目的明確云南鼠疫自然疫源地野外小型獸類巴爾通體感染情況及其影響因素,分析巴爾通體流行株基因型,為有效預(yù)防控制云南鼠疫自然疫源地巴爾通體病發(fā)生和流行提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。方法1.樣本來源:2015-2016年,在云南玉龍鼠疫疫源地、劍川鼠疫疫源地和梁河鼠疫疫源地捕獲野外小型獸類共2611只。將捕獲的小型獸類帶回實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行分類鑒定并記錄捕獲小型獸類的采樣地點(diǎn)、季節(jié)、種類、性別、海拔、棲息環(huán)境等,無菌操作取小型獸類的肝脾,置于2.0 m L凍存管中,編號(hào)標(biāo)記后,-40℃保存。2.樣本抽樣:采用分層抽樣在采集的2549份肝脾樣本中,抽取1605份樣本作為巴爾通體感染檢測(cè)對(duì)象。3.DNA提取:采用磁珠法微量細(xì)胞/組織基因組DNA提取試劑盒,運(yùn)用全自動(dòng)核酸提取儀提取DNA。4.核酸濃度測(cè)定:若核酸濃度50ng/μl或A260/A280比值1.8或2.1時(shí),重新提取該樣本DNA。5.聚合酶鏈反應(yīng)及序列分析:利用聚合酶鏈反應(yīng)檢測(cè)巴爾通體,首先采用熒光定量PCR擴(kuò)增巴爾通體非編碼RNA基因(ssr A),根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線判定結(jié)果,若Cq35為陽性,Cq值≥35為陰性,將陽性樣本進(jìn)一步采用普通PCR擴(kuò)增ssr A基因片段,將擴(kuò)增產(chǎn)物送公司測(cè)序,將測(cè)序所得序列放在NCBI進(jìn)行同源性比對(duì),利用MEGA7.0構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,分析進(jìn)化關(guān)系。6.統(tǒng)計(jì)分析:所有數(shù)據(jù)用Epidata3.0錄入,運(yùn)用R軟件,采用率進(jìn)行統(tǒng)計(jì)描述,率的組間比較用χ2,Logistic回歸分析野外小型獸類感染巴爾通體的影響因素。結(jié)果1.野外小型獸類分布:1605份野外小型獸類肝脾樣本分別為玉龍550份,劍川648份,梁河407份。其中齊氏姬鼠、大絨鼠、中華姬鼠及黃胸鼠樣本量占優(yōu)勢(shì),分別為471份、305份、157份、104份。不同地區(qū)優(yōu)勢(shì)鼠種不同,玉龍鼠疫疫源地和劍川鼠疫源地的優(yōu)勢(shì)鼠種為齊氏姬鼠、大絨鼠及中華姬鼠;梁河鼠疫疫源地的優(yōu)勢(shì)鼠種為黃胸鼠、斯氏家鼠及錫金小鼠。2.野外小型獸類巴爾通體感染率:在3目6科19屬30種1605只野外小型獸類中,25種野外小型獸類感染巴爾通體,野外小型獸類巴爾通體感染率為47.85%(768/1605)。其中短尾鼩屬(短尾鼩)感染率為80.00%(20/25)、白腹鼠屬(針毛鼠、社鼠、白腹鼠)為59.55%(53/89)、姬鼠屬(齊氏姬鼠、中華姬鼠、大耳姬鼠)為55.01%(383/697)、小鼠屬(錫金小鼠)為54.55%(24/44)、家鼠屬(黃胸鼠、斯氏家鼠、褐家鼠、大足鼠)為51.22%(105/205)、長(zhǎng)吻松鼠屬(珀氏長(zhǎng)吻松鼠)為47.62%(10/21)、鼩鼱屬(高山鼩鼱、臭鼩鼱)為45.95%(17/37)、絨鼠屬(大絨鼠、玉龍絨鼠、滇絨鼠、黑腹絨鼠)為36.34%(129/355)、麝鼩屬(灰麝鼩、長(zhǎng)尾大麝鼩)為32.35%(11/34)、毛猬屬(毛猬)為32.14%(9/28)、巨鼠屬(青毛鼠)為11.11%(1/9)、樹鼩屬(樹鼩)為2.17%(1/46)。2只滇攀鼠和板齒鼠均感染巴爾通體,巢鼠、高山鼩鼱、赤腹松鼠、側(cè)紋巖松鼠、滇絨鼠均未感染巴爾通體。3.地區(qū):玉龍、劍川和梁河鼠疫疫源地野外小型獸類巴爾通體感染率分別為50.91%(280/550)、39.97%(259/648)和56.27%(229/407),其中梁河鼠疫疫源地野外小型獸類巴爾通體感染率顯著高于玉龍和劍川疫源地(c2=29.74,(49)0.05)。4.季節(jié):野外小型獸類春夏秋冬四個(gè)季節(jié)均有巴爾通體感染,感染率分別為47.63%(171/359)、56.52%(208/368)、44.99%(211/469)、43.52%(178/409),夏季感染率高于秋季和冬季(c2=15.71,(49)0.05)。5.性別:雄性小型獸類巴爾通體的感染率(50.12%)顯著高于雌性小型獸類(45.11%)(c2=3.99,(49)0.05)。6.棲息環(huán)境:捕獲野外小型獸類主要以林地、耕地、林地耕地交界、耕地灌叢交界和灌叢5種棲息環(huán)境,其中每種棲息環(huán)境野外小型獸類巴爾通體的感染率分別為51.16%(530/1036)、39.66%(92/232)、42.54%(77/181)、48.33%(58/120)、30.56%(11/36),林地感染率最高(c2=17.16,(49)0.05)。7.海拔:隨海拔升高,野外小型獸類巴爾通體感染呈升高趨勢(shì),但對(duì)其中某一海拔梯度具有高度適應(yīng)性,具體情況為:玉龍鼠疫疫源地2400~2600m感染率為31.15%、2600~2800m為36.84%、2800~3000m為61.54%、3000米以上為48.87%,其中2800~3000m野外小型獸類巴爾通體感染率最高(c2=18.44,(49)0.05);劍川鼠疫疫源地2250~2450m感染率為35.56%、2450~2650m為38.05%、2650~2850m為47.97%,劍川不同海拔梯度野外小型獸類感染巴爾通體無差異(c2=5.31,(49)0.05);梁河鼠疫疫源地1000~1200m感染率為48.72%、1200~1400m為39.50%、1400~1600m為78.18%、1600米以上為63.93%,其中1400~1600m野外小型獸類巴爾通體感染率最高(c2=35.76,(49)0.05)。8.影響因素:云南鼠疫自然疫源地野外小型獸類感染巴爾通體與采樣地區(qū)、季節(jié)、海拔、鼠種有關(guān)。與劍川疫源地相比,玉龍疫源地野外小型獸類巴爾通體感染率增加1.44倍,梁河疫源地野外小型獸類巴爾通體感染率增加9.16倍;以春季相比,夏季野外小型獸類巴爾通體感染率增加1.32倍,秋季野外小型獸類感染率降低30%,冬季野外小型獸類感染率降低25%;以齊氏姬鼠相比,中華姬鼠巴爾通體感染率降低5%,大絨鼠巴爾通體感染率降低49%,黃胸鼠巴爾通體感染率降低45%,斯氏家鼠巴爾通體感染率降低59%,其它鼠種巴爾通體感染率降低64%;以1000~1500m海拔帶相比,1500~2000m海拔帶野外小型獸類巴爾通體感染率增加2.21倍,≥3000m海拔帶野外小型獸類巴爾通體感染率增加1.27倍,2500~3000m海拔帶野外小型獸類巴爾通體感染率增加1.07倍,2000~2500m海拔帶野外小型獸類巴爾通體感染率降低33%。9.巴爾通體遺傳進(jìn)化分析:小型獸類中檢測(cè)到的巴爾通體基因型包括羅莎利馬巴爾通體(Bartonella rochalimae)、日本巴爾通體(Bartonella japonica)、特利波契巴爾通體(Bartonella tribocorum)、森林巴爾通體(Bartonella sylvatica)、馬賽巴爾通體(Bartonella rattimassiliensis)和Bartonella washoensis。結(jié)論1.云南玉龍鼠疫疫源地、劍川鼠疫疫源地及梁河鼠疫疫源地野外小型獸類巴爾通體感染率為47.85%,且巴爾通體宿主具有多樣性。2.云南鼠疫自然疫源地野外小型獸類感染巴爾通體受采樣地區(qū)、季節(jié)、海拔、鼠種四個(gè)因素影響。梁河鼠疫疫源地野外小型獸類巴爾通體感染率最高,劍川鼠疫疫源地最低;春夏秋冬四個(gè)季節(jié)均有野外小型獸類感染巴爾通體,夏季感染率最高;隨海拔升高,野外小型獸類巴爾通體感染率呈上升趨勢(shì),但對(duì)其中某一海拔具有高度適應(yīng)性。3.云南鼠疫自然疫源地野外小型獸類巴爾通體基因型具有多樣性,其中3種對(duì)人群致病。
【學(xué)位單位】：大理大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R516.8
【部分圖文】：

第一章 材料與方法第一章 材料與方法料1.1.1 采樣點(diǎn)的選取次調(diào)查選取云南鼠疫自然疫源地即玉龍鼠疫疫源地、劍川鼠疫疫源疫源地遠(yuǎn)離村落的野外環(huán)境為調(diào)查區(qū)域，根據(jù)各疫源地生態(tài)地理景觀劃分不同海拔帶作為研究樣區(qū)，每個(gè)海拔帶隨機(jī)選取 2~3 個(gè)研究樣點(diǎn)

圖 2.1 ssrA 片段熒光定量 PCR 結(jié)果實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 擴(kuò)增 ssrA 片段判定為陽性樣本為 768 份，送去測(cè)序費(fèi)用昂貴及工作量較大，故將判定為陽性的樣本用普通 PCR 擴(kuò)增 ssrA 片段，電泳結(jié)果如圖 2.2，挑選目的條帶清晰明亮的擴(kuò)增產(chǎn)物送去測(cè)序，共 94 份樣本測(cè)序成功。PosNeg

基于ssrA基因構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹
【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 魏兆飛;尹家祥;;云南省鼠疫自然疫源地研究現(xiàn)況[J];疾病預(yù)防控制通報(bào);2015年06期

2 宋秀平;栗冬梅;賈麗軍;魯亮;王君;劉云彥;姜亞運(yùn);劉起勇;;內(nèi)蒙古小型獸類巴爾通體感染情況調(diào)查[J];中國(guó)媒介生物學(xué)及控制雜志;2015年03期

3 王躍兵;楊發(fā)蓮;彭海燕;楊向東;楊慧;于彬彬;張青;李志強(qiáng);楊秋菊;夏淑婷;;云南省不明原因發(fā)熱病人巴爾通體感染調(diào)查[J];中國(guó)熱帶醫(yī)學(xué);2014年12期

4 栗冬梅;苗志剛;宋秀平;王君;劉起勇;;巴爾通體液體培養(yǎng)條件簡(jiǎn)化及生長(zhǎng)曲線觀察[J];微生物學(xué)通報(bào);2012年11期

5 張濤;馮志勇;李麗;;鼠疫研究進(jìn)展[J];中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào);2011年07期

6 孫繼民;宋秀平;傅桂明;魯亮;劉起勇;;浙江省鼠形動(dòng)物巴爾通體的遺傳進(jìn)化分析[J];中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào);2010年06期

7 白鶴鳴,楊發(fā)蓮,楊慧,張青;云南省西部地區(qū)鼠群中巴爾通體感染的調(diào)查[J];中華流行病學(xué)雜志;2005年11期

8 栗冬梅,俞東征,劉起勇,龔正達(dá);云南省不同環(huán)境鼠形動(dòng)物巴爾通體感染情況的研究[J];中華流行病學(xué)雜志;2004年11期

9 白瑛,M.Y Kosoy,G.O Maupin,K.L Gage,董興齊,馬永康;首次證實(shí)巴爾通體在我國(guó)云南鼠群中流行[J];中國(guó)人獸共患病雜志;2002年03期

10 張耀允;黎浩;龔正達(dá);趙曉光;劉瑋;;云南省西北部分地區(qū)小獸類宿主中巴爾通體感染特征研究[J];寄生蟲與醫(yī)學(xué)昆蟲學(xué)報(bào);2013年02期

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前6條

1 李雪云;廣東省鼠形動(dòng)物攜帶巴爾通體的調(diào)查和全基因組測(cè)序分析[D];南方醫(yī)科大學(xué);2018年

2 趙秋芳;云南“三塊”鼠疫自然疫源地野外鼠形動(dòng)物及其寄生蚤季節(jié)消長(zhǎng)分析[D];大理大學(xué);2017年

3 魏兆飛;云南“三塊”鼠疫自然疫源地野外鼠形動(dòng)物空間分布及對(duì)比分析[D];大理大學(xué);2017年

4 馬潔瓊;中國(guó)鼠傳巴爾通體遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化分析[D];山東大學(xué);2017年

5 姜亞運(yùn);中國(guó)中西部三省鼠傳巴爾通體多樣性研究[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

6 左雙燕;我國(guó)黑龍江林區(qū)鼠型動(dòng)物巴爾通體感染調(diào)查與分離鑒定[D];中南大學(xué);2012年

本文編號(hào)：2893175