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實(shí)時(shí)PCR在結(jié)核分枝桿菌異煙肼耐藥突變分子診斷中的應(yīng)用研究

發(fā)布時(shí)間:2022-01-02 16:27
  結(jié)核病是全球范圍內(nèi)危害最為嚴(yán)重的慢性傳染病之一,在眾多結(jié)核治療藥物中,異煙肼作為一線藥物廣泛使用,導(dǎo)致耐異煙肼結(jié)核發(fā)生率高,危害面廣。本論文著重建立異煙肼耐藥突變檢測(cè)體系,并評(píng)價(jià)其應(yīng)用,為最終建立起適合臨床應(yīng)用的異煙肼耐藥突變檢測(cè)、指導(dǎo)其正確使用提供合適手段。論文內(nèi)容包括:耐藥結(jié)核病的流行和診治現(xiàn)狀評(píng)述(第一章)、實(shí)時(shí)PCR探針熔解曲線法檢測(cè)異煙肼耐藥突變體系的建立和分析性能評(píng)價(jià)(第二章)、上述體系的多中心臨床評(píng)價(jià)(第三章)、應(yīng)用上述技術(shù)進(jìn)行的異煙肼耐藥突變流行病學(xué)調(diào)查(第四章)以及針對(duì)最常見katG S315T突變所建立的一種稀有突變定量體系(第五章),分述如下:第一章緒論首先概述了結(jié)核病的流行現(xiàn)狀、臨床診斷和治療方案,描述了結(jié)核菌的生物學(xué)背景,針對(duì)性地闡述了異煙肼的作用原理和結(jié)核異煙肼耐藥機(jī)制,總結(jié)了結(jié)核耐藥檢測(cè)尤其是耐異煙肼檢測(cè)的現(xiàn)狀及最新進(jìn)展,并介紹了本實(shí)驗(yàn)室新近建立的探針熔解曲線分析(PMA)技術(shù)檢測(cè)突變的原理,最后提出了本論文的目的、內(nèi)容及意義。第二章異煙肼耐藥突變PMA檢測(cè)體系的建立和性能評(píng)價(jià)已有研究證實(shí)的異煙肼耐藥突變相關(guān)區(qū)域包括katG315密碼子、inhA啟動(dòng)子區(qū)、... 

【文章來源】:廈門大學(xué)福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:138 頁

【學(xué)位級(jí)別】:博士

【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 緒論
    第一節(jié) 結(jié)核病概況
        1.1 結(jié)核病流行現(xiàn)狀
        1.2 結(jié)核菌的分類、形態(tài)與結(jié)構(gòu)
        1.3 結(jié)核病的常規(guī)臨床診斷和治療
    第二節(jié) 異煙肼耐藥概述
        2.1 異煙肼藥物作用機(jī)制
        2.2 異煙肼耐藥機(jī)制
    第三節(jié) 結(jié)核耐藥突變檢測(cè)現(xiàn)狀
        3.1 結(jié)核耐藥傳統(tǒng)和分子檢測(cè)平臺(tái)
        3.2 結(jié)核耐藥突變分子檢測(cè)試劑盒
        3.3 結(jié)核異煙肼耐藥突變分子檢測(cè)的意義
    第四節(jié) 熔解曲線分析技術(shù)
        4.1 PMA適用機(jī)型
        4.2 PMA在結(jié)核耐藥突變檢測(cè)上的應(yīng)用
        4.3 改良分子信標(biāo)
        4.4 PMA動(dòng)力學(xué)
    第五節(jié) 本論文的研究目的、內(nèi)容和意義
    參考文獻(xiàn)
第二章 異煙肼耐藥突變PMA檢測(cè)體系的建立和性能評(píng)價(jià)
    第一節(jié) 引言
    第二節(jié) 材料和方法
        2.1 實(shí)時(shí)PCR擴(kuò)增的引物及探針的設(shè)計(jì)
        2.2 菌株和質(zhì)粒來源
        2.3 核酸提取
        2.4 PCR儀器
        2.5 PCR擴(kuò)增和熔解程序
        2.6 結(jié)果統(tǒng)計(jì)
        2.7 測(cè)序分析
    第三節(jié) 結(jié)果與分析
        3.1 人工靶序列熔解曲線
        3.2 標(biāo)本DNA提取方法比較
        3.3 PMA體系的分析靈敏度評(píng)價(jià)
        3.4 PMA體系的特異性評(píng)價(jià)
        3.5 PMA體系的NTM特異性評(píng)價(jià)
        3.6 PMA體系不均一耐藥突變檢測(cè)能力評(píng)價(jià)
        3.7 PMA體系重復(fù)性評(píng)價(jià)
        3.8 PMA體系適用機(jī)型評(píng)價(jià)
    第四節(jié) 討論
    參考文獻(xiàn)
第三章 PMA體系的多中心驗(yàn)證
    第一節(jié) 引言
    第二節(jié) 材料和方法
        2.1 參考菌株
        2.2 結(jié)核臨床菌株
        2.3 核酸提取
        2.4 PCR儀器
        2.5 PCR擴(kuò)增和熔解程序
        2.6 統(tǒng)計(jì)分析
        2.7 測(cè)序分析
    第三節(jié) 結(jié)果與分析
        3.1 PMA體系檢測(cè)通量
        3.2 PMA體系判定標(biāo)準(zhǔn)
        3.3 PMA體系檢測(cè)結(jié)果與藥敏比較
        3.4 PMA體系檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序結(jié)果比較
        3.5 臨床異煙肼不均一耐藥突變株
    第四節(jié) 討論
    參考文獻(xiàn)
第四章 廈門和漳州兩地異煙肼耐藥的流行病學(xué)分析
    第一節(jié) 前言
    第二節(jié) 材料與方法
        2.1 結(jié)核分枝桿菌標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv
        2.2 菌株來源
        2.3 核酸提取
        2.4 主要試劑、儀器與PCR擴(kuò)增和熔解程序
        2.5 判讀標(biāo)準(zhǔn)
        2.6 測(cè)序分析
    第三節(jié) 結(jié)果
        3.1 臨床標(biāo)本檢測(cè)流程
        3.2 臨床標(biāo)本檢測(cè)
    第四節(jié) 討論
    參考文獻(xiàn)
第五章 實(shí)時(shí)PAP定量檢測(cè)結(jié)核異煙肼耐藥突變
    第一節(jié) 引言
    第二節(jié) 材料和方法
        2.1 質(zhì)粒和痰標(biāo)本的來源及提取方法
        2.2 引物設(shè)計(jì)和合成制備
        2.3 實(shí)時(shí)PAP反應(yīng)體系、擴(kuò)增程序和儀器
        2.4 DNA測(cè)序分析
        2.5 統(tǒng)計(jì)分析
    第三節(jié) 結(jié)果與分析
        3.1 PAP引物制備驗(yàn)證
        3.2 實(shí)時(shí)PAP體系分析靈敏度評(píng)價(jià)
        3.3 實(shí)時(shí)PAP體系分析特異性評(píng)價(jià)
        3.4 實(shí)時(shí)PAP體系分析選擇性評(píng)價(jià)
        3.5 實(shí)時(shí)PAP檢測(cè)閾值定義
        3.6 臨床標(biāo)本檢測(cè)
    第四節(jié) 討論
    參考文獻(xiàn)
附表 46株分枝桿菌中文名和拉丁文名索引
英文縮寫索引
博士期間發(fā)表交流論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Xpert結(jié)核分枝桿菌/利福平試驗(yàn)對(duì)結(jié)核病及耐多藥結(jié)核病診斷價(jià)值的Meta分析[J]. 尹青琴,焦偉偉,孫琳,肖婧,吳喜蓉,劉芳,苗青,徐放,韓銳,田建嶺,申阿東.  中國(guó)循證兒科雜志. 2012(05)
[2]新型結(jié)核病疫苗的研究現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢(shì)[J]. 吳雪瓊.  中國(guó)防癆雜志. 2012(03)
[3]出生隊(duì)列研究在中國(guó)結(jié)核病分布中的應(yīng)用[J]. 康萬里,端木宏謹(jǐn),鄭素華.  中國(guó)防癆雜志. 2011(09)
[4]應(yīng)用基因芯片技術(shù)檢測(cè)結(jié)核分枝桿菌耐藥基因[J]. 姚春艷,張立群,府偉靈.  中華醫(yī)院感染學(xué)雜志. 2010(11)
[5]耐多藥結(jié)核病快速診斷試劑盒檢測(cè)耐藥結(jié)核分枝桿菌的評(píng)價(jià)[J]. 桂曉虹,徐鵬,趙明,王莉莉,武潔,李靜,高謙,梅建.  中華結(jié)核和呼吸雜志. 2010 (01)
[6]華東地區(qū)耐藥結(jié)核分枝桿菌katG基因的變異[J]. 金嘉琳,張文宏,翁心華,胡忠義,陳澍,邵凌云.  中華傳染病雜志. 2006(05)
[7]耐異煙肼結(jié)核分枝桿菌臨床分離株耐藥相關(guān)基因突變研究[J]. 陳曦,馬玙,金奇,姜廣路,李傳友,王慶.  中華結(jié)核和呼吸雜志. 2005(04)
[8]16S~23SrDNA內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列分析及其在分支桿菌鑒定中的應(yīng)用價(jià)值[J]. 李國(guó)利,莊玉輝,趙銘,王國(guó)治,范以虎,陳保文,胡忠義.  中華結(jié)核和呼吸雜志. 2002(03)

碩士論文
[1]置換探針實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)微生物耐藥突變[D]. 溫慧欣.廈門大學(xué) 2006



本文編號(hào):3564504

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