發(fā)布時間：2018-05-07 21:28

  本文選題：甲流病毒 + 突變度��； 參考：《江南大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：甲型流感(甲流)病毒容易受到外部環(huán)境或其它影響而產(chǎn)生突變,突變后的病毒容易感染人類,并且能夠人傳人。因此,一般每隔幾年有一次甲流爆發(fā),每隔十幾年左右有一次甲流大爆發(fā)。從20世紀(jì)開始,總共有四次大型流感。其中1918年爆發(fā)了范圍最廣、影響力最大的“西班牙流感”,全世界約有10億人感染了流感,其中大概有4000萬人死亡。因此,甲流病毒早期預(yù)警的研究是至關(guān)重要的,而利用生物信息學(xué)方法研究它是非常好的一種手段。本文以甲流病毒蛋白質(zhì)序列作為研究對象,構(gòu)建突變度模型,利用蛋白質(zhì)之間特征信息構(gòu)建甲流病毒蛋白質(zhì)動態(tài)網(wǎng)絡(luò),為甲流爆發(fā)提供有效的預(yù)警信號。主要工作如下:(1)本文選取了1916年至2014年報道的甲流病毒HA蛋白質(zhì)序列,個別年份數(shù)據(jù)缺失除外。首先將s-1年的甲流病毒HA蛋白質(zhì)序列中每個對應(yīng)的氨基酸依次對比,取出它們出現(xiàn)次數(shù)最多的氨基酸,按順序依次排列形成一個新的序列。其次,將s年的甲流病毒HA蛋白質(zhì)序列與形成的序列比對,計算出每年HA蛋白質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)差。最后算出每年它的突變度。當(dāng)突變度值比較大時,s年甲流病毒HA蛋白質(zhì)相對于s-1年變化比較大,即突變率比較高。因此,可以通過觀察突變度值的變化,就能直觀的發(fā)現(xiàn)甲流病毒HA蛋白質(zhì)的突變情況。(2)基于上述方法,選取了1933年到2015年甲型流感病毒十種蛋白質(zhì)氨基酸序列,除有個別年份有部分蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)缺失外,計算出每年甲型流感病毒蛋白質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)差、算術(shù)平均值和變異系數(shù)。通過分別計算出甲流病毒二十種氨基酸的頻率,構(gòu)建出十種蛋白質(zhì)序列的23種特征信息。定義了每年十種蛋白質(zhì)動態(tài)網(wǎng)絡(luò)生物標(biāo)志物的核心蛋白質(zhì),分別計算出核心蛋白質(zhì)之間的特征距離和非核心蛋白質(zhì)與核心蛋白質(zhì)之間的特征距離。因此,利用生物標(biāo)志物之間的相關(guān)性構(gòu)建出一個甲流病毒網(wǎng)絡(luò)。這個網(wǎng)絡(luò)呈現(xiàn)出動態(tài)性,再結(jié)合甲流病毒蛋白質(zhì)動態(tài)網(wǎng)絡(luò)生物標(biāo)志物的性質(zhì),得到一個復(fù)合指標(biāo)Ⅰ。發(fā)現(xiàn)當(dāng)甲流病毒接近爆發(fā)前的臨界狀態(tài)或者爆發(fā)狀態(tài),復(fù)合指標(biāo)Ⅰ能夠提供一種可靠的、顯著的信息來預(yù)測甲流病毒臨界爆發(fā)期或者爆發(fā)期。說明在甲流病毒蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)層面上考慮系統(tǒng)動態(tài)網(wǎng)絡(luò)生物標(biāo)志物,可以更穩(wěn)定、更準(zhǔn)確地判斷出甲流病毒所處的狀態(tài)。通過構(gòu)建突變度模型,利用蛋白質(zhì)之間特征信息構(gòu)建甲流病毒蛋白質(zhì)動態(tài)網(wǎng)絡(luò),為預(yù)測甲流爆發(fā)可能性提供一個有效的預(yù)警信號。這對甲流病毒的研究和預(yù)警有著重要的意義。
[Abstract]:A novel influenza A virus ( Influenza A ) virus ( H1N1 ) virus ( H1N1 ) protein sequence has been developed in the past few years .

【學(xué)位授予單位】：江南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：R511.7

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本文編號：1858531