三穗鴨IP3R3基因SNP位點鑒定及其對蛋殼品質(zhì)的影響
發(fā)布時間:2025-01-14 22:00
【目的】明確IP3R3對蛋殼性狀的效應(yīng)機制及其在蛋殼品質(zhì)改良中的應(yīng)用價值,為開展蛋殼品質(zhì)改良分子標(biāo)記育種提供參考依據(jù),也為深入研究IP3R3基因的生物學(xué)功能打下基礎(chǔ)。【方法】以288羽三穗鴨為研究對象,收集45周齡母鴨生產(chǎn)的鴨蛋,測定蛋重、蛋形指數(shù)、蛋殼厚度、蛋殼強度和蛋殼重;采用DNA直接測序法對三穗鴨IP3R3基因SNP位點進行鑒定,使用SHEsis進行單倍型及連鎖不平衡分析,通過RNAfold預(yù)測不同單倍型的mRNA二級結(jié)構(gòu)和自由能,并以SPSS 18.0中的一般線性模型(GLM)對三穗鴨IP3R3基因SNP位點與蛋殼品質(zhì)進行關(guān)聯(lián)分析�!窘Y(jié)果】在三穗鴨IP3R3基因外顯子上發(fā)現(xiàn)2個SNPs位點,分別位于第49外顯子的g.35195T>C和g.35207G>A,均屬于同義突變,且均存在3種基因型,對應(yīng)的多肽信息含量(PIC)分別為0.330和0.276,屬于中度多態(tài)位點(0.25C和g.35207G>A位點產(chǎn)生的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(χ2-HWE<5.991),但2個S...
【文章頁數(shù)】:8 頁
【部分圖文】:
本文編號:4027178
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圖1 三穗鴨IP3R3基因SNP位點鑒定結(jié)果
利用設(shè)計的5對特異性引物對三穗鴨IP3R3基因進行PCR擴增,每個樣品均單獨直接測序和序列比對分析,結(jié)果如圖1所示。在三穗鴨IP3R3基因外顯子上發(fā)現(xiàn)2個SNPs位點,分別位于第49外顯子的g.35195T>C和g.35207G>A,且均未引起編碼氨基酸發(fā)生改變,屬于同義突變。2....
圖2 3種單倍型的m RNA二級結(jié)構(gòu)及其最小自由能
采用RNAfold對所構(gòu)建的3種單倍型mRNA二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測分析,結(jié)果(圖2)顯示,3種單倍型的mRNA二級結(jié)構(gòu)存在一定差異(圓圈部分),對應(yīng)的mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能也不同,其中,單倍型H1的mRNA二級結(jié)構(gòu)最小自由能為-475.50kJ/mol,單倍型H2的為-476.....
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