本文關(guān)鍵詞：對抗癌藥物反應(yīng)相關(guān)基因的系統(tǒng)分析研究

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【摘要】：從病人的基因組數(shù)據(jù)出發(fā)準(zhǔn)確預(yù)測抗癌藥物對個體的敏感性是實現(xiàn)腫瘤個體化醫(yī)療的核心步驟之一.目前,針對抗癌藥物敏感性預(yù)測的模型均是利用不同的基因組信息建立回歸或分類模型,采用機器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行預(yù)測.然而我們知道,不同的基因組信息之間存在很強的相關(guān)性,系統(tǒng)研究這些相關(guān)性關(guān)系,尤其是基因的共表達(dá)與抗癌藥物敏感性的關(guān)系具有重要的理論意義.在本篇論文中,我們建立系統(tǒng)分析研究的方法來識別藥物敏感性在基因表達(dá)、基因共表達(dá)、共表達(dá)模塊差異性的變化,并將上述方法應(yīng)用于癌細(xì)胞系百科全書的基因表達(dá)和藥物反應(yīng)數(shù)據(jù)中.對于所有的藥物,我們找到了超過4000個藥物反應(yīng)相關(guān)基因.對于每種藥物,與藥物反應(yīng)相關(guān)基因(drug response associated,簡稱DRA)的數(shù)量從0到1226不等.功能富集分析的結(jié)果顯示DRA基因顯著富集在細(xì)胞周期和質(zhì)膜上.對于大部分藥物,DRA基因在男性和女性之間有著顯著的一致性,但是對于靶向性別特異性癌癥的少數(shù)藥物(例如治療乳腺癌和卵巢癌的藥物PD-0332991),只有極少量的基因有著顯著的一致性.我們也發(fā)現(xiàn)了DRA基因在年輕組和老年組有相當(dāng)大的不同,證明了在個性化醫(yī)療中考慮年齡因素的必要性.最后,經(jīng)過差異模塊分析和關(guān)鍵驅(qū)動因素分析,發(fā)現(xiàn)在DRA網(wǎng)絡(luò)模塊中,與細(xì)胞周期相關(guān)的模塊有非常大的差異性.結(jié)果也表明免疫基因如VEGFA, TSPO, TP53和與細(xì)胞周期相關(guān)的基因是重要的關(guān)鍵驅(qū)動基因.這些關(guān)鍵驅(qū)動基因為提高腫瘤治療的準(zhǔn)確性提供了新的藥物靶向.
【關(guān)鍵詞】：藥物敏感性 功能富集分析 差異模塊 關(guān)鍵驅(qū)動因素分析 基因共表達(dá)
【學(xué)位授予單位】：上海師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R979.1;O212.1
【目錄】：

• 摘要2-3
• Abstract3-5
• 第一章 緒論5-8
• 1.1 研究背景5-6
• 1.2 本文主要工作6-8
• 第二章 抗癌藥物敏感性預(yù)測的線性回歸模型8-18
• 2.1 數(shù)據(jù)的介紹及預(yù)處理8
• 2.2 模型建立8-9
• 2.3 模型結(jié)果9-13
• 2.4 與藥物敏感性相關(guān)基因的生物學(xué)功能13-14
• 2.5 性別對藥物敏感性影響14-16
• 2.6 年齡對藥物敏感性影響16-18
• 第三章 抗癌藥物敏感性預(yù)測的網(wǎng)絡(luò)模型18-22
• 3.1 模型建立18
• 3.2 模型結(jié)果18-20
• 3.3 關(guān)鍵驅(qū)動因素分析20-22
• 第四章 討論22-24
• 參考文獻(xiàn)24-29
• 附錄29-36
• 致謝36-37
• 攻讀學(xué)位期間取得的研究成果37-40
• 附件40

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本文編號：717651