本文關(guān)鍵詞：BCDO2基因變異調(diào)控肉雞膚色的遺傳機理研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：肉雞生產(chǎn)是重要的國民經(jīng)濟產(chǎn)業(yè),也是我國畜牧業(yè)的支柱產(chǎn)業(yè)。研究肉雞遺傳育種具有重要意義。隨著生活水平的提高,黃皮膚和黑皮膚等膚色的肉雞越來越受到不同消費群體的偏愛。家雞的深色皮膚是由沉積于皮膚的黑色素細胞造成的,黑色素能夠由家雞自身通過復(fù)雜的過程合成。家雞淺膚色的形成決定于類胡蘿卜素在皮膚上的沉積量。因為家雞不能自身合成類胡蘿卜素,因此類胡蘿卜素的沉積與家雞體內(nèi)能分解類胡蘿卜素的酶(BCMO1和BCDO2)有關(guān)。前者是機體合成維生素的關(guān)鍵酶,后者與此過程雖無直接關(guān)聯(lián),但卻能非對稱裂解類胡蘿卜素使之變成無色產(chǎn)物,進而導(dǎo)致皮膚內(nèi)類胡蘿卜素沉積量減少,形成白皮膚。本研究在前人的研究基礎(chǔ)上進行了更深入的拓展。雞的BCDO2基因位于24號染色體上。已有研究表明存在三個關(guān)鍵SNPs與黃皮膚形成有關(guān),SNP A(6,264,085處G突變?yōu)锳位點)、SNP B(6,273,428處A突變?yōu)镚)和SNP C(6,287,900處G突變?yōu)锳)。本研究以部分山東省地方雞種為樣品,通過擴增獲得了該基因的片段,并通過測序技術(shù)得到擴增片段的詳細信息,進而找出了更多的SNPs位點,同時也將不同的基因型與家雞脛部皮膚顏色的黃度值(b*值)進行了關(guān)聯(lián)分析。另外,本研究探討了BCDO2基因在家雞不同組織中的差異表達狀況。最后,本研究又從表觀遺傳學的角度簡單了解了一下不同組織中該基因上游啟動子區(qū)甲基化程度和基因表達量的關(guān)系。試驗結(jié)果如下。除已報道的經(jīng)典SNPs外,本研究又找到了17個SNPs位點。通過與脛色黃度值關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)SNP A和SNP B以及另外8個位點與脛色黃度值顯著相關(guān),SNP C與脛色黃度值相關(guān)性不顯著。21個SNPs中,4個位于第二內(nèi)含子上,14個位于第九內(nèi)含子上,2個位于第十外顯子上。呈低度多態(tài)性的共9個,呈中度多態(tài)性的共12個。共有6個位點處于哈代溫伯格平衡,其余均極顯著地偏離平衡。連鎖平衡分析顯示第14個SNPs位點與第17個SNPs位點間有極強烈的連鎖不平衡。通過對SNP B處雜合子個體的組織差異化表達研究結(jié)果顯示:BCDO2基因在脛部皮膚中表達量顯著高于背部皮膚、肌肉組織、肝臟組織和卵巢組織。對不同組織中BCDO2基因上游啟動子區(qū)域進行甲基化檢測,發(fā)現(xiàn)隨著啟動子區(qū)甲基化程度的增加,基因表達量降低。說明了BCDO2基因在不同組織中的差異表達狀況可能與不同組織基因組中啟動子區(qū)的差異甲基化程度有關(guān)。深入研究BCDO2基因的遺傳機理有著重要意義。一方面能為現(xiàn)代家禽育種工作中培育具有能夠穩(wěn)定遺傳的黃皮膚性狀的品種提供指導(dǎo)意義,另一方面能為揭示物種進化的奧秘提供思路
【關(guān)鍵詞】：膚色 BCDO2基因 SNPs 相關(guān)性分析 啟動子甲基化 差異表達
【學位授予單位】：山東農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S831
【目錄】：

• 摘要8-10
• Abstract10-12
• 1 引言12-25
• 1.1 家雞膚色研究進展12-14
• 1.1.1 淺色膚遺傳機制概述12-13
• 1.1.2 深色膚遺傳機制概述13-14
• 1.2 類胡蘿卜素和BCDO2基因綜述14-19
• 1.2.1 類胡蘿卜素綜述14
• 1.2.2 β-胡蘿卜素研就進展14-16
• 1.2.3 BCDO2基因綜述16-18
• 1.2.4 雞BCDO2基因研究進展18-19
• 1.3 分子遺傳標記及其在動物育種中的應(yīng)用19-21
• 1.4 表觀遺傳學概述及基因的甲基化研究進展21-25
• 1.4.1 表觀遺傳學概述21-22
• 1.4.2 表觀遺傳學的應(yīng)用22-23
• 1.4.3 DNA甲基化研究技術(shù)手段23
• 1.4.4 雞基因組DNA甲基化狀態(tài)研究進展23-25
• 1.5 本研究的目的和意義25
• 2 材料與方法25-43
• 2.1 試驗材料25-28
• 2.1.1 試驗樣品的來源及采樣方法25-26
• 2.1.2 主要儀器設(shè)備26
• 2.1.3 主要試劑26-27
• 2.1.4 主要試劑及耗材緩沖液及需要配制的試劑27
• 2.1.5 主要試數(shù)據(jù)庫和軟件27-28
• 2.2 SNPs分析的試驗方法28-35
• 2.2.1 雞脛色黃度值b*值統(tǒng)計28
• 2.2.2 血液基因組DNA提取28-29
• 2.2.3 DNA模板質(zhì)量檢測29
• 2.2.4 引物設(shè)計29-30
• 2.2.5 PCR擴增30-31
• 2.2.6 尋找SNPs31-35
• 2.3 BCDO2基因在不同組織中的差異表達35-39
• 2.3.1 總RNA提取35-37
• 2.3.2 RNA質(zhì)量及濃度純度檢測37
• 2.3.3 反轉(zhuǎn)錄37
• 2.3.4 熒光定量引物設(shè)計37-38
• 2.3.5 熒光定量標準曲線的繪制38-39
• 2.4 啟動子區(qū)甲基化檢測試驗方法39-43
• 2.4.1 實驗樣品采集39
• 2.4.2 動物組織全基因組DNA提取39-40
• 2.4.3 重亞硫酸鹽處理全基因組DNA40-41
• 2.4.4 BSP引物設(shè)計41-42
• 2.4.5 BSP擴增42-43
• 2.4.6 BSP產(chǎn)物測序與分析43
• 3 結(jié)果與分析43-70
• 3.1 BCDO2基因SNPs分析及不同組織中的差異表達43-66
• 3.1.1 血液基因組DNA提取結(jié)果43-44
• 3.1.2 PCR擴增產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳圖44-45
• 3.1.3 PCR產(chǎn)物克隆測序結(jié)果分析45-47
• 3.1.4 BCDO2基因SNPs群體遺傳學分析47-60
• 3.1.5 BCDO2基因各SNPs間的連鎖平衡分析60-62
• 3.1.6 各SNPs基因型與表型值頸部膚色黃度值（b*）的相關(guān)性分析62-63
• 3.1.7 總RNA提取結(jié)果63-64
• 3.1.8 實時熒光定量檢測結(jié)果64-65
• 3.1.9 BCDO2基因在不同組織間的差異表達65-66
• 3.2 BCDO2基因啟動子區(qū)CpG島甲基化模式及其與表達量的關(guān)系66-70
• 3.2.1 組織基因組DNA提取結(jié)果67-68
• 3.2.2 BSP擴增產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳圖68
• 3.2.3 BCDO2基因啟動子區(qū)甲基化模式分析68-69
• 3.2.4 BCDO2基因啟動子區(qū)甲基化模式與組織差異表達的關(guān)系69-70
• 4 討論70-74
• 4.1 BCDO2基因與黃色皮膚的關(guān)系70-71
• 4.2 SNPs與基因表達量的關(guān)系71-72
• 4.3 啟動子區(qū)CpG島甲基化程度與基因表達量的關(guān)系72
• 4.4 本研究不足之處72-74
• 5 結(jié)論74-75
• 參考文獻75-81
• 致謝81

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  本文關(guān)鍵詞：BCDO2基因變異調(diào)控肉雞膚色的遺傳機理研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：426432