本文關(guān)鍵詞：基于質(zhì)譜篩選差異表達(dá)蛋白的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：準(zhǔn)確、高效地篩選差異表達(dá)的蛋白質(zhì)是基于質(zhì)譜的定量蛋白質(zhì)組學(xué)的重要研究內(nèi)容之一,是發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)志物的先決條件,對疾病的早期診斷具有促進(jìn)作用。但是差異分析方法較難選擇、蛋白質(zhì)定量信息缺失較多、篩選結(jié)果質(zhì)量參差不齊等挑戰(zhàn)一直存在于定量差異分析工作中。本文在前人的研究基礎(chǔ)上,針對這些問題做了以下三個(gè)方面的工作：(i)在含有內(nèi)標(biāo)的真實(shí)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)D1和D2上,評估了包含Welth檢驗(yàn)、置換檢驗(yàn)、ROTs、SAM和EBRCT法在內(nèi)的五種有代表性的差異篩選統(tǒng)計(jì)方法,同時(shí)合理控制了檢驗(yàn)結(jié)果的質(zhì)量,通過比較ROC曲線、pAUC、TPR、FPR和FDR,證實(shí)了在D1和D2中,針對定量差異分析問題,結(jié)合經(jīng)典統(tǒng)計(jì)理論與貝葉斯理論的統(tǒng)計(jì)方法和從其他組學(xué)借鑒的方法是不錯的選擇。(ii)根據(jù)蛋白質(zhì)組學(xué)定量信息缺失的特點(diǎn),在D1的基礎(chǔ)上,模擬了九個(gè)含有不同缺失比例的數(shù)據(jù),分別進(jìn)行含有57種不同插補(bǔ)次數(shù)的鏈?zhǔn)降仁蕉嘀夭逖a(bǔ),通過比較插補(bǔ)前后的絕對Pearson相關(guān)系數(shù)、平均MAD和平均MSD,可知多重插補(bǔ)的效果與插補(bǔ)次數(shù)和缺失比例相關(guān),當(dāng)缺失比例不變時(shí),插補(bǔ)次數(shù)越多,插補(bǔ)效果不一定越好,且最優(yōu)插補(bǔ)次數(shù)隨著缺失比例的不同而不同。(iii)探討了包含均值插補(bǔ)、基于豐度分布的插補(bǔ)、k近鄰插補(bǔ)和多重插補(bǔ)在內(nèi)的四種有代表性的插補(bǔ)方法對除EBRCT法之外的其它四種統(tǒng)計(jì)方法在篩選差異表達(dá)蛋白質(zhì)方面檢驗(yàn)功效的影響,通過比較ROC曲線、pAUC.f-score和g-score,以提醒相關(guān)研究人員在差異分析前,應(yīng)慎重處理缺失數(shù)據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：質(zhì)譜 定量蛋白質(zhì)組學(xué) 差異表達(dá) 缺失值 統(tǒng)計(jì)方法
【學(xué)位授予單位】：大連海事大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：O212.1
【目錄】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-10
• 第1章 緒論10-17
• 1.1 論文研究背景及意義10
• 1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀10-15
• 1.2.1 差異分析統(tǒng)計(jì)方法的選擇問題11-12
• 1.2.2 定量結(jié)果中的缺失值問題12-13
• 1.2.3 差異分析結(jié)果的質(zhì)量控制問題13-15
• 1.3 本文的主要工作15-17
• 第2章 相關(guān)概念及理論知識17-25
• 2.1 質(zhì)譜17
• 2.2 定量蛋白質(zhì)組學(xué)17-20
• 2.2.1 定量蛋白質(zhì)組學(xué)的研究內(nèi)容18
• 2.2.2 蛋白質(zhì)組學(xué)的定量方法18-20
• 2.3 基于質(zhì)譜的定量差異分析流程20
• 2.4 基于質(zhì)譜的定量差異分析統(tǒng)計(jì)手段20-25
• 2.4.1 基于經(jīng)典統(tǒng)計(jì)學(xué)派的差異分析統(tǒng)計(jì)方法21-22
• 2.4.2 基于貝葉斯學(xué)派的差異分析統(tǒng)計(jì)方法22
• 2.4.3 其他方法22-24
• 2.4.4 差異分析的軟件工具24-25
• 第3章 差異分析統(tǒng)計(jì)方法的比較研究25-37
• 3.1 數(shù)據(jù)的來源及特點(diǎn)25-26
• 3.2 差異分析統(tǒng)計(jì)方法的原理與實(shí)現(xiàn)26-29
• 3.3 評價(jià)指標(biāo)29-32
• 3.3.1 真陽與假陽、真陰與假陰29-30
• 3.3.2 靈敏度、特異性和準(zhǔn)確性30-31
• 3.3.3 FPR和FDR31
• 3.3.4 ROC曲線和AUC值31-32
• 3.4 過程及結(jié)論32-37
• 第4章 插補(bǔ)方法對差異蛋白質(zhì)篩選結(jié)果的影響37-49
• 4.1 數(shù)據(jù)的來源及特點(diǎn)37
• 4.2 插補(bǔ)方法的原理與實(shí)現(xiàn)37-39
• 4.3 評價(jià)指標(biāo)39-41
• 4.3.1 絕對Pearson相關(guān)系數(shù)39-40
• 4.3.2 MAD和MSD40
• 4.3.3 g-score和f-score40-41
• 4.4 過程及結(jié)論41-49
• 結(jié)論與展望49-51
• 參考文獻(xiàn)51-60
• 攻讀學(xué)位期間公開發(fā)表論文60-61
• 致謝61

【相似文獻(xiàn)】

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8 李圣瑜;調(diào)查數(shù)據(jù)缺失值的多重插補(bǔ)研究[D];河北經(jīng)貿(mào)大學(xué);2015年

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10 張萬軍;復(fù)雜曲線曲面插補(bǔ)技術(shù)修正算法的研究[D];蘭州理工大學(xué);2011年

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