本文關(guān)鍵詞：華支睪吸蟲Rab家族蛋白結(jié)構(gòu)及演化的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的鑒定華支睪吸蟲基因組中Rab家族基因并進行分類。方法使用MEGA5中的Muscle模塊對秀麗線蟲Rab進行多序列比對,以該比對結(jié)果作為查詢,對華支睪吸蟲蛋白數(shù)據(jù)庫進行PSI-Blast搜索,使用Clustal W模塊獲得華支睪吸蟲Rab蛋白家族序列,并根據(jù)比對結(jié)果定義Rab功能域(Rab F1~Rab F5)。使用MEGA5軟件的鄰接法建立華支睪吸蟲Rab GTPases之間的系統(tǒng)進化樹。再使用鄰接法構(gòu)建多物種Rab同源蛋白序列系統(tǒng)進化關(guān)系樹。結(jié)果用PSI-Blast搜索華支睪吸蟲基因組數(shù)據(jù)庫,獲得54個同源基因。這54個可能的Rab家族蛋白中有21個蛋白與參考序列的同源性超過50%。這些蛋白的編碼基因由多個內(nèi)含子和外顯子組成,且序列長短不一,讀碼方向也不同。不同的Rab蛋白聚類形成多個Rab蛋白亞型,與Rab家族具有多種Rab蛋白種類相一致。結(jié)論華支睪吸蟲Rab蛋白家族進化具有保守性,蛋白的分化與物種的分化相一致。
【作者單位】： 廣東食品藥品職業(yè)學(xué)院;中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院;
【基金】：廣東食品藥品職業(yè)學(xué)院自然科學(xué)研究項目(2014YZ009)
【分類號】：R532.23
【正文快照】： 華支睪吸蟲(Clonorchis sinensis)是一種在人和哺乳類動物肝膽管內(nèi)寄生的、主要引起肝膽病變的食源性寄生蟲,其感染導(dǎo)致的華支睪吸蟲病是我國感染人數(shù)最多、流行范圍最廣的寄生吸蟲病[1]。Rab蛋白家族是一類Ras相關(guān)的GTP結(jié)合蛋白[2-3],Rab蛋白和下游效應(yīng)蛋白定位在細(xì)胞內(nèi)不同

【相似文獻】

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本文編號：1143416