本文關(guān)鍵詞：IFNAR1基因SNP與EV71手足口病的易感性相關(guān)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的:首先探討I型干擾素(interferon,IFN)信號通路相關(guān)基因與腸道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)手足口病(Hand,foot and mo uth disease,HFMD)的相關(guān)性,然后探討I型IFN受體1(Type I IFN receptor 1,IFNAR1)基因單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphi sms,SNPs)rs2843710與EV71 HFMD易感性及臨床表型的相關(guān)性,最后對其相關(guān)機制進行研究。方法:首先我們利用基因芯片對10例健康志愿者(Healthy donors,HD)、6例輕癥EV71 HFMD(Mild EV71 HFMD,M-EV71)、6例重癥EV71 HFMD(Sever EV71 HFMD,S-EV71)這3組人群的外周血單個核細胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC)進行全轉(zhuǎn)錄組分析,再選取4個基因(IFNAR1、IFNAR2、OAS1和MX1)運用實時熒光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,q RT-PCR)在另外3組人群(HD、M-EV71和S-EV71,每組n=16)的PBMC中進行驗證。在IFNAR1基因上選取4個SNPs(rs2843710、rs1787572、rs113181057和rs1012334)并在1196例EV71 HFMD患者和573例HD中評價IFNAR1基因多態(tài)性與EV71HFMD易感性和臨床表型的相關(guān)性,并進一步根據(jù)性別分組,評價在不同性別人群中上述SNPs與EV71 HFMD易感性和臨床表型的相關(guān)性。進一步q RT-PCR測定I型IFN信號通路相關(guān)基因(IFNAR1、IFNAR2、OAS1和MX1)在不同基因型患者PBMC中的表達水平。最后,運用啟動子熒光素酶實驗驗證IFNAR1基因rs2843710 SNP是否為功能性SNP。結(jié)果:(1)對HD(n=10)、M-EV71(n=6)和S-EV71(n=6)三組人群的PBM C進行全轉(zhuǎn)錄組分析,聚類分析發(fā)現(xiàn)43個I型IFN相關(guān)基因在HD、M-EV71和S-EV71三組人群中表達水平明顯不同,并且根據(jù)不同的聚集模型分成2個基因簇。在同一基因簇中,I型IFN信號通路相關(guān)基因有相似的表達模式,與HD相比,EV71 HFMD患者PBMC中IFN AR1、IFNAR2、OAS1和MX1基因表達明顯降低。(2)q RT-PCR驗證發(fā)現(xiàn),與HD相比,EV71 HFMD患者PBMC中IFNA R1、IFNAR2、OAS1和MX1基因表達明顯降低,且在S-EV71中上述4個基因表達降低更明顯。(3)在HD和EV71 HFMD中,rs2843710、rs1787572、rs113181057和rs1012334均符合哈迪-溫伯格平衡定律,處于遺傳平衡狀態(tài)。(4)在這4個SNPs中,rs2843710 G、C等位基因在HD(n=573)和EV71(n=1196)組中的分布頻率明顯不同,G等位基因與EV71 HFMD的易感性相關(guān)(比值比(odds ratio,OR)=1.34;95%可信區(qū)間(co nfidence interval,CI),1.15-1.55;P=0.0001)。在基因型水平,在隱性模型(recessive model)中攜帶有rs2843710 GG基因型的患者患EV71 HFMD的危險性明顯增加(OR=1.33,95%CI,1.09-1.63;P=0.005);在相加模型(additive model)中與GG基因型相比,CC基因型和CG基因型明顯降低EV71 HFMD的易感性(OR=0.49,95%C I,0.35 0.69,P0.0001;OR=0.58,95%CI,0.42 0.82,P=0.002)。(5)在男性人群中,在相乘模型(multiplicative model)中EV71 HFMD rs2843710 G等位基因的頻率明顯高于男性HD組(OR=1.57,95%CI,1.29-1.90;P0.0001)。在基因型水平,在隱性模型中攜帶有rs2843710 GG基因型的男性兒童患EV71 HFMD風險明顯增加(OR=1.63,95%CI,1.25-2.11;P=0.0002)。在女性人群中,rs2843710與EV71 HFMD的易感性無關(guān)。(6)與M-EV71患者相比,S-EV71患者中rs2843710 G等位基因頻率明顯增高(OR=1.21,95%CI,1.02-1.44;P=0.028)。(7)在EV71 HFMD患者的PBMC中,IFNAR1基因rs2843710 GG基因型IFNAR1、OAS1和MX1基因表達水平明低于CC或CG基因型,而IFNAR2基因表達在CC、CG、GG基因型中無差別。(8)啟動子熒光素酶報告系統(tǒng)顯示,在感染EV71后,rs2843710 G等位基因的轉(zhuǎn)錄活性明顯低于C等位基因,而無EV71感染時,兩個等位基因的轉(zhuǎn)染活性無差別。結(jié)論:(1)EV71 HFMD與PBMC中I型IFN相關(guān)基因表達降低有關(guān)。(2)IFNAR1基因rs2843710 SNP與EV71 HFMD的易感性及嚴重性相關(guān)。(3)IFNAR1基因rs2843710 SNP影響IFNAR1、OAS1和MX1基因表達。(4)IFNAR1基因rs2843710 SNP影響IFNAR1啟動子轉(zhuǎn)錄活性。
【關(guān)鍵詞】：Ⅰ型干擾素 單核苷酸多態(tài)性 腸道病毒71型 手足口病
【學位授予單位】：南華大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R512.5
【目錄】：

• 摘要4-7
• Abstract7-13
• 主要英文縮略語索引13-15
• 第1章 緒論15-19
• 第2章 材料與方法19-37
• 2.1 試劑和儀器19-21
• 2.1.1 主要試劑19
• 2.1.2 主要儀器設(shè)備19-20
• 2.1.3 主要試劑配制20-21
• 2.2 研究對象及入組標準21-22
• 2.3 研究方法22-35
• 2.3.1 技術(shù)路線22
• 2.3.2 分離血漿及全血PBMC22-23
• 2.3.3 健康人群血漿腸道病毒71型IgG抗體測定23-24
• 2.3.4 提取EV71患者肛拭子病毒總RNA24
• 2.3.5 檢測肛拭子中腸道病毒71型核酸24-25
• 2.3.6 人全基因組DNA提取25-26
• 2.3.7 瓊脂糖凝膠電泳26
• 2.3.8 篩選和確定與EV71 HFMD發(fā)生、預后相關(guān)的IFNAR1基因SNP26-27
• 2.3.9 設(shè)計SNPs位點擴增引物（Amplification primer）和延伸引物（Extension primer）27-28
• 2.3.10 TOF-質(zhì)譜技術(shù)進行基因SNP分型28-30
• 2.3.11 提取PBMC中的RNA30-31
• 2.3.12 qRT-PCR實驗31-32
• 2.3.13 全轉(zhuǎn)錄組測序32-34
• 2.3.14 構(gòu)建質(zhì)粒和誘導突變34
• 2.3.15 瞬時轉(zhuǎn)染及報告分析34-35
• 2.4 數(shù)據(jù)分析35-37
• 第3章 結(jié)果37-45
• 3.1 EV71 HFMD與PBMC中I型IFN基因表達降低有關(guān)37-38
• 3.2 IFNAR1基因rs2843710 SNP與EV71 HFMD的易感性及臨床表型相關(guān)38-43
• 3.3 IFNAR1基因rs2843710 SNP影響IFNAR1、OAS1和MX1基因表達43-44
• 3.4 IFNAR1基因rs2843710影響IFNAR1啟動子轉(zhuǎn)錄活性44-45
• 第4章 討論45-49
• 第5章 結(jié)論49-50
• 參考文獻50-56
• 附錄（綜述）56-66
• 參考文獻62-66
• 作者攻讀學位期間的科研成果66-67
• 致謝67

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