本文關鍵詞：對抗癌藥物反應相關基因的系統(tǒng)分析研究

  更多相關文章： 藥物敏感性 功能富集分析 差異模塊 關鍵驅(qū)動因素分析 基因共表達

【摘要】：從病人的基因組數(shù)據(jù)出發(fā)準確預測抗癌藥物對個體的敏感性是實現(xiàn)腫瘤個體化醫(yī)療的核心步驟之一.目前,針對抗癌藥物敏感性預測的模型均是利用不同的基因組信息建立回歸或分類模型,采用機器學習方法進行預測.然而我們知道,不同的基因組信息之間存在很強的相關性,系統(tǒng)研究這些相關性關系,尤其是基因的共表達與抗癌藥物敏感性的關系具有重要的理論意義.在本篇論文中,我們建立系統(tǒng)分析研究的方法來識別藥物敏感性在基因表達、基因共表達、共表達模塊差異性的變化,并將上述方法應用于癌細胞系百科全書的基因表達和藥物反應數(shù)據(jù)中.對于所有的藥物,我們找到了超過4000個藥物反應相關基因.對于每種藥物,與藥物反應相關基因(drug response associated,簡稱DRA)的數(shù)量從0到1226不等.功能富集分析的結(jié)果顯示DRA基因顯著富集在細胞周期和質(zhì)膜上.對于大部分藥物,DRA基因在男性和女性之間有著顯著的一致性,但是對于靶向性別特異性癌癥的少數(shù)藥物(例如治療乳腺癌和卵巢癌的藥物PD-0332991),只有極少量的基因有著顯著的一致性.我們也發(fā)現(xiàn)了DRA基因在年輕組和老年組有相當大的不同,證明了在個性化醫(yī)療中考慮年齡因素的必要性.最后,經(jīng)過差異模塊分析和關鍵驅(qū)動因素分析,發(fā)現(xiàn)在DRA網(wǎng)絡模塊中,與細胞周期相關的模塊有非常大的差異性.結(jié)果也表明免疫基因如VEGFA, TSPO, TP53和與細胞周期相關的基因是重要的關鍵驅(qū)動基因.這些關鍵驅(qū)動基因為提高腫瘤治療的準確性提供了新的藥物靶向.
【關鍵詞】：藥物敏感性 功能富集分析 差異模塊 關鍵驅(qū)動因素分析 基因共表達
【學位授予單位】：上海師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R979.1;O212.1
【目錄】：

• 摘要2-3
• Abstract3-5
• 第一章 緒論5-8
• 1.1 研究背景5-6
• 1.2 本文主要工作6-8
• 第二章 抗癌藥物敏感性預測的線性回歸模型8-18
• 2.1 數(shù)據(jù)的介紹及預處理8
• 2.2 模型建立8-9
• 2.3 模型結(jié)果9-13
• 2.4 與藥物敏感性相關基因的生物學功能13-14
• 2.5 性別對藥物敏感性影響14-16
• 2.6 年齡對藥物敏感性影響16-18
• 第三章 抗癌藥物敏感性預測的網(wǎng)絡模型18-22
• 3.1 模型建立18
• 3.2 模型結(jié)果18-20
• 3.3 關鍵驅(qū)動因素分析20-22
• 第四章 討論22-24
• 參考文獻24-29
• 附錄29-36
• 致謝36-37
• 攻讀學位期間取得的研究成果37-40
• 附件40

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本文編號：717651