基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的桃仁-紅花聯(lián)合葉酸抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化作用機(jī)制的研究及其臨床靶基因預(yù)測(cè)
發(fā)布時(shí)間:2021-03-29 10:15
目的動(dòng)脈粥樣硬化是血管病變的常見病理變化,發(fā)生部位、涉及系統(tǒng)都較多,可見心腦血管、頸部血管、下肢血管、腎臟血管等,而以冠狀動(dòng)脈粥樣硬化為全民健康負(fù)擔(dān)最重,患病率基數(shù)較高,病死率最高。心臟支架微創(chuàng)手術(shù)技術(shù)發(fā)展日趨完善,冠狀動(dòng)脈粥樣硬化所致的急性心肌梗死治愈率較前明顯提高,但仍有許多并發(fā)癥待解決,從二級(jí)預(yù)防角度上延緩和防治冠狀動(dòng)脈粥樣硬化,仍有進(jìn)一步探索的意義。近年來中藥與西藥聯(lián)用治療冠狀動(dòng)脈粥樣硬化的效果被證實(shí)較單一用藥效果好,中藥藥對(duì)桃仁、紅花是活血化瘀、行氣止痛的要藥,常用于冠狀動(dòng)脈粥樣硬化的防治處方中,西藥葉酸也是冠狀動(dòng)脈粥樣硬化防治指南中的重要輔助用藥。本課題擬從生物信息學(xué)角度通過基因表達(dá)譜分析冠狀動(dòng)脈粥樣硬化風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)靶點(diǎn),從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的角度探索兩者聯(lián)用防治冠狀動(dòng)脈粥樣硬化的作用靶點(diǎn)、作用通路,有助于進(jìn)一步了解其具體分子機(jī)制。方法1.生物信息學(xué)靶基因預(yù)測(cè)在本研究中,我們從基因表達(dá)綜合(GEO)數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得了GSE90074的基因芯片數(shù)據(jù)。首先,通過病變組與正常組的比值分析并篩選差異表達(dá)基因(DEGs),并且根據(jù)基因本體論(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)進(jìn)行功能聚類分...
【文章來源】:湖北中醫(yī)藥大學(xué)湖北省
【文章頁(yè)數(shù)】:89 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
火山圖與熱圖
基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的桃仁-紅花聯(lián)合葉酸抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化作用機(jī)制的研究及其臨床靶基因預(yù)測(cè)31圖7葉酸的分子結(jié)構(gòu)3.2葉酸與桃仁-紅花藥對(duì)有效活性成分的靶點(diǎn)葉酸對(duì)應(yīng)人的有效靶點(diǎn)為63個(gè)基因,桃仁、紅花有效活性成分對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)基因分別為20個(gè)、103個(gè)。將三者的有效靶點(diǎn)利用R語言進(jìn)行合并去重,得到166個(gè)靶點(diǎn)基因。3.3抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化潛在靶點(diǎn)預(yù)測(cè)在GeneCards中以“冠狀動(dòng)脈粥樣硬化”為關(guān)鍵詞檢索,得到相關(guān)基因2890個(gè)。在OMIM中檢索“冠狀動(dòng)脈粥樣硬化”可得到相關(guān)基因8個(gè),然后利用R語言對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的疾病靶點(diǎn)進(jìn)行合并去重,得到冠狀動(dòng)脈粥樣硬化疾病相關(guān)靶點(diǎn)共2891個(gè)。利用R語言將冠狀動(dòng)脈粥樣硬化疾病相關(guān)靶點(diǎn)與葉酸、桃仁、紅花藥物作用靶點(diǎn)取交集,得到預(yù)測(cè)葉酸聯(lián)合桃仁、紅花藥物抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化潛在靶點(diǎn)95個(gè),如圖8所示。Disease2796Drug7195圖8桃仁、紅花、葉酸藥物靶點(diǎn)基因與冠狀動(dòng)脈粥樣硬化疾病靶點(diǎn)基因的韋恩圖注:紅色表示藥物靶點(diǎn),青綠色表示疾病靶點(diǎn)。
湖北中醫(yī)藥大學(xué)2020屆碩士學(xué)位論文323.4藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建葉酸、桃仁、紅花藥物作用靶點(diǎn)蛋白質(zhì)相互作用,有166個(gè)節(jié)點(diǎn),1215條連接邊線,平均節(jié)點(diǎn)度為14.6,平均局部聚類系數(shù)為0.511,期望邊數(shù)為525條,PPI富集p值小于1.0e-16。將STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的蛋白質(zhì)相互作用文件輸入到Cytoscape中構(gòu)建藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò),展現(xiàn)葉酸、桃仁、紅花藥物的靶基因與靶基因間相互作用網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,以及葉酸、桃仁、紅花藥物分別與靶基因的藥效團(tuán)關(guān)系,如圖9所示。將預(yù)測(cè)葉酸聯(lián)合桃仁、紅花藥物抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化95個(gè)潛在靶點(diǎn),輸入到STRING數(shù)據(jù)庫(kù),構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,有95個(gè)節(jié)點(diǎn),955條連接邊線,平均節(jié)點(diǎn)度為20.1,平均局部聚類系數(shù)為0.625,期望邊數(shù)為296條,PPI富集p值小于1.0e-16,如圖10所示。圖9桃仁、紅花、葉酸藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)注:紅線表示藥物與靶點(diǎn)之間的關(guān)系,藍(lán)線表示藥物靶點(diǎn)與靶點(diǎn)之間的關(guān)系。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病與缺血性腦卒中相關(guān)性研究進(jìn)展[J]. 李清,杜祥穎. 中國(guó)動(dòng)脈硬化雜志. 2019(10)
[2]平性藥桃仁在寒、熱不同血瘀證下入血成分差異研究[J]. 陳瑾,馮旭,宋舸,李揚(yáng),鄧家剛,郝二偉. 時(shí)珍國(guó)醫(yī)國(guó)藥. 2019(09)
[3]紅花黃色素注射液輔助治療冠心病心絞痛的效果及對(duì)患者血液流變學(xué)的影響[J]. 房楷源,康建琴,丁志松,房耿浩. 慢性病學(xué)雜志. 2019(07)
[4]羥基紅花黃色素A改善缺血性腦卒中機(jī)制的研究進(jìn)展[J]. 馬嘉翼,褚松齡. 中國(guó)現(xiàn)代應(yīng)用藥學(xué). 2019(08)
[5]原發(fā)性高血壓患者動(dòng)態(tài)動(dòng)脈硬化指數(shù)與頸動(dòng)脈粥樣硬化及早期腎損害的相關(guān)性研究[J]. 馮曉娟,楊香花,張曉玲,劉麗麗,溫樹彬. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2019(07)
[6]阮士怡從“脈中積”理論治療冠心病冠狀動(dòng)脈粥樣硬化經(jīng)驗(yàn)[J]. 方子寒,張琴,謝盈彧,張軍平. 中醫(yī)雜志. 2018(21)
[7]紅花黃色素類化合物的藥代動(dòng)力學(xué)研究進(jìn)展[J]. 黃明麗,宋慧鵬,龐漢青,高雯,聞曉東. 藥學(xué)與臨床研究. 2018(04)
[8]桃仁中脂肪酸、氨基酸含量分析[J]. 黃麗萍,尹蓉,張倩茹,楊萍,杜海燕. 農(nóng)學(xué)學(xué)報(bào). 2017(11)
[9]王煥祿辨治冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)總結(jié)[J]. 匡武. 環(huán)球中醫(yī)藥. 2016(12)
[10]從氣虛血瘀論治冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病[J]. 張世亮,陳蕾,劉妹芹. 中西醫(yī)結(jié)合心血管病電子雜志. 2016(24)
本文編號(hào):3107388
【文章來源】:湖北中醫(yī)藥大學(xué)湖北省
【文章頁(yè)數(shù)】:89 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
火山圖與熱圖
基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的桃仁-紅花聯(lián)合葉酸抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化作用機(jī)制的研究及其臨床靶基因預(yù)測(cè)31圖7葉酸的分子結(jié)構(gòu)3.2葉酸與桃仁-紅花藥對(duì)有效活性成分的靶點(diǎn)葉酸對(duì)應(yīng)人的有效靶點(diǎn)為63個(gè)基因,桃仁、紅花有效活性成分對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)基因分別為20個(gè)、103個(gè)。將三者的有效靶點(diǎn)利用R語言進(jìn)行合并去重,得到166個(gè)靶點(diǎn)基因。3.3抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化潛在靶點(diǎn)預(yù)測(cè)在GeneCards中以“冠狀動(dòng)脈粥樣硬化”為關(guān)鍵詞檢索,得到相關(guān)基因2890個(gè)。在OMIM中檢索“冠狀動(dòng)脈粥樣硬化”可得到相關(guān)基因8個(gè),然后利用R語言對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的疾病靶點(diǎn)進(jìn)行合并去重,得到冠狀動(dòng)脈粥樣硬化疾病相關(guān)靶點(diǎn)共2891個(gè)。利用R語言將冠狀動(dòng)脈粥樣硬化疾病相關(guān)靶點(diǎn)與葉酸、桃仁、紅花藥物作用靶點(diǎn)取交集,得到預(yù)測(cè)葉酸聯(lián)合桃仁、紅花藥物抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化潛在靶點(diǎn)95個(gè),如圖8所示。Disease2796Drug7195圖8桃仁、紅花、葉酸藥物靶點(diǎn)基因與冠狀動(dòng)脈粥樣硬化疾病靶點(diǎn)基因的韋恩圖注:紅色表示藥物靶點(diǎn),青綠色表示疾病靶點(diǎn)。
湖北中醫(yī)藥大學(xué)2020屆碩士學(xué)位論文323.4藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建葉酸、桃仁、紅花藥物作用靶點(diǎn)蛋白質(zhì)相互作用,有166個(gè)節(jié)點(diǎn),1215條連接邊線,平均節(jié)點(diǎn)度為14.6,平均局部聚類系數(shù)為0.511,期望邊數(shù)為525條,PPI富集p值小于1.0e-16。將STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建的蛋白質(zhì)相互作用文件輸入到Cytoscape中構(gòu)建藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò),展現(xiàn)葉酸、桃仁、紅花藥物的靶基因與靶基因間相互作用網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,以及葉酸、桃仁、紅花藥物分別與靶基因的藥效團(tuán)關(guān)系,如圖9所示。將預(yù)測(cè)葉酸聯(lián)合桃仁、紅花藥物抗冠狀動(dòng)脈粥樣硬化95個(gè)潛在靶點(diǎn),輸入到STRING數(shù)據(jù)庫(kù),構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,有95個(gè)節(jié)點(diǎn),955條連接邊線,平均節(jié)點(diǎn)度為20.1,平均局部聚類系數(shù)為0.625,期望邊數(shù)為296條,PPI富集p值小于1.0e-16,如圖10所示。圖9桃仁、紅花、葉酸藥物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)注:紅線表示藥物與靶點(diǎn)之間的關(guān)系,藍(lán)線表示藥物靶點(diǎn)與靶點(diǎn)之間的關(guān)系。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病與缺血性腦卒中相關(guān)性研究進(jìn)展[J]. 李清,杜祥穎. 中國(guó)動(dòng)脈硬化雜志. 2019(10)
[2]平性藥桃仁在寒、熱不同血瘀證下入血成分差異研究[J]. 陳瑾,馮旭,宋舸,李揚(yáng),鄧家剛,郝二偉. 時(shí)珍國(guó)醫(yī)國(guó)藥. 2019(09)
[3]紅花黃色素注射液輔助治療冠心病心絞痛的效果及對(duì)患者血液流變學(xué)的影響[J]. 房楷源,康建琴,丁志松,房耿浩. 慢性病學(xué)雜志. 2019(07)
[4]羥基紅花黃色素A改善缺血性腦卒中機(jī)制的研究進(jìn)展[J]. 馬嘉翼,褚松齡. 中國(guó)現(xiàn)代應(yīng)用藥學(xué). 2019(08)
[5]原發(fā)性高血壓患者動(dòng)態(tài)動(dòng)脈硬化指數(shù)與頸動(dòng)脈粥樣硬化及早期腎損害的相關(guān)性研究[J]. 馮曉娟,楊香花,張曉玲,劉麗麗,溫樹彬. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2019(07)
[6]阮士怡從“脈中積”理論治療冠心病冠狀動(dòng)脈粥樣硬化經(jīng)驗(yàn)[J]. 方子寒,張琴,謝盈彧,張軍平. 中醫(yī)雜志. 2018(21)
[7]紅花黃色素類化合物的藥代動(dòng)力學(xué)研究進(jìn)展[J]. 黃明麗,宋慧鵬,龐漢青,高雯,聞曉東. 藥學(xué)與臨床研究. 2018(04)
[8]桃仁中脂肪酸、氨基酸含量分析[J]. 黃麗萍,尹蓉,張倩茹,楊萍,杜海燕. 農(nóng)學(xué)學(xué)報(bào). 2017(11)
[9]王煥祿辨治冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)總結(jié)[J]. 匡武. 環(huán)球中醫(yī)藥. 2016(12)
[10]從氣虛血瘀論治冠狀動(dòng)脈粥樣硬化性心臟病[J]. 張世亮,陳蕾,劉妹芹. 中西醫(yī)結(jié)合心血管病電子雜志. 2016(24)
本文編號(hào):3107388
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