛山;劉強(qiáng);余林中;郭麗冰;謝育峰;;不同的提取方法對喘平方主要藥效的影響[A];中醫(yī)藥研究學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2004年

4 劉平;;圍繞證候研究的科學(xué)問題,探索病證相關(guān)的科學(xué)基礎(chǔ)[A];中醫(yī)藥優(yōu)秀論文選（上）[C];2009年

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 國家食品藥品監(jiān)管總局藥品審評中心藥理毒理學(xué)部 寧可永;疾病模型動物與非臨床安全性評價(jià)[N];中國醫(yī)藥報(bào);2014年

2 朱丹萍;我科學(xué)家建立世界首例免疫缺陷家兔疾病模型[N];科技日報(bào);2013年

3 記者 王璇邋通訊員 劉小玉;我市一企業(yè)再獲科技部重點(diǎn)支持[N];南寧日報(bào);2008年

4 國家食品藥品監(jiān)管總局藥品審評中心 寧可永;預(yù)測不良反應(yīng) 降低開發(fā)風(fēng)險(xiǎn)[N];中國醫(yī)藥報(bào);2014年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 杜麗麗;十二種疾病特異的iPS系和血小板無力iPS疾病模型的建立以及hESCs胞質(zhì)中重編程相關(guān)因子的檢測[D];中南大學(xué);2012年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前5條

1 張?zhí)?牛源致病性大腸桿菌O157:H7的分離鑒定及對其小鼠疾病模型的中藥治療效果[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

2 姜超;粘多糖貯積癥ⅢB(MPS ⅢB)疾病模型豬研究[D];江西農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

3 孫鎬哲;Pvalue在SNP關(guān)聯(lián)性分析中的應(yīng)用研究[D];西安電子科技大學(xué);2015年

4 王璐;家蠶高血蛋白疾病模型的建立及其對絲腺退化發(fā)育的影響[D];蘇州大學(xué);2015年

5 葉道軍;SNP疾病模型的性質(zhì)研究及檢出性能的比較[D];西安電子科技大學(xué);2011年

，

本文編號：1163103