本文關(guān)鍵詞：PXR基因多態(tài)性與非酒精性脂肪性肝病遺傳易感性的關(guān)聯(lián)性研究

  更多相關(guān)文章： 孕烷X受體(PXR) 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD) 單核苷酸多態(tài)性(SNP)

【摘要】：背景:非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是近年來(lái)被人們逐漸認(rèn)識(shí)的一種多因素導(dǎo)致的肝細(xì)胞內(nèi)脂肪蓄積過(guò)多的慢性進(jìn)展性病變。隨著社會(huì)發(fā)展和生活方式的變化,環(huán)境污染、藥物濫用的廣泛存在,近年來(lái)NAFLD在全球的發(fā)病率不斷攀高,對(duì)人類的健康和社會(huì)的發(fā)展構(gòu)成嚴(yán)重危害。孕烷X受體(PXR)是核受體超家族NR1I2的成員之一,在新陳代謝、機(jī)體生長(zhǎng)發(fā)育以及病理生理過(guò)程等方面都發(fā)揮著重要的功能,近年發(fā)現(xiàn)其在糖異生、脂類代謝以及膽汁平衡中也具有重要的作用。前期研究發(fā)現(xiàn)PXR在防御外源物侵襲,加速其體內(nèi)代謝和排出的同時(shí),也會(huì)導(dǎo)致肝脂肪性病變等損傷的發(fā)生。目的:通過(guò)研究,探討PXR基因的單核苷酸多態(tài)性與NAFLD的相關(guān)性,明確PXR在NAFLD中的關(guān)鍵作用。方法:1、采用一代測(cè)序檢查PXR外顯子2中SNP,統(tǒng)計(jì)分析其SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性。收集100例臨床外周血液,分為NAFLD組和健康對(duì)照組。其中NAFLD組51人,健康對(duì)照組49人。分別提取各樣品DNA進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR),用1%瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證擴(kuò)增得到的目的片段542bp,對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。統(tǒng)計(jì)分析測(cè)序結(jié)果,計(jì)算相應(yīng)的基因頻率和基因型頻率以及各基因型分布在兩組間的差異,通過(guò)Hardy-Weinberg遺傳平衡檢測(cè)分析樣本是否具有群體代表性。2、采用一代測(cè)序檢查PXR外顯子4中SNP,統(tǒng)計(jì)分析其SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性。收集100例臨床外周血液,分為NAFLD組和健康對(duì)照組,分組情況同上。利用東盛生物試劑盒提取各樣品dna,利用超微量蛋白核酸分析儀檢測(cè)提取出的dna是否符合要求。將符合要求的dna進(jìn)行pcr實(shí)驗(yàn),用3%瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證擴(kuò)增得到的目的片段722bp,對(duì)pcr產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。計(jì)算相應(yīng)基因頻率和基因型頻率,統(tǒng)計(jì)分析各基因型在兩組間的分布情況,通過(guò)hardy-weinberg遺傳平衡檢測(cè)分析樣本是否具有群體代表性。3、采用一代測(cè)序檢查pxr外顯子6中snp,統(tǒng)計(jì)分析其snp與nafld的關(guān)聯(lián)性。樣品來(lái)源及分組同上。實(shí)驗(yàn)流程與上述相似。利用試劑盒提取各樣品dna后進(jìn)行pcr實(shí)驗(yàn),pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳實(shí)驗(yàn),判斷pcr得到所需目的片段250bp。pcr產(chǎn)物測(cè)序。通過(guò)hardy-weinberg遺傳平衡檢測(cè)分析樣本是否具有群體代表性,統(tǒng)計(jì)分析相應(yīng)基因頻率和基因型頻率。4、采用一代測(cè)序檢查pxr外顯子8中snp,統(tǒng)計(jì)分析其snp與nafld的關(guān)聯(lián)性。樣品來(lái)源及分組同上。dna提取方法同上,提取dna后進(jìn)行pcr實(shí)驗(yàn),pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳實(shí)驗(yàn)判斷是否得到210bp目的片段。pcr產(chǎn)物測(cè)序。通過(guò)hardy-weinberg遺傳平衡檢測(cè)分析樣本是否具有群體代表性,統(tǒng)計(jì)分析相應(yīng)基因頻率和基因型頻率。5、采用一代測(cè)序檢查pxr基因rs2461823位點(diǎn),統(tǒng)計(jì)分析其與nafld的關(guān)聯(lián)性。收集300例臨床外周血樣,其中nafld組153人,健康對(duì)照組147人。從各樣品種提取dna,選擇合格dna進(jìn)行pcr實(shí)驗(yàn),pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證pcr產(chǎn)物為383bp目的片段,pcr產(chǎn)物測(cè)序。統(tǒng)計(jì)分析測(cè)序結(jié)果計(jì)算相應(yīng)基因頻率和基因型頻率,通過(guò)hardy-weinberg遺傳平衡檢測(cè)分析樣本是否具有群體代表性。6、采用一代測(cè)序檢查pxr基因rs7643645位點(diǎn),統(tǒng)計(jì)分析其與nafld的關(guān)聯(lián)性。實(shí)驗(yàn)樣品來(lái)源分組及dna提取、pcr方法同5。pcr產(chǎn)物進(jìn)行3%瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證pcr產(chǎn)物為256bp目的片段,pcr產(chǎn)物測(cè)序。統(tǒng)計(jì)分析測(cè)序結(jié)果計(jì)算相應(yīng)基因頻率和基因型頻率,通過(guò)hardy-weinberg遺傳平衡檢測(cè)分析樣本是否具有群體代表性。7、基于目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序方法探討pxr基因snp位點(diǎn)與nafld的關(guān)聯(lián)性研究。收集20例臨床外周血樣,其中nafld組10人,健康對(duì)照組10人。從各樣品種提取dna,進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序,并對(duì)pxr基因多態(tài)性位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果:1、在pxr基因外顯子2中發(fā)現(xiàn)兩個(gè)snp位點(diǎn),稱之為突變1、突變2,。結(jié)果顯示突變1:兩組比較其基因型總體分布差異沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=1.77,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗(yàn),χ2=0.29,0.75p0.9,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說(shuō)明樣品具有群體代表性。突變2:兩組比較其總體分布差異沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.10,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗(yàn),χ2=2.00,0.25p0.50,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說(shuō)明樣品具有群體代表性。2、在pxr基因外顯子4中發(fā)現(xiàn)1個(gè)snp位點(diǎn),結(jié)果顯示兩組比較其總體分布差異沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.58,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗(yàn),χ2=0.12,0.90p0.95,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說(shuō)明樣品具有群體代表性。3、在pxr基因外顯子6及外顯子8中暫時(shí)未發(fā)現(xiàn)突變位點(diǎn)。4、pxr基因rs2461823位點(diǎn)通過(guò)測(cè)序結(jié)果分析,兩組間基因型分布比較差異顯著有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=71.43,p0.05)。比較兩組人群各基因型的分布,結(jié)果顯示3種基因型在兩組均有顯著性差異cc(χ2=33.16,p0.05),tt(χ2=25.86,p0.05),ct(χ2=50.31,p0.05)。在等位基因頻率分布分析中,rs2461823位點(diǎn)的等位基因頻率分布有顯著性差異(p0.0001,or=0.555,95%ci:0.399-0.773)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗(yàn),χ2=1.99,0.25p0.5,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說(shuō)明樣品具有群體代表性。5、pxr基因rs7643645位點(diǎn)通過(guò)測(cè)序結(jié)果分析,兩組間基因型分布比較差異顯著有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=103.18,p0.05)。比較兩組人群各基因型的分布,結(jié)果顯示3種基因型在兩組均有顯著性差異,cc(χ2=42.27,p0.05),tt(χ2=30.72,p0.05),ct(χ2=52.91,p0.05)。經(jīng)hardy-weinberg遺傳平衡檢驗(yàn),χ2=1.51,0.25p0.50,達(dá)到遺傳平衡(p0.05),說(shuō)明樣品具有群體代表性。6、通過(guò)高通量測(cè)序篩查到pxr中有120個(gè)snp位點(diǎn),對(duì)pxr基因多態(tài)性位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析,p均0.05。結(jié)論:1、在本文中發(fā)現(xiàn)的PXR基因外顯子2及外顯子4中的突變可能與NAFLD不相關(guān)。2、PXR基因rs2461823位點(diǎn)和rs7643645位點(diǎn)可能與NAFLD相關(guān),且rs2461823位點(diǎn)含等位基因C的基因型(CC和CT)對(duì)于NAFLD可能是一個(gè)保護(hù)因素,為接下來(lái)深入研究PXR作為NAFLD治療靶點(diǎn)以及相關(guān)藥物開(kāi)發(fā)奠定了基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：孕烷X受體(PXR) 非酒精性脂肪性肝病(NAFLD) 單核苷酸多態(tài)性(SNP)
【學(xué)位授予單位】：廣東藥科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R575.5
【目錄】：

• 摘要7-11
• Abstract11-15
• 第一章 緒言15-20
• 1 非酒精性脂肪性肝病15-16
• 2 孕烷X受體（PXR）16-17
• 3 孕烷X受體與非酒精性脂肪性肝病聯(lián)系的研究進(jìn)展17-19
• 4 研究意義19
• 5 本實(shí)驗(yàn)的技術(shù)路線19-20
• 第二章 探討PXR2、4、6、8 外顯子中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究20-46
• 1 PXR外顯子2中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究20-28
• 1.1 材料20-21
• 1.1.1 研究對(duì)象20
• 1.1.2 主要試劑和耗材20-21
• 1.1.3 儀器設(shè)備21
• 1.2 方法21-24
• 1.2.1 樣品的采集與處理21
• 1.2.2 DNA制備21-22
• 1.2.3 引物的設(shè)計(jì)22-23
• 1.2.4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物的電泳鑒定23-24
• 1.2.5 PCR產(chǎn)物測(cè)序24
• 1.3 結(jié)果與討論24-28
• 2 PXR外顯子4中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究28-34
• 2.1 材料28-29
• 2.1.1 研究對(duì)象28
• 2.1.2 主要試劑和耗材28-29
• 2.1.3 儀器設(shè)備29
• 2.2 方法29-32
• 2.2.1 樣品的采集與處理29
• 2.2.2 DNA制備29-30
• 2.2.3 引物的設(shè)計(jì)30-31
• 2.2.4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物的電泳鑒定31-32
• 2.2.5 PCR產(chǎn)物測(cè)序32
• 2.3 結(jié)果與討論32-34
• 3 PXR外顯子6中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究34-40
• 3.1 材料34-36
• 3.1.1 研究對(duì)象34-35
• 3.1.2 主要試劑和耗材35
• 3.1.3 儀器設(shè)備35-36
• 3.2 方法36-38
• 3.2.1 樣品的采集與處理36
• 3.2.2 DNA的制備36-37
• 3.2.3 引物的設(shè)計(jì)37
• 3.2.4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物的電泳鑒定37-38
• 3.2.5 PCR產(chǎn)物測(cè)序38
• 3.3 結(jié)果與討論38-40
• 4 PXR外顯子8中SNP與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究40-45
• 4.1 材料40-41
• 4.1.1 研究對(duì)象40
• 4.1.2 主要試劑和耗材40
• 4.1.3 儀器設(shè)備40-41
• 4.2 方法41-43
• 4.2.1 樣品的采集與處理41
• 4.2.2 DNA制備41-42
• 4.2.3 引物的設(shè)計(jì)42
• 4.2.4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物的電泳鑒定42-43
• 4.2.5 PCR產(chǎn)物測(cè)序43
• 4.3 結(jié)果與討論43-45
• 5 本章小結(jié)45-46
• 第三章 探討PXR基因rs2461823位點(diǎn)與rs7643645位點(diǎn)與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究46-61
• 1 PXR基因rs2461823位點(diǎn)NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究46-54
• 1.1 材料46-47
• 1.1.1 研究對(duì)象46
• 1.1.2 主要試劑和耗材46-47
• 1.1.3 儀器設(shè)備47
• 1.2 方法47-50
• 1.2.1 樣品的采集與處理47
• 1.2.2 DNA的制備47-48
• 1.2.3 引物的設(shè)計(jì)48-49
• 1.2.4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物的電泳鑒定49-50
• 1.2.5 PCR產(chǎn)物測(cè)序50
• 1.3 結(jié)果與討論50-54
• 2 PXR基因rs7643645位點(diǎn)NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究54-60
• 2.1 材料54-55
• 2.1.1 研究對(duì)象54
• 2.1.2 主要試劑和耗材54-55
• 2.1.3 儀器設(shè)備55
• 2.2 方法55-57
• 2.2.1 樣品的采集與處理55
• 2.2.2 DNA的制備55-56
• 2.2.3 引物的設(shè)計(jì)56
• 2.2.4 PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物的電泳鑒定56-57
• 2.2.5 PCR產(chǎn)物測(cè)序57
• 2.3 結(jié)果與討論57-60
• 3 本章小結(jié)60-61
• 第四章 基于目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序方法探討PXR基因SNP位點(diǎn)與NAFLD的關(guān)聯(lián)性研究61-72
• 1 材料61
• 1.1 研究對(duì)象61
• 1.2 主要試劑和耗材61
• 1.3 儀器設(shè)備61
• 2 方法61-62
• 2.1 樣品的采集與處理61
• 2.2 DNA制備61-62
• 2.3 探針設(shè)計(jì)合成62
• 2.4 文庫(kù)制備62
• 2.5 測(cè)序62
• 2.6 信息分析62
• 3 結(jié)果與討論62-70
• 3.1 受試者信息分析62-64
• 3.2 測(cè)序結(jié)果評(píng)估與分析64-70
• 4 本章小結(jié)70-72
• 第五章 結(jié)論與展望72-74
• 參考文獻(xiàn)74-80
• 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文80-81
• 英文簡(jiǎn)略表81-83
• 致謝83-85
• 附錄85

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本文編號(hào)：806437