本文關(guān)鍵詞：蘭科植物FT基因的密碼子偏性分析

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【摘要】：為探討蘭科植物FT(FLOWERING LOCUS T)基因同義密碼子使用偏好性,鑒定出該類基因的最優(yōu)密碼子,本研究以擬南芥FT基因?yàn)樘结?從公共數(shù)據(jù)庫(kù)(NCBI,Orchidbase,Orchidstra)篩選出24條蘭科植物FT基因,并深入研究其密碼子偏好性。結(jié)果表明,所有基因有效密碼子數(shù)(effective number of codons,ENC)大于30,其中大于55的占41.7%,表明蘭科植物FT基因的密碼子偏好性較弱。中性繪圖分析發(fā)現(xiàn),密碼子第3位GC含量(GC3)與前2位平均GC含量(GC12)的相關(guān)性較低,表明突變對(duì)密碼子前兩位和第三位堿基組成的影響不同,第三位密碼子的偏性更多來自于自然選擇。ENC與GC3的關(guān)聯(lián)分析顯示大部分基因的ENC值遠(yuǎn)低于預(yù)測(cè)值,小部分基因落在標(biāo)準(zhǔn)曲線附近,由此可見受到堿基突變影響,但很可能選擇壓力仍起主要作用。奇偶性分析發(fā)現(xiàn),在目標(biāo)基因密碼子第三位上G/C和或者A/T不成比例分布,嘧啶含量要顯著高于嘌呤含量,推測(cè)蘭科植物FT基因密碼子的使用模式除了堿基突變外,還受到其它因素的影響,例如自然選擇壓力等。鑒定出UUC等22個(gè)最優(yōu)密碼子,以G/C結(jié)尾的有20個(gè),由此推斷出基因偏好G/C結(jié)尾的密碼子。
【作者單位】： 南昌大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 蘭科 FT基因 密碼子偏性
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(31360491) 中國(guó)博士后科學(xué)基金面上項(xiàng)目(133471)共同資助
【分類號(hào)】：S682.31
【正文快照】： The Codon Usage Bias of FLOWERING LOCUS T Gene(FT)in OrchidaceaeLuo Huolin Zhang Ya'nan Luo Liping Xiong Dongjin Yang Boyun*College of Life Science,Nanchang University,Nanchang,330031*Corresponding author,572460991@163.com根據(jù)中心法則,基因表達(dá)分轉(zhuǎn)錄和翻

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：899081