本文關(guān)鍵詞：AIDS患者ART期間發(fā)TB-IRIS的轉(zhuǎn)錄組研究

  更多相關(guān)文章： 結(jié)核相關(guān)免疫重建炎性反應(yīng)綜合征 抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 顯著差異表達(dá)基因 預(yù)警因子

【摘要】：目的:本研究旨在通過(guò)全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)(RNA sequencing,RNA-se q)在全基因表達(dá)譜范圍內(nèi)尋找所有和TB-IRIS(Tuberculosis-associated I mmune Reconstitution Inflammatory Syndrome,TB-IRIS)發(fā)生相關(guān)宿主因子或標(biāo)志物,探尋其預(yù)警指標(biāo),協(xié)助疾病早期診斷,為有效降低TB-I RIS發(fā)病率和病死率、提高患者生活質(zhì)量提供幫助。方法:納入4例單純艾滋病(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)患者(H組),6例AIDS合并肺結(jié)核(Tuberculosis,TB)未發(fā)生IRIS患者(HT組),6例AIDS合并TB發(fā)生IRIS患者(HTI組),分別收集各組抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療前(Antiretroviral Therapy,ART)和ART 2周時(shí)外周血,分離外周血單個(gè)核細(xì)胞(Peripheral Blood Mononuclear Cell,PBMC),構(gòu)建c DNA文庫(kù),采用RNA-seq技術(shù),分別檢測(cè)各組患者兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)的全轉(zhuǎn)錄組表達(dá)水平,通過(guò)分析比較篩選出各組內(nèi)ART前后以及HTI組相對(duì)于HT組ART前后顯著差異表達(dá)基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),然后應(yīng)用生物信息學(xué)方法進(jìn)行富集分析(Target Mine通路富集分析)進(jìn)一步篩選出具有生物學(xué)意義的DEGs及相關(guān)信號(hào)通路。應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(q-PCR)對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證,最終確定與TB-IRIS發(fā)生可能相關(guān)的預(yù)警基因。結(jié)果:(1)ART前HTI組CD4+T細(xì)胞水平顯著低于H及HT組(p=0.010),HI V-RNA血漿病毒載量水平顯著高于H及HT組(p=0.023)。ART后HTI組CD4+T細(xì)胞數(shù)目一定程度恢復(fù)且HIV病毒載量顯著減少(平均減少到原來(lái)的1%),但HIV-RNA病毒載量水平仍顯著高于H及HT組。(2)ART前HTI組與HT組共392個(gè)DEGs(197個(gè)上調(diào),195個(gè)下調(diào))(p0.01,FDR0.05),其中38個(gè)顯著富集于通用轉(zhuǎn)錄途徑(Generic T ranscription Pathway)(P=1.11e-6)。(3)各組內(nèi)ART后相對(duì)ART前,HT組共有36個(gè)DEGs(28個(gè)上調(diào),8個(gè)下調(diào)),HTI組共有74個(gè)DEGs(50個(gè)上調(diào),24個(gè)下調(diào)),H組未發(fā)現(xiàn)DEGs。通路分析顯示HTI組74個(gè)DEGs顯著富集于干擾素α/β信號(hào)通路(p=1.35e-7)及細(xì)胞因子相關(guān)通路。(4)ART后HTI組相對(duì)于HT組共88個(gè)DEGs(81個(gè)上調(diào),7個(gè)下調(diào))。通路富集分析顯示這些基因顯著富集于細(xì)胞周期相關(guān)通路。結(jié)論:(1)ART前低CD4+T細(xì)胞數(shù)目和高HIV-RNA病毒載量可能與TB-IRI S的發(fā)生相關(guān)。(2)TB-IRIS的發(fā)生可能與干擾素α/β信號(hào)通路、細(xì)胞因子相關(guān)通路、細(xì)胞周期通路有關(guān)。(3)初步明確了TB-IRIS顯著差異基因表達(dá)譜,且RNA-seq技術(shù)可以作為預(yù)測(cè)TB-IRIS的方法。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核相關(guān)免疫重建炎性反應(yīng)綜合征 抗逆轉(zhuǎn)錄病毒治療 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 顯著差異表達(dá)基因 預(yù)警因子
【學(xué)位授予單位】：南華大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R512.91
【目錄】：

• 摘要6-8
• Abstract8-11
• 主要英文縮略語(yǔ)索引 （ABBREVIATIONS）11-13
• 第1章 前言13-17
• 第2章 材料與方法17-27
• 2.1 試劑和儀器17-18
• 2.1.1 主要試劑17
• 2.1.2 主要儀器設(shè)備17-18
• 2.2 研究對(duì)象18-19
• 2.3 研究方法19-25
• 2.3.1 技術(shù)路線19-20
• 2.3.2 PBMC的分離20
• 2.3.3 Trizol法提取細(xì)胞總RNA20-21
• 2.3.4 檢測(cè)總RNA純度及完整性21
• 2.3.5 RNA-seq測(cè)序文庫(kù)制備21
• 2.3.6 測(cè)序21
• 2.3.7 原始測(cè)序數(shù)據(jù)的處理21-22
• 2.3.8 基因表達(dá)量計(jì)算與DEGs篩選22-23
• 2.3.9 差異表達(dá)基因的富集分析23
• 2.3.10 相關(guān)性分析23
• 2.3.11 qPCR驗(yàn)證23-25
• 2.4 數(shù)據(jù)分析25-27
• 第3章 結(jié)果27-37
• 3.1 臨床資料27
• 3.2 測(cè)序PCA主成分分析27-29
• 3.3 ART前HTI組間顯著差異表達(dá)基因29-32
• 3.4 各組內(nèi)顯著差異表達(dá)基因32
• 3.5 ART后HTI組間顯著差異表達(dá)基因32-37
• 第4章 討論37-41
• 第5章 結(jié)論41-43
• 參考文獻(xiàn)43-49
• 附錄 (綜述)49-63
• 參考文獻(xiàn)55-63
• 作者攻讀學(xué)位期間的科研成果63-65
• 致謝65

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 吳還梅;孫俊;孟哲峰;張曉燕;徐建青;;HIV-1感染上調(diào)細(xì)胞系中泛素樣蛋白ISG15表達(dá)[J];病毒學(xué)報(bào);2013年05期

2 劉姣;呂冰;顏艷;;中國(guó)結(jié)核分枝桿菌/艾滋病病毒雙重感染率分析[J];中華流行病學(xué)雜志;2013年01期

3 胡毅文;袁靜;楊桂林;王輝;劉艷;周伯平;駱子義;張培澤;葉濤生;;HAART聯(lián)合白介素-Ⅱ促進(jìn)AIDS免疫重建的研究[J];中國(guó)艾滋病性病;2005年06期

，

本文編號(hào)：1030497