本文關(guān)鍵詞：華支睪吸蟲(chóng)Rab家族蛋白結(jié)構(gòu)及演化的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的鑒定華支睪吸蟲(chóng)基因組中Rab家族基因并進(jìn)行分類(lèi)。方法使用MEGA5中的Muscle模塊對(duì)秀麗線蟲(chóng)Rab進(jìn)行多序列比對(duì),以該比對(duì)結(jié)果作為查詢,對(duì)華支睪吸蟲(chóng)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行PSI-Blast搜索,使用Clustal W模塊獲得華支睪吸蟲(chóng)Rab蛋白家族序列,并根據(jù)比對(duì)結(jié)果定義Rab功能域(Rab F1~Rab F5)。使用MEGA5軟件的鄰接法建立華支睪吸蟲(chóng)Rab GTPases之間的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。再使用鄰接法構(gòu)建多物種Rab同源蛋白序列系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系樹(shù)。結(jié)果用PSI-Blast搜索華支睪吸蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù),獲得54個(gè)同源基因。這54個(gè)可能的Rab家族蛋白中有21個(gè)蛋白與參考序列的同源性超過(guò)50%。這些蛋白的編碼基因由多個(gè)內(nèi)含子和外顯子組成,且序列長(zhǎng)短不一,讀碼方向也不同。不同的Rab蛋白聚類(lèi)形成多個(gè)Rab蛋白亞型,與Rab家族具有多種Rab蛋白種類(lèi)相一致。結(jié)論華支睪吸蟲(chóng)Rab蛋白家族進(jìn)化具有保守性,蛋白的分化與物種的分化相一致。
【作者單位】： 廣東食品藥品職業(yè)學(xué)院;中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院;
【基金】：廣東食品藥品職業(yè)學(xué)院自然科學(xué)研究項(xiàng)目(2014YZ009)
【分類(lèi)號(hào)】：R532.23
【正文快照】： 華支睪吸蟲(chóng)(Clonorchis sinensis)是一種在人和哺乳類(lèi)動(dòng)物肝膽管內(nèi)寄生的、主要引起肝膽病變的食源性寄生蟲(chóng),其感染導(dǎo)致的華支睪吸蟲(chóng)病是我國(guó)感染人數(shù)最多、流行范圍最廣的寄生吸蟲(chóng)病[1]。Rab蛋白家族是一類(lèi)Ras相關(guān)的GTP結(jié)合蛋白[2-3],Rab蛋白和下游效應(yīng)蛋白定位在細(xì)胞內(nèi)不同

【相似文獻(xiàn)】

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