本文關(guān)鍵詞：PXR基因多態(tài)性與非酒精性脂肪性肝病遺傳易感性的關(guān)聯(lián)性研究

  更多相關(guān)文章： 孕烷X受體(PXR) 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD) 單核苷酸多態(tài)性(SNP)

【摘要】：背景:非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是近年來被人們逐漸認(rèn)識的一種多因素導(dǎo)致的肝細(xì)胞內(nèi)脂肪蓄積過多的慢性進(jìn)展性病變。隨著社會發(fā)展和生活方式的變化,環(huán)境污染、藥物濫用的廣泛存在,近年來NAFLD在全球的發(fā)病率不斷攀高,對人類的健康和社會的發(fā)展構(gòu)成嚴(yán)重危害。孕烷X受體(PXR)是核受體超家族NR1I2的成員之一,在新陳代謝、機體生長發(fā)育以及病理生理過程等方面都發(fā)揮著重要的功能,近年發(fā)現(xiàn)其在糖異生、脂類代謝以及膽汁平衡中也具有重要的作用。前期研究發(fā)現(xiàn)PXR在防御外源物侵襲,加速其體內(nèi)代謝和排出的同時,也會導(dǎo)致肝脂肪性病變等損傷的發(fā)生。目的:通過研究,探討PXR基因的單核苷酸多態(tài)性與NAFLD的相關(guān)性,明確PXR在NAFLD中的關(guān)鍵作用。方法:1、采用一代測序檢查PXR外顯子2中SNP,統(tǒng)計分析其SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性。收集100例臨床外周血液,分為NAFLD組和健康對照組。其中NAFLD組51人,健康對照組49人。分別提取各樣品DNA進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR),用1%瓊脂糖凝膠電泳驗證擴增得到的目的片段542bp,對PCR產(chǎn)物進(jìn)行測序。統(tǒng)計分析測序結(jié)果,計算相應(yīng)的基因頻率和基因型頻率以及各基因型分布在兩組間的差異,通過Hardy-Weinberg遺傳平衡檢測分析樣本是否具有群體代表性。2、采用一代測序檢查PXR外顯子4中SNP,統(tǒng)計分析其SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性。收集100例臨床外周血液,分為NAFLD組和健康對照組,分組情況同上。利用東盛生物試劑盒提取各樣品dna,利用超微量蛋白核酸分析儀檢測提取出的dna是否符合要求。將符合要求的dna進(jìn)行pcr實驗,用3%瓊脂糖凝膠電泳驗證擴增得到的目的片段722bp,對pcr產(chǎn)物進(jìn)行測序。計算相應(yīng)基因頻率和基因型頻率,統(tǒng)計分析各基因型在兩組間的分布情況,通過hardy-weinberg遺傳平衡檢測分析樣本是否具有群體代表性。3、采用一代測序檢查pxr外顯子6中snp,統(tǒng)計分析其snp與nafld的關(guān)聯(lián)性。樣品來源及分組同上。實驗流程與上述相似。利用試劑盒提取各樣品dna后進(jìn)行pcr實驗,pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳實驗,判斷pcr得到所需目的片段250bp。pcr產(chǎn)物測序。通過hardy-weinberg遺傳平衡檢測分析樣本是否具有群體代表性,統(tǒng)計分析相應(yīng)基因頻率和基因型頻率。4、采用一代測序檢查pxr外顯子8中snp,統(tǒng)計分析其snp與nafld的關(guān)聯(lián)性。樣品來源及分組同上。dna提取方法同上,提取dna后進(jìn)行pcr實驗,pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳實驗判斷是否得到210bp目的片段。pcr產(chǎn)物測序。通過hardy-weinberg遺傳平衡檢測分析樣本是否具有群體代表性,統(tǒng)計分析相應(yīng)基因頻率和基因型頻率。5、采用一代測序檢查pxr基因rs2461823位點,統(tǒng)計分析其與nafld的關(guān)聯(lián)性。收集300例臨床外周血樣,其中nafld組153人,健康對照組147人。從各樣品種提取dna,選擇合格dna進(jìn)行pcr實驗,pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳驗證pcr產(chǎn)物為383bp目的片段,pcr產(chǎn)物測序。統(tǒng)計分析測序結(jié)果計算相應(yīng)基因頻率和基因型頻率,通過hardy-weinberg遺傳平衡檢測分析樣本是否具有群體代表性。6、采用一代測序檢查pxr基因rs7643645位點,統(tǒng)計分析其與nafld的關(guān)聯(lián)性。實驗樣品來源分組及dna提取、pcr方法同5。pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳驗證pcr產(chǎn)物為256bp目的片段,pcr產(chǎn)物測序。統(tǒng)計分析測序結(jié)果計算相應(yīng)基因頻率和基因型頻率,通過hardy-weinberg遺傳平衡檢測分析樣本是否具有群體代表性。7、基于目標(biāo)區(qū)域捕獲測序方法探討pxr基因snp位點與nafld的關(guān)聯(lián)性研究。收集20例臨床外周血樣,其中nafld組10人,健康對照組10人。從各樣品種提取dna,進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域捕獲測序,并對pxr基因多態(tài)性位點關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果:1、在pxr基因外顯子2中發(fā)現(xiàn)兩個snp位點,稱之為突變1、突變2,。結(jié)果顯示突變1:兩組比較其基因型總體分布差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=1.77,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗,χ2=0.29,0.75p0.9,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說明樣品具有群體代表性。突變2:兩組比較其總體分布差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=0.10,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗,χ2=2.00,0.25p0.50,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說明樣品具有群體代表性。2、在pxr基因外顯子4中發(fā)現(xiàn)1個snp位點,結(jié)果顯示兩組比較其總體分布差異沒有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=0.58,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗,χ2=0.12,0.90p0.95,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說明樣品具有群體代表性。3、在pxr基因外顯子6及外顯子8中暫時未發(fā)現(xiàn)突變位點。4、pxr基因rs2461823位點通過測序結(jié)果分析,兩組間基因型分布比較差異顯著有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=71.43,p0.05)。比較兩組人群各基因型的分布,結(jié)果顯示3種基因型在兩組均有顯著性差異cc(χ2=33.16,p0.05),tt(χ2=25.86,p0.05),ct(χ2=50.31,p0.05)。在等位基因頻率分布分析中,rs2461823位點的等位基因頻率分布有顯著性差異(p0.0001,or=0.555,95%ci:0.399-0.773)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗,χ2=1.99,0.25p0.5,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說明樣品具有群體代表性。5、pxr基因rs7643645位點通過測序結(jié)果分析,兩組間基因型分布比較差異顯著有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=103.18,p0.05)。比較兩組人群各基因型的分布,結(jié)果顯示3種基因型在兩組均有顯著性差異,cc(χ2=42.27,p0.05),tt(χ2=30.72,p0.05),ct(χ2=52.91,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗,χ2=1.51,0.25p0.50,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說明樣品具有群體代表性。6、通過高通量測序篩查到pxr中有120個snp位點,對pxr基因多態(tài)性位點關(guān)聯(lián)分析,p均0.05。結(jié)論:1、在本文中發(fā)現(xiàn)的PXR基因外顯子2及外顯子4中的突變可能與NAFLD不相關(guān)。2、PXR基因rs2461823位點和rs7643645位點可能與NAFLD相關(guān),且rs2461823位點含等位基因C的基因型(CC和CT)對于NAFLD可能是一個保護因素,為接下來深入研究PXR作為NAFLD治療靶點以及相關(guān)藥物開發(fā)奠定了基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：孕烷X受體(PXR) 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD) 單核苷酸多態(tài)性(SNP)
【學(xué)位授予單位】：廣東藥科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R575.5
【目錄】：

• 摘要7-11
• Abstract11-15
• 第一章 緒言15-20
• 1 非酒精性脂肪性肝病15-16
• 2 孕烷X受體（PXR）16-17
• 3 孕烷X受體與非酒精性脂肪性肝病聯(lián)系的研究進(jìn)展17-19
• 4 研究意義19
• 5 本實驗的技術(shù)路線19-20
• 第二章 探討PXR2、4、6、8 外顯子中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究20-46
• 1 PXR外顯子2中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究20-28
• 1.1 材料20-21
• 1.1.1 研究對象20
• 1.1.2 主要試劑和耗材20-21
• 1.1.3 儀器設(shè)備21
• 1.2 方法21-24
• 1.2.1 樣品的采集與處理21
• 1.2.2 DNA制備21-22
• 1.2.3 引物的設(shè)計22-23
• 1.2.4 PCR擴增及產(chǎn)物的電泳鑒定23-24
• 1.2.5 PCR產(chǎn)物測序24
• 1.3 結(jié)果與討論24-28
• 2 PXR外顯子4中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究28-34
• 2.1 材料28-29
• 2.1.1 研究對象28
• 2.1.2 主要試劑和耗材28-29
• 2.1.3 儀器設(shè)備29
• 2.2 方法29-32
• 2.2.1 樣品的采集與處理29
• 2.2.2 DNA制備29-30
• 2.2.3 引物的設(shè)計30-31
• 2.2.4 PCR擴增及產(chǎn)物的電泳鑒定31-32
• 2.2.5 PCR產(chǎn)物測序32
• 2.3 結(jié)果與討論32-34
• 3 PXR外顯子6中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究34-40
• 3.1 材料34-36
• 3.1.1 研究對象34-35
• 3.1.2 主要試劑和耗材35
• 3.1.3 儀器設(shè)備35-36
• 3.2 方法36-38
• 3.2.1 樣品的采集與處理36
• 3.2.2 DNA的制備36-37
• 3.2.3 引物的設(shè)計37
• 3.2.4 PCR擴增及產(chǎn)物的電泳鑒定37-38
• 3.2.5 PCR產(chǎn)物測序38
• 3.3 結(jié)果與討論38-40
• 4 PXR外顯子8中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究40-45
• 4.1 材料40-41
• 4.1.1 研究對象40
• 4.1.2 主要試劑和耗材40
• 4.1.3 儀器設(shè)備40-41
• 4.2 方法41-43
• 4.2.1 樣品的采集與處理41
• 4.2.2 DNA制備41-42
• 4.2.3 引物的設(shè)計42
• 4.2.4 PCR擴增及產(chǎn)物的電泳鑒定42-43
• 4.2.5 PCR產(chǎn)物測序43
• 4.3 結(jié)果與討論43-45
• 5 本章小結(jié)45-46
• 第三章 探討PXR基因rs2461823位點與rs7643645位點與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究46-61
• 1 PXR基因rs2461823位點NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究46-54
• 1.1 材料46-47
• 1.1.1 研究對象46
• 1.1.2 主要試劑和耗材46-47
• 1.1.3 儀器設(shè)備47
• 1.2 方法47-50
• 1.2.1 樣品的采集與處理47
• 1.2.2 DNA的制備47-48
• 1.2.3 引物的設(shè)計48-49
• 1.2.4 PCR擴增及產(chǎn)物的電泳鑒定49-50
• 1.2.5 PCR產(chǎn)物測序50
• 1.3 結(jié)果與討論50-54
• 2 PXR基因rs7643645位點NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究54-60
• 2.1 材料54-55
• 2.1.1 研究對象54
• 2.1.2 主要試劑和耗材54-55
• 2.1.3 儀器設(shè)備55
• 2.2 方法55-57
• 2.2.1 樣品的采集與處理55
• 2.2.2 DNA的制備55-56
• 2.2.3 引物的設(shè)計56
• 2.2.4 PCR擴增及產(chǎn)物的電泳鑒定56-57
• 2.2.5 PCR產(chǎn)物測序57
• 2.3 結(jié)果與討論57-60
• 3 本章小結(jié)60-61
• 第四章 基于目標(biāo)區(qū)域捕獲測序方法探討PXR基因SNP位點與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究61-72
• 1 材料61
• 1.1 研究對象61
• 1.2 主要試劑和耗材61
• 1.3 儀器設(shè)備61
• 2 方法61-62
• 2.1 樣品的采集與處理61
• 2.2 DNA制備61-62
• 2.3 探針設(shè)計合成62
• 2.4 文庫制備62
• 2.5 測序62
• 2.6 信息分析62
• 3 結(jié)果與討論62-70
• 3.1 受試者信息分析62-64
• 3.2 測序結(jié)果評估與分析64-70
• 4 本章小結(jié)70-72
• 第五章 結(jié)論與展望72-74
• 參考文獻(xiàn)74-80
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文80-81
• 英文簡略表81-83
• 致謝83-85
• 附錄85

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 曾勇;周宏灝;;PXR基因多態(tài)性的研究現(xiàn)狀及其對環(huán)孢素A的藥物相互作用的預(yù)測意義[J];第四軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報;2009年11期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 王卓;王學(xué)彬;高申;楊慶;王林輝;孫穎浩;;CYP3A5*3、CYP3A4*18B、MDR1和PXR基因多態(tài)性對腎移植患者環(huán)孢素切換為他克莫司初始劑量調(diào)整血藥濃度的影響[A];中國藥理學(xué)會第三屆全國治療藥物監(jiān)測學(xué)術(shù)年會資料匯編[C];2013年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 徐毓;PXR基因多態(tài)性與非酒精性脂肪性肝病遺傳易感性的關(guān)聯(lián)性研究[D];廣東藥科大學(xué);2016年

2 張桂香;PXR基因多態(tài)性與氨氯地平血藥濃度及其降壓療效的相關(guān)性研究[D];中南大學(xué);2010年

3 商晶晶;NF-κB和PXR基因多態(tài)性與中國漢族人群風(fēng)濕性心臟病易感性的關(guān)系[D];中南大學(xué);2013年

4 歐陽萌;腎移植受者CYP3A4、CYP3A5、MDR1和PXR基因多態(tài)性與他克莫司所致不良反應(yīng)的相關(guān)性研究[D];湖北中醫(yī)藥大學(xué);2014年

，

本文編號：806437