本文關(guān)鍵詞：多重耐藥弗氏檸檬酸桿菌P10159和噬菌體IME-CF2的測序和基因組學(xué)研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：弗氏檸檬酸桿菌是人體腸道正常菌群,也是條件致病菌,能引起免疫力低下人群患病。弗氏檸檬酸桿菌自發(fā)現(xiàn)之初就表現(xiàn)出對(duì)常用的抗生素耐受,抗生素治療只能抑制其生長。此外,該菌對(duì)表面活性劑、化學(xué)消毒劑、紫外線照射等具有一定抵抗作用。因此,不易將其從醫(yī)療設(shè)備上清除干凈,是院內(nèi)感染重要病原菌之一,重要性僅次于銅綠假單胞菌。當(dāng)前,抗生素藥物的研發(fā)速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)趕不上細(xì)菌獲得耐藥的速度,耐藥細(xì)菌特別是多重耐藥病原菌給臨床抗感染治療帶來極大挑戰(zhàn)。臨床亟待尋找抗生素可替代品,用于耐藥病原菌的防控和治療。有古老研究歷史的噬菌體治療此時(shí)展現(xiàn)出許多優(yōu)勢(shì),是一種潛在治療方案,重新獲得人們的關(guān)注。高通量測序技術(shù)(HTS),又叫下一代測序技術(shù)(NGS),具有通量高、速度快、價(jià)格低廉等優(yōu)點(diǎn),為基因組學(xué)的發(fā)展提供了重要支撐,是生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)等行業(yè)研究的重要工具�；蚪M完整序列的獲取對(duì)研究遺傳、進(jìn)化、變異、基因組成、基因調(diào)控等具有重要意義。當(dāng)前,市場主流的二代測序平臺(tái)有Roche454、Illumina的Hiseq及Miseq、Life的Ion Torrent。其中Illumina占據(jù)絕大部分市場,其突出優(yōu)點(diǎn)是通量高、準(zhǔn)確度高。Ion Torrent測序速度最快,Roche454單條Reads序列讀長最長,它們都有同聚性錯(cuò)誤的缺點(diǎn)。以上測序儀在不同的應(yīng)用領(lǐng)域有其優(yōu)勢(shì)與不足。本實(shí)驗(yàn)針對(duì)分離于醫(yī)院食管癌患者尿液的一株多重耐藥弗氏檸檬酸桿菌,首先測定其耐藥譜和生化特性。然后,使用Ion Torrent對(duì)其進(jìn)行全基因組測序研究和基因組學(xué)分析。為解決基因組序列拼接中因重復(fù)序列所致斷裂問題,我們使用Shotgun和Mate-Pair兩種測序方法。序列組裝使用Newbler v2.8,由于其組裝原理基于序列相似性比對(duì),過多數(shù)據(jù)反而不利于組裝。經(jīng)反復(fù)嘗試,我們推薦使用約30倍覆蓋倍數(shù)的數(shù)據(jù)用于組裝。Contig Scape軟件用于Contigs關(guān)聯(lián)信息展示,并使用參考序列進(jìn)行片段定位。基因組Gap使用Gapfiller填補(bǔ),針對(duì)其中不能填補(bǔ)的Gap,兩端設(shè)計(jì)引物,通過PCR擴(kuò)增獲取該Gap序列。最終,獲取C.freundii P10159基因組全序,長5 080 321bp,GC含量51.7%�；蚪M編碼4 768個(gè)CDSs,24個(gè)r RNA和69個(gè)t RNA。從Gen Bank數(shù)據(jù)庫中下載其余三株弗氏檸檬酸桿菌(C.freundii CAV1741、C.freundii CAV1321和C.freundii CFNIH1)全基因組序列,與本測序菌株P(guān)10159進(jìn)行比較基因組學(xué)分析。結(jié)果顯示,4株弗氏檸檬酸桿菌同源性較高,同源區(qū)域較多。C.freundii P10159相較于其他三株基因組有一個(gè)大片段顛倒突變(2.4~3.2Mbp),與C.freundii CAV1231株同源性最高。進(jìn)一步抽提以上四株弗氏檸檬酸桿菌蛋白序列,進(jìn)行同源蛋白比對(duì)分析。4株弗氏檸檬酸桿菌之間共有同源基因3 395個(gè),表明它們之間具有相對(duì)較高的同源性。C.freundii P10159與C.freundii CAV1321、C.freundii CAV1741和C.freundii CFNIH1分別具有3 613、3 606和3 488個(gè)同源基因。C.freundii P10159具有最多的特有基因787個(gè),與其他三株差別最大。基于3個(gè)管家基因和1個(gè)16S r RNA序列進(jìn)化樹分析顯示,上述四株弗氏檸檬酸桿菌處于同一進(jìn)化分支,能與大腸桿菌及沙門氏菌分開。本文第二章成功從醫(yī)院污水中分離到一株弗氏檸檬酸桿菌毒性噬菌體IME-CF2,電鏡照片顯示該噬菌體呈典型的二十面體結(jié)構(gòu),具有一收縮的尾部,形態(tài)類似肌尾噬菌體科。全基因組序列分析與進(jìn)化分析表明IME-CF2屬T4類噬菌體。對(duì)其進(jìn)行形態(tài)學(xué)分析和基因組學(xué)研究,為噬菌體治療研究提供了基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：弗氏檸檬酸桿菌 高通量測序 基因組學(xué)分析 噬菌體治療
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R378;Q78
【目錄】：

• 縮略詞表5-6
• 中文摘要6-8
• Abstract8-11
• 前言11-15
• 1 微生物基因組學(xué)研究11-12
• 2 弗氏檸檬酸桿菌致病性及其耐藥性12
• 3 噬菌體治療研究進(jìn)展12-13
• 4 本文主要研究內(nèi)容13-15
• 第一章 多重耐藥弗氏檸檬酸桿菌P10159的分離鑒定與比較基因組學(xué)分析15-58
• 1 引言15-16
• 2 材料與方法16-39
• 3 結(jié)果39-56
• 4 討論56-58
• 第二章 弗氏檸檬酸桿菌裂解性噬菌體的分離和基因組學(xué)分析58-73
• 1 引言58-59
• 2 材料與方法59-62
• 3 結(jié)果62-72
• 4 討論72-73
• 結(jié)論73-74
• 參考文獻(xiàn)74-78
• 附錄78-79
• 個(gè)人簡歷79-81
• 致謝81-82
• 綜述82-89
• 參考文獻(xiàn)88-89

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 秦楠;栗東芳;楊瑞馥;;高通量測序技術(shù)及其在微生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J];微生物學(xué)報(bào);2011年04期

  本文關(guān)鍵詞：多重耐藥弗氏檸檬酸桿菌P10159和噬菌體IME-CF2的測序和基因組學(xué)研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：322909