本文選題：艾滋病病毒Ⅰ型　切入點(diǎn)：輔助受體　出處：《中國(guó)艾滋病性病》2015年05期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的了解廣東省艾滋病病毒(HIV)主要流行亞型及V3環(huán)氨基酸的變異特點(diǎn),并分析病毒株利用輔助受體的情況。方法收集2013-2014年期間,在廣州市第八人民醫(yī)院住院的艾滋病(AIDS)病人的血漿256份,巢式聚合酶鏈反應(yīng)(Nested-PCR)方法擴(kuò)增env基因C2-C3(HBX2:6972~7365)區(qū)并直接測(cè)序,用Geen tool軟件將基因序列翻譯為氨基酸序列進(jìn)行比對(duì)和分析。結(jié)果共有214例(83.6%)擴(kuò)增成功,其中143例(66.8%)為CRF01_AE;45例(21.0%)為B/C重組型;26例(12.1%)為CRF01_AE/B亞型。V3環(huán)頂端四肽基序,73.4%(157/214)為GPGQ,11.7%(25/214)為GPGR,8.9%(19/214)為GPGK,2.3%(5/214)為GQGQ,其他為(GPGG、GLGH、GPGS、GPGH)3.7%(8/214)。使用國(guó)際上普遍應(yīng)用的4種軟件(PSSMx4r5、SAAC+BLAS、PSSMsisi、Geno2pheno)分別對(duì)V3環(huán)頂端四肽基序利用輔助受體的情況進(jìn)行評(píng)估。綜合評(píng)估結(jié)果顯示,132例(61.7%)利用CCR5,67例(31.3%)利用CXCR4。在15例(7.0%)無(wú)輔助受體評(píng)估結(jié)果的病例中,14例為CRF01_AE,1例為CRF01_AE/B。研究還發(fā)現(xiàn),71.1%(32/45)B/C重組型的V3四肽基序單一使用PSSMsisi軟件的評(píng)估結(jié)果,與4種軟件綜合評(píng)估結(jié)果的一致率為100%。結(jié)論目前廣東省HIV-1的主要流行株仍是CRF01_AE,其V3環(huán)氨基酸高度變異,頂端四肽基序主要是GPGQ。對(duì)毒株利用輔助受體的情況,宜采取國(guó)際普遍使用的4種軟件進(jìn)行綜合分析。
[Abstract]:Objective to investigate the main epidemic subtypes of HIV / HIV in Guangdong Province and the variation characteristics of V3 cyclic amino acids, and to analyze the utilization of coreceptor in the virus strains. A total of 256 plasma samples from patients with HIV / AIDS in Guangzhou 8th people's Hospital were collected and amplified by nested polymerase chain reaction (nested PCR) from HBX2: 6972 (7365) region of env gene, and sequenced directly. The gene sequence was translated into amino acid sequence by Geen tool software for alignment and analysis. Of these, 143 cases (66.8) are CRF01AEG 45 (21.0) (B / C recombination type 26 cases have 12.1g) is CRF01_AE/B subtype .V3 top quadripeptide motif 73.4% 157R 157214) GPGQ 11.7R 11.7R / 214) GPGGR8.9214) is GQGQ = 2.3m5214) GQGQQ, other GGGGG GHGGHGPGHGPGHGPGHGPGH3.7ng / 8214.The use of four internationally popular software PSSMx4rssiphus AC / ASPSSMsisiGeno2o1 / ASPSSMsisiGeno2o) is the apical tip of GQGQQQQQQQQQQQQ, other GQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQ (GQGQQQ). The other 26 are GQGQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQ. The results of the comprehensive evaluation showed that 132 cases (61.7%) were using CCR567 cases (31.3%) CXCR4. in 15 cases (7.0%) there were 14 cases of CRF01AEN (1 case of CRF01AEEN = CRF01AEP-B). The study also found that the recombinant V3 tetrapeptide group was 71.1% / 32% / 45%. The results of a single use of the PSSMsisi software, Conclusion at present, the main epidemic strain of HIV-1 in Guangdong Province is CRF01AEE, its V3 cyclic amino acid height variation, and the top tetrapeptide motif is mainly GPGQ.Using the auxiliary receptor to the virus strain, the results show that: 1. Four kinds of software which are widely used in the world should be adopted for comprehensive analysis.
【作者單位】： 廣州醫(yī)科大學(xué)附屬?gòu)V州市第八人民醫(yī)院傳染病研究所;
【基金】：廣東省科技計(jì)劃項(xiàng)目(2012B031800336) 十二五國(guó)家科技重大專項(xiàng)(2012ZX10001003) 廣州市科技計(jì)劃項(xiàng)目(NO2011J4300092)~~
【分類號(hào)】：R512.91

【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1633617