本文關(guān)鍵詞：新疆柯爾克孜族人群PPARG基因重組熱點遺傳定位及糖尿病關(guān)聯(lián)研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：真核生物減數(shù)分裂過程中基因組某些區(qū)域會發(fā)生較其他區(qū)域高的重組頻率,這些區(qū)域被稱作重組熱點。重組熱點對連鎖不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)的形成有極大的影響,利用LD進行遺傳作圖,有助于識別致病基因,從而有效識別引起人類疾病及其對藥物反應(yīng)的遺傳易感基因或變異位點,為臨床疾病的診治提供科學依據(jù)。本課題研究PPARG基因31個遺傳標記(SNP)位點在柯爾克孜族對照組與病例組間發(fā)生的重組事件及特征,同時對表現(xiàn)型正常的對照組和病例組在31個SNP位點上出現(xiàn)不同的基因型頻率來進行關(guān)聯(lián)研究,推測所研究基因的遺傳標記多態(tài)性和糖尿病易感位點之間是否存在因果關(guān)系。本論文工作包括以下兩部分內(nèi)容:1.新疆柯爾克孜族人群PPARG基因重組熱點遺傳定位及其特性分析本研究首先在從“Hap Map ENCODE區(qū)”中選取具較多重組熱點、已深入研究過的,國內(nèi)外糖尿病研究領(lǐng)域關(guān)注的PPARG基因來進行研究,以使本項目的結(jié)果具有可比性。下一步,選擇遺傳間隔、分布位置適當、被驗證過的、MAF≥0.05的31個SNPs作為本研究的遺傳標記。(1)采用飛基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜儀(MALDI-TOFMS)來檢測SNP位點,Mass ARRAY分子量分型技術(shù)來基因分型;(2)采用Hotspot Fisher法進行重組率推斷,結(jié)果顯示,在染色體某些區(qū)域同一位點上的重組率變化與重組強度在同一種族的不同組別間和不同人群間存在很大的差異,并在某些區(qū)域的重組率變化存在明顯性別差異;(3)采用haploview軟件分析重組圖譜,結(jié)果在Hap Map示意圖中我們所研究區(qū)域內(nèi)發(fā)現(xiàn)了6個重組熱點,不過在我們資料組只有最后5個SNPs出現(xiàn)一個重組熱點;(4)采用Hap Map軟件來進行連鎖不平衡(LD)分析,結(jié)果在柯爾克孜族病例組五個單體域的連鎖不平衡系數(shù)D′為0.91,D′1說明兩個位點間發(fā)生了歷史重組,完全LD被破壞;柯爾克孜族對照組和維吾爾族對照組中五個單體域的連鎖不平衡系數(shù)D′為1,D′=1說明兩個位點沒有被重組分開,處于完全的連鎖不平衡狀態(tài)。2.柯爾克孜族人群PPARG基因31個SNP位點多態(tài)性與2型糖尿病關(guān)聯(lián)研究首先借于MAF值來進行Hardy—Weinberg遺傳平衡定律檢驗,結(jié)果所選的31個SNPs中23個SNPs具有群體代表性(P≥0.05);(1)采用SPSS軟件t檢驗來進行對照組和病例組間基本臨床信息比較,結(jié)果顯示,兩組間在血壓(SBP、DBP)、腰臀比值、血糖、總膽固醇、低密度脂蛋白水平差異有統(tǒng)計學意義,(P≤0.01);(2)SPSSχ2檢驗來分析PPARG基因23個SNPs在對照組和病例組間的基因型和等位基因頻率,結(jié)果顯示rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162位點基因型和等位基因頻率在兩組間均有顯著統(tǒng)計學差異,(P≤0.05);(3)χ2檢驗來分析柯爾克孜族男女對照組和病例組間的基因型和等位基因型頻率,結(jié)果顯示,rs6782475位點基因型和等位基因頻率在男性和女性對照組間有統(tǒng)計學差異,(P≤0.05);rs4684846、rs7615916位點基因型頻率在男性和女性病例組間有統(tǒng)計學差異,(P≤0.05),等位基因頻率差異沒達到統(tǒng)計學意義;(4)χ2檢驗來分析單個SNP位點不同遺傳模型下在對照組和病例組間的基因型頻率分布,結(jié)果顯示,rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2921190、rs2959272、rs1875796、rs4135275、rs1151999位點在不同遺傳模型下基因型頻率分布在兩組間差異有統(tǒng)計學意義,P≤0.05;(5)統(tǒng)計分析維吾爾族健康對照組人群PPARG基因23個SNPs的基因型和等位基因頻率,并采用χ2檢驗來分析維吾爾族男女兩組間的基因型和等位基因頻率,結(jié)果男女兩組間差異沒達到統(tǒng)計學意義;(6)χ2檢驗來分析柯爾克孜和維吾爾族、CHB(北京漢族)、CEU(歐洲北部和西部猶他州居民)、YRI(伊巴丹尼日利亞人)人群間的基因型和等位基因頻率比較,結(jié)果顯示,rs1175540、rs17036242、rs2881654、rs2959273、rs2972162、rs4135275、rs709151、rs9310401、rs1801282位點在柯爾克孜族和維吾爾族人群間基因型和等位基因分布頻率均有顯著統(tǒng)計學差異(P≤0.05);rs2292101、rs3856806、rs7626560位點在柯爾克孜族和CHB人群間基因型和等位基因分布頻率均有顯著統(tǒng)計學差異(P≤0.05);rs2292101、rs2959273、rs3856806、rs4684846、rs6782475、rs7615916、rs7626560、rs9817428位點在柯爾克孜族與CEU人群間基因型和等位基因分布頻率差異有統(tǒng)計學意義,(P≤0.01);在rs1151999、rs1175540、rs1875796、rs1899951、rs2292101,rs2881654、rs2921190、rs2938397、rs2959272、rs2959273、rs2972162、rs3856806、rs4135247、rs4135275、rs4684846、rs6782475、rs709151、rs7626560、rs1801282,位點在柯爾克孜族與YRI人群間基因型和等位基因分布頻率有顯著統(tǒng)計學差異,(P≤0.05)。本研究結(jié)果進一步可以證明不同人群中在染色體某些區(qū)域的重組率變化可能存在很大差異,可能存在種群特異性的重組熱點/或同一熱點位置的重組強度各不相同,可能在某些區(qū)域的重組率變化存在性別差異。關(guān)聯(lián)分析中發(fā)現(xiàn)rs1801282、rs1899951、rs2881654位點多態(tài)性可能是新疆克爾克孜人群2型糖尿病的易感基因位點。
【關(guān)鍵詞】：重組熱點 PPARG基因 SNP 柯爾克孜族
【學位授予單位】：新疆大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R587.1;R394
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第一部分 新疆柯爾克孜族人群PPARG基因重組熱點遺傳定位及其特性分析9-41
• 一.引言9-14
• 1.重組熱點研究意義9-10
• 2.重組熱點研究進展10-11
• 3.重組熱點的方法學研究進展11-12
• 4.基因重組與連鎖不平衡關(guān)系12-13
• 5.確定待檢染色體區(qū)段及所采用的分子標記13-14
• 二.材料與方法14-25
• 1.標本的采集14-15
• 1.1 研究對象14
• 1.2 體格檢查及臨床生化指標檢測14
• 1.3 納入標準14-15
• 1.4 血標本處理15
• 1.5 建立T2DM遺傳資源數(shù)據(jù)庫15
• 2.基因組DNA的提取15-17
• 2.1 主要試劑及來源15
• 2.2 血液樣品基因組提取步驟15-16
• 2.3 實驗儀器16-17
• 3.PPARG基因多態(tài)性檢測17-21
• 3.1 納入研究的T2DM易感基因17
• 3.2 SNPs分子標記篩選17
• 3.3 SNPs基因型分析17-18
• 3.4 主要儀器與試劑18-19
• 3.5 基因分型的技術(shù)路線19
• 3.6 引物設(shè)計19-20
• 3.7 PCR反應(yīng)20-21
• 3.8 樹脂純化21
• 4. 重組熱點計算步驟21-25
• 三.結(jié)果與分析25-35
• 3.1 分析柯爾克孜族人群對照組和病例組，維吾爾族對照組間的重組率25
• 3.2 柯爾克孜族人群男女病例組間的重組率比較25
• 3.3 維吾爾族人群男女對照組間的重組率比較25-30
• 3.4 PPARG基因的重組熱點和連鎖不平衡分析30-35
• 四.討論35-38
• 五.參考文獻38-41
• 第二部分 柯爾克孜族人群PPARG基因 31個SNP位點的多態(tài)性與2型糖尿病的關(guān)聯(lián)研究41-65
• 一.引言41-43
• 1.糖尿病概況41
• 2.單核苷酸多態(tài)性研究41-42
• 3.PPARG基因結(jié)構(gòu)與功能42-43
• 二.材料與方法43-44
• 1.標本的采集43
• 2.基因組DNA的提�。ㄍ谝徊糠�，材料與方法 2 ）43
• 3.PPARG基因多態(tài)性檢測（同第一部分，材料與方法 3 ）43
• 4.統(tǒng)計學處理43-44
• 三.結(jié)果44-59
• 1.對照組-病例組間臨床信息比較44-45
• 2.Hardy—Winberg平衡吻合度檢驗45-46
• 3.31個SNP位點在柯爾克孜族對照組和病例組間的基因型分布頻率46-47
• 4.23個SNP位點在柯爾克孜族對照組和病例組間的等位基因分布頻率47-48
• 5.23個SNP在柯爾克孜族男女對照組間的基因型和等位基因型分布特征48-49
• 6.23個SNP位點在柯爾克孜族男女病例組間的基因型和等位基因分布49-50
• 7.單個SNP位點在不同遺傳模型下基因型頻率分布50-53
• 8.23個SNP位點在維吾爾族健康對照組的基因型和等位基因分布特征53-54
• 9.23個SNP位點維吾爾族男女對照組間的基因型和等位基因頻率54-55
• 10.23個SNP位點柯爾克孜族和維吾爾族人群間基因型和等位基因頻率比較55-56
• 11.23個SNPs柯爾克孜族人群與CHB、CEU、YRI人群的基因型和等位基因型頻率比較56-59
• 四.討論59-61
• 五.參考文獻61-65
• 附件1基因分型plot圖65-68
• 附件 2 LD圖68-70
• 附錄3英文縮寫70-71
• 論文發(fā)表情況71-72
• 致謝72-73

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 王娟;;人類基因組SNPs的研究現(xiàn)狀及應(yīng)用前景[J];生命科學;2006年04期

2 姬森林;黃青陽;;PPARγ變異與復(fù)雜疾病[J];遺傳;2006年08期

  本文關(guān)鍵詞：新疆柯爾克孜族人群PPARG基因重組熱點遺傳定位及糖尿病關(guān)聯(lián)研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：392289