本文關(guān)鍵詞：基于Mimox工具分析幽門(mén)螺桿菌Lpp20蛋白模擬表位

  更多相關(guān)文章： Mimox軟件 模擬肽 幽門(mén)螺桿菌 Lpp

【摘要】：目的利用Mimox軟件分析幽門(mén)螺桿菌Lpp20蛋白模擬表位的性質(zhì)。方法將源于噬菌體隨機(jī)肽庫(kù)篩選技術(shù)獲得的6個(gè)Lpp20模擬表位輸入Mimox網(wǎng)站,參數(shù)設(shè)為默認(rèn)值,進(jìn)行模擬表位的比對(duì),尋找其共同序列并分析其性質(zhì)。結(jié)果從ClustalW界面比對(duì)結(jié)果看,氨基酸D、A、S、G、L在模擬表位中出現(xiàn)的頻率較高。通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法推導(dǎo)出的共同序列為-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出現(xiàn)頻率較高。通過(guò)JalView界面推導(dǎo)出的共同序列為-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比較高;特異性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比較高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比較高。結(jié)論結(jié)合噬菌體篩選技術(shù)和生物信息學(xué)Mimox工具對(duì)抗原模擬表位進(jìn)行分析并獲得較全面的表位信息,為進(jìn)一步確定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基礎(chǔ)。
【作者單位】： 南方醫(yī)科大學(xué)生物技術(shù)學(xué)院生物治療研究所;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31070119) 廣東省自然科學(xué)基金(S2011010006070) 國(guó)家創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練項(xiàng)目(201212121100) 廣東省大學(xué)生創(chuàng)新項(xiàng)目(1212111040)
【分類號(hào)】：R392
【正文快照】： 噬菌體隨機(jī)肽庫(kù)技術(shù)現(xiàn)已成為表位研究的一個(gè)操作簡(jiǎn)便、高通量和低成本的實(shí)用性平臺(tái)。以單克隆抗體為靶標(biāo),通常能獲得大量模擬表位(mimotope),通過(guò)比對(duì)模擬表位與抗原原始序列及其結(jié)構(gòu),往往能預(yù)測(cè)并確定相應(yīng)的表位或得到一些有價(jià)值的信息[1-3]。盡管手工可以完成模擬表位與抗原

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 崔志剛;劉剛;潘進(jìn)勇;路浩軍;張立新;;MUC1模擬表位肽治療表達(dá)人MUC1 T739荷瘤小鼠的實(shí)驗(yàn)研究[J];免疫學(xué)雜志;2012年05期

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 張胤晟;林丹丹;雷蕾;胡博;王仲娟;劉海燕;;快速高效構(gòu)建小鼠體內(nèi)成像腫瘤模型的方法學(xué)平臺(tái)[J];免疫學(xué)雜志;2013年04期

2 何建川;邵陽(yáng);;Ii-Key/前列腺特異性抗原CD4~+T細(xì)胞表位肽融合疫苗的制備及對(duì)PBMC的增殖影響的實(shí)驗(yàn)研究[J];免疫學(xué)雜志;2013年10期

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 崔志剛;宋波;張立新;路浩軍;李春海;;MUC1黏蛋白模擬表位的篩選和鑒定[J];免疫學(xué)雜志;2006年02期

2 崔志剛;宋波;張立新;路浩軍;李春海;;穩(wěn)定表達(dá)人MUC1小鼠膀胱癌細(xì)胞株和荷瘤鼠模型的建立[J];中國(guó)比較醫(yī)學(xué)雜志;2006年07期

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 寧云山;李妍;羅軍;董文其;李明;;幽門(mén)螺桿菌Lpp20抗原的原核表達(dá)及其臨床應(yīng)用[J];廣東醫(yī)學(xué);2007年08期

2 羅海波,鄭山根,朱平,富寧;大腸桿菌脂多糖2630模擬位的研究[J];細(xì)胞與分子免疫學(xué)雜志;2004年06期

3 陳白虹,郝文波,徐偉文,李明,李中齊,富寧;細(xì)胞間黏附因子1(Ⅰ區(qū))模擬肽的篩選及初步鑒定[J];廣東醫(yī)學(xué);2001年08期

4 羅海波;拮抗或模擬細(xì)胞因子活性的小分子多肽的研究現(xiàn)狀[J];國(guó)外醫(yī)學(xué).預(yù)防.診斷.治療用生物制品分冊(cè);2002年03期

5 路又可,楊毅軍,朱人敏,王年吉;利用脲酶活性殺滅幽門(mén)螺桿菌的研究[J];醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào);1996年01期

6 史久華;有希望的幽門(mén)螺桿菌菌苗[J];國(guó)外醫(yī)學(xué).預(yù)防.診斷.治療用生物制品分冊(cè);1997年01期

7 潘春生,王玉梅;幽門(mén)螺桿菌研究進(jìn)展[J];航空航天醫(yī)藥;1998年02期

8 范凱,陳學(xué)奎,秦敏,周富昌,涂小萍,雒小玲,楊宗新,楊國(guó)友;幽門(mén)螺桿菌尿素酶的純化和鑒定[J];中國(guó)生物制品學(xué)雜志;1999年04期

9 楊新海,金笑一,楊圣輝,潘秀英,王申五,林文玉;基因克隆和擴(kuò)增口腔幽門(mén)螺桿菌[J];中國(guó)微生態(tài)學(xué)雜志;1999年06期

10 全國(guó)幽門(mén)螺桿菌科研協(xié)作組,張萬(wàn)岱!510515廣州,蕭樹(shù)東,胡伏蓮,胡品津,徐智民;幽門(mén)螺桿菌若干問(wèn)題的共識(shí)意見(jiàn)[J];中華醫(yī)學(xué)雜志;2000年05期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 馮百歲;姚雪華;趙國(guó)強(qiáng);;幽門(mén)螺桿菌CagA綠色熒光蛋白真核表達(dá)載體的構(gòu)建[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第七次全國(guó)消化病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編（上冊(cè)）[C];2007年

2 葉嗣穎;李耿;田擁軍;張正茂;崔斌;宋啟發(fā);熊萍;;幽門(mén)螺桿菌對(duì)甲硝唑耐藥性及多重相關(guān)基因DNA和氨基酸序列分析[A];第6次全國(guó)微生物學(xué)與免疫學(xué)大會(huì)論文摘要匯編[C];2004年

3 邵偉;劉成國(guó);楊更發(fā);沈永芳;楊寧敏;許國(guó)強(qiáng);徐誠(chéng)富;厲有名;;幽門(mén)螺桿菌分離培養(yǎng)基的質(zhì)量研究[A];2006華東地區(qū)消化病學(xué)學(xué)術(shù)大會(huì)論文匯編（浙江省分冊(cè)）[C];2006年

4 龐智;蕭樹(shù)東;;幽門(mén)螺桿菌27kDa外膜蛋白的基因克隆及表達(dá)[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第七次全國(guó)消化病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編（上冊(cè)）[C];2007年

5 李晶;閆笑梅;孟凡亮;郭風(fēng)華;趙飛;張建中;李寧;湯波;;幽門(mén)螺桿菌轉(zhuǎn)基因動(dòng)物模型的建立和初步評(píng)價(jià)[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第七次全國(guó)消化病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編（上冊(cè)）[C];2007年

6 龍敏;;幽門(mén)螺桿菌新的疫苗候選抗原NAP蛋白的克隆、表達(dá)和功能鑒定[A];2006中國(guó)微生物學(xué)會(huì)第九次全國(guó)會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2006年

7 龐智;蕭樹(shù)東;;重組幽門(mén)螺桿菌27kDa外膜蛋白的純化及特性鑒定[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第七次全國(guó)消化病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編（上冊(cè)）[C];2007年

8 龔芳紅;賀松;張德純;劉明方;郭亞楠;;幽門(mén)螺桿菌熱休克蛋白A在乳酸乳球菌中的表達(dá)及免疫學(xué)活性分析[A];重慶微生物學(xué)會(huì)第九屆會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2009年

9 寧磊;王保寧;趙雅靜;陳翠萍;劉德培;;幽門(mén)螺桿菌致人胃病的小鼠模型研究[A];中國(guó)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物學(xué)會(huì)青年科技協(xié)會(huì)第二屆學(xué)術(shù)研討會(huì)論文匯編[C];2001年

10 王毅超;鄒全明;;幽門(mén)螺桿菌能微球疫苗免疫保護(hù)實(shí)驗(yàn)及免疫保護(hù)機(jī)理初探[A];中華醫(yī)學(xué)會(huì)第七次全國(guó)消化病學(xué)術(shù)會(huì)議論文匯編（上冊(cè)）[C];2007年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 記者 錢錚;人體內(nèi)病菌演化,內(nèi)藏遠(yuǎn)古人類遷徙歷程[N];新華每日電訊;2009年

2 清華;世界多肽藥物的研發(fā)概況[N];中藥報(bào);2001年

3 欣華;肝螺桿菌基因組破譯成功[N];醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)報(bào);2003年

4 張宇;開(kāi)發(fā)可以吃的疫苗[N];無(wú)錫日?qǐng)?bào);2010年

5 ;日本科學(xué)家找到引發(fā)胃癌的元兇[N];中國(guó)高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)導(dǎo)報(bào);2002年

6 記者 何德功;能夠誘發(fā)胃癌[N];新華每日電訊;2002年

7 許晴波;動(dòng)脈粥樣硬化病因是感染[N];中國(guó)中醫(yī)藥報(bào);2004年

8 孫明河 通訊員 侯玉峰;可用于治療人胃潰瘍首頭克隆牛誕生[N];科技日?qǐng)?bào);2003年

9 本報(bào)記者 劉艷芳;益生菌改善消化系統(tǒng)功能非浪得虛名使用益生菌須以安全有效為首要考慮[N];中國(guó)食品報(bào);2009年

10 邵建國(guó);端粒酶研究路漫漫[N];醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)報(bào);2010年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 邵春紅;幽門(mén)螺桿菌響應(yīng)環(huán)境脅迫的蛋白質(zhì)組學(xué)研究[D];山東大學(xué);2008年

2 文維延;脂多糖交叉表位模擬肽的研究[D];第一軍醫(yī)大學(xué);2000年

3 鄭山根;LPS多表位模擬肽及抗原性的研究[D];中國(guó)人民解放軍第一軍醫(yī)大學(xué);2003年

4 陳曉華;拮抗幽門(mén)螺桿菌益生菌的篩選及其干預(yù)機(jī)制的研究[D];江南大學(xué);2011年

5 曲偉;幽門(mén)螺桿菌在NO壓力下的巰基亞硝基化修飾及蛋白質(zhì)組反應(yīng)特征[D];山東大學(xué);2009年

6 康巧珍;幽門(mén)螺桿菌中性白細(xì)胞激活蛋白基因克隆表達(dá)及免疫評(píng)價(jià)[D];鄭州大學(xué);2005年

7 劉艷君;天然免疫分子人TLR-2配基模肽及其特性的研究[D];第一軍醫(yī)大學(xué);2005年

8 丁紅雷;幽門(mén)螺桿菌CagT及CagM蛋白的生物學(xué)性質(zhì)及功能研究[D];西南大學(xué);2010年

9 陳益國(guó);金葡菌肽聚糖模擬肽疫苗候選保護(hù)性作用的初步研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2011年

10 江紅;幽門(mén)螺桿菌空泡毒素基因分段克隆、表達(dá)和活性研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2001年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 劉志杰;幽門(mén)螺桿菌Lpp20核酸疫苗的構(gòu)建及其免疫活性的初步研究[D];南華大學(xué);2007年

2 邵春紅;幽門(mén)螺桿菌適應(yīng)性蛋白的初步研究[D];山東大學(xué);2005年

3 王寧;表達(dá)幽門(mén)螺桿菌鞭毛粘附素的重組大腸桿菌ghost型疫苗的制備及鑒定[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2005年

4 劉淼;幽門(mén)螺桿菌vacA基因毒性片段與hpaA基因的原核表達(dá)及初步應(yīng)用[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2003年

5 吳小茜;幽門(mén)螺桿菌oipA DNA疫苗的免疫保護(hù)作用研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2005年

6 夏曉燕;幽門(mén)螺桿菌鞭毛基因的克隆和表達(dá)[D];鄭州大學(xué);2003年

7 張紹蘭;幽門(mén)螺桿菌重組VacA單克隆抗體的制備及初步應(yīng)用[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2005年

8 曹群奮;幽門(mén)螺桿菌的培養(yǎng)鑒定及其基因分型方法學(xué)的建立[D];浙江大學(xué);2007年

9 楊永利;幽門(mén)螺桿菌鞭毛基因PCR-RFLP分析及致病性研究[D];鄭州大學(xué);2002年

10 茅海燕;babA2基因在幽門(mén)螺桿菌臨床菌株中的分布及babA2基因重組質(zhì)粒的構(gòu)建[D];浙江大學(xué);2003年

，

本文編號(hào)：1144149