目的:將深度測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于了解HIV感染者之間的傳播關(guān)聯(lián)、構(gòu)建和分析MSM人群HIV傳播網(wǎng)絡(luò),為尋找HIV關(guān)鍵傳播者、制定防控策略提供科學(xué)依據(jù)。方法:以云南省某市2016-2017年性伴發(fā)掘項(xiàng)目發(fā)現(xiàn)的MSM人群HIV感染者作為研究對(duì)象。采集靜脈血樣品,提取樣品中的核酸,通過巢式PCR擴(kuò)增env、gag、pol三基因區(qū)片段（長度依次為625bp、1028bp、1036bp）進(jìn)行測(cè)序和基因亞型分析。分別以env、gag、pol三基因區(qū)短片段（長度依次為376bp、384bp、387bp）為目的片段,進(jìn)行巢式PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)測(cè)序確認(rèn)無誤后純化、混合構(gòu)建DNA文庫,進(jìn)行深度測(cè)序（Hiseq平臺(tái)）。分析各樣品中的HIV準(zhǔn)種群分布,對(duì)基因亞型相同的樣品序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹、計(jì)算基因離散率并構(gòu)建HIV傳播網(wǎng)絡(luò),分析HIV傳播子網(wǎng)絡(luò),找出傳播關(guān)鍵點(diǎn)。結(jié)果:（1）本研究有38位種子感染者,其中13人未成功動(dòng)員其性伴進(jìn)行檢測(cè),25人成功動(dòng)員或提供聯(lián)系方式的性伴68人,實(shí)際接受檢測(cè)68人,檢測(cè)出陽性8人,其中6人為一層性伴,2人為二層性伴。在46位HIV感染者中采集45位的血液樣品納入本研究。自述發(fā)生過... 

【文章來源】：中國疾病預(yù)防控制中心北京市

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２流行病學(xué)性彳＿ｒ?yàn)殛P(guān)系??２．１．３抗治療息??

ｅ？ｖ注：直接測(cè)序ｐ〇／、ｇ呢和冊(cè)ｖ三基因區(qū)的編號(hào)原則為號(hào)碼前加“Ｐ、Ｇ、Ｅ”，如Ｐ２即為２號(hào)樣??品／？〇／基因區(qū)直接測(cè)序：Ｍｉｓｅｑ測(cè)序三基因區(qū)編碼原則為號(hào)碼前分別加“ＨＰ、ＨＧ、ＨＥ”，如ＨＰ２即??為２號(hào)樣品／＾／基因區(qū)高通量測(cè)序。??樣品中ｅｍ，、ｇ呢、／＾／三基因區(qū)頻數(shù)最高的準(zhǔn)種群（即第一優(yōu)勢(shì)準(zhǔn)種群）占同一樣品??全部準(zhǔn)種群數(shù)的比例分別為：６．８９％？８６．３０％?（平均５６．０４％）、２７．２４％？８３．４０％?（平均??５１．４２％）、１５．０８％？５２．５１％?（平均４１．３８％），頻數(shù)最高（最優(yōu)勢(shì)）的前２０個(gè)準(zhǔn)種群序列??的頻數(shù)占ＨＩＶ準(zhǔn)種群所有序列頻數(shù)的比例分別為９１．６７％?（平均７７．４８％）、８１．４８％?（平??均６６．６５％）、８６．３６％?（平均６３．６９％），準(zhǔn)種群分布相對(duì)集中。圖中可以看出，準(zhǔn)種序列??

自展值〕90}}GDS1.5%時(shí)CRF01沐E亞型~基因區(qū)傳播網(wǎng)絡(luò)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]高通量測(cè)序技術(shù)用于丙型肝炎病毒感染溯源調(diào)查[J]. 張靜娜,王譯葵,蔣巖,龍玉存,王繼寶,馮凱迪,唐仁海,張志敏,段松,趙琦,張桂云,邱茂鋒.  中華預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志. 2016 (06)
[2]婚內(nèi)性傳播的HIV準(zhǔn)種傳播和進(jìn)化規(guī)律研究[J]. 溫玉潔,龔渝蓉,蔣巖,王繼寶,趙琦,段松,張靜娜,潘品良,高志云,邱茂鋒.  中國艾滋病性病. 2015(05)
[3]高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展及其在生命科學(xué)中的應(yīng)用[J]. 杜玲,劉剛,陸健,劉丑生,哈福.  中國畜牧獸醫(yī). 2014(12)
[4]2008-2011年云南省男男性行為人群HIV新發(fā)感染率調(diào)查[J]. 楊莉,楊朝軍,陳會(huì)超,馬艷玲,梅靜遠(yuǎn),蘇瑩珍,施玉華,陳敏,蔣巖,賈曼紅.  現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2015(01)
[5]Miseq高通量測(cè)序平臺(tái)用于一起疑似經(jīng)性傳播HIV的溯源調(diào)查[J]. 趙琦,時(shí)麗麗,蔣巖,溫玉潔,潘品良,張桂云,邱茂鋒.  中華預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志. 2014 (06)
[6]高通量測(cè)序技術(shù)及其在植物研究中的應(yīng)用[J]. 馮健,趙雪崴.  遼寧林業(yè)科技. 2012(04)
[7]云南省男男性接觸人群（MSM）艾滋病病毒亞型分析[J]. 楊朝軍,楊莉,賈曼紅,陳玲,閔向東,包佑紅,王玨,閆文云,張婉悅,馬艷玲.  現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2011(04)
[8]兩種HIV-1耐藥準(zhǔn)種分析方法的比較[J]. 焦麗燕,劉永健,郭東星,王錚,耿慶茂,李林,莊道民,鮑作義,劉思揚(yáng),李韓平,李敬云.  軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊. 2010(03)

博士論文
[1]基于系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)分析解決困難進(jìn)化問題的策略研究[D]. 陳夢(mèng)云.中山大學(xué) 2017
[2]我國部分地區(qū)HIV-1傳播耐藥分析及深度測(cè)序?qū)^發(fā)性耐藥的研究[D]. 童翾.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2014

碩士論文
[1]高通量測(cè)序技術(shù)在MSM人群HIV傳播網(wǎng)絡(luò)研究中的應(yīng)用[D]. 張志敏.中國疾病預(yù)防控制中心 2017
[2]抗病毒治療對(duì)HIV-1準(zhǔn)種進(jìn)化的影響研究[D]. 馮凱迪.中國疾病預(yù)防控制中心 2017
[3]異性傳播HIV的準(zhǔn)種傳播和進(jìn)化規(guī)律研究[D]. 溫玉潔.中國疾病預(yù)防控制中心 2015
[4]高通量測(cè)序技術(shù)用于HIV感染溯源調(diào)查的研究[D]. 趙琦.中國疾病預(yù)防控制中心 2014
[5]HIV暴露后感染溯源技術(shù)的研究[D]. 時(shí)麗麗.中國疾病預(yù)防控制中心 2013



本文編號(hào)：3070838