微生物間的相互作用在臨床疾病治療、生態(tài)系統(tǒng)修復(fù)、污染防治等多個(gè)領(lǐng)域扮演著重要角色,研究微生物互作是我們更好的利用微生物的前提條件,其中細(xì)菌間的相互作用在生態(tài)學(xué)以及醫(yī)學(xué)研究等方面具有重要的實(shí)用價(jià)值。本研究將大腸桿菌、金黃色葡萄球菌和銅綠假單胞菌在實(shí)驗(yàn)室條件下進(jìn)行培養(yǎng),依據(jù)實(shí)時(shí)熒光定量PCR和全基因組重測(cè)序分別獲得表型數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù),應(yīng)用基于生長(zhǎng)參數(shù)的動(dòng)態(tài)GWAS進(jìn)行自下而上的關(guān)聯(lián)分析,進(jìn)行細(xì)菌互作的遺傳機(jī)制研究。此外,本研究在互作遺傳機(jī)制的基礎(chǔ)上基于前人的研究進(jìn)行大腸桿菌dna K和fts K基因生物學(xué)效應(yīng)驗(yàn)證方法的建立實(shí)驗(yàn),采用傳統(tǒng)同源重組的方法進(jìn)行目的基因敲除,結(jié)合細(xì)菌生長(zhǎng)量的測(cè)定驗(yàn)證目的基因的細(xì)菌生長(zhǎng)相關(guān)功能。研究發(fā)現(xiàn),三種細(xì)菌在單獨(dú)培養(yǎng)和混合共培養(yǎng)條件下存在生長(zhǎng)差異,結(jié)合動(dòng)態(tài)關(guān)聯(lián)分析進(jìn)行互作機(jī)制研究,通過(guò)基因注釋在三種細(xì)菌中均定位得到影響細(xì)菌生長(zhǎng)代謝的相關(guān)基因如大腸桿菌中的fli F,wca J,wca E,agp等;金黃色葡萄球菌中的roc D,lip2,upp P,pck A等;銅綠假單胞菌中的waa P,nqr B等。另一方面,通過(guò)生物學(xué)功能驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),經(jīng)過(guò)fts K基因敲除...

【文章頁(yè)數(shù)】：107 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2-1銅綠假單胞菌特異性引物擴(kuò)增熔解曲線

動(dòng)態(tài)GWAS研究三種細(xì)菌互作遺傳機(jī)制及基因功能驗(yàn)證16相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)曲線質(zhì)粒為本研究構(gòu)建完成。研究發(fā)現(xiàn)銅綠假單胞菌gyrA基因具有高度保守性,可作為檢測(cè)的目的基因，gyrA（PA3168）基因編碼DNA回旋酶亞基A，使螺旋雙鏈（ds）DNA負(fù)向超螺旋，從而調(diào)節(jié)DNA拓?fù)洳⒕S持染色體處于....

圖2-2銅綠假單胞菌特異性引物擴(kuò)增標(biāo)準(zhǔn)曲線

動(dòng)態(tài)GWAS研究三種細(xì)菌互作遺傳機(jī)制及基因功能驗(yàn)證16相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)曲線質(zhì)粒為本研究構(gòu)建完成。研究發(fā)現(xiàn)銅綠假單胞菌gyrA基因具有高度保守性,可作為檢測(cè)的目的基因，gyrA（PA3168）基因編碼DNA回旋酶亞基A，使螺旋雙鏈（ds）DNA負(fù)向超螺旋，從而調(diào)節(jié)DNA拓?fù)洳⒕S持染色體處于....

圖2-3大腸桿菌1-100號(hào)菌株單獨(dú)培養(yǎng)條件下生長(zhǎng)擬合Figure2-3NO.1-100ofE.colifittinggrowthtrajectoriesinmonoculture

分別將大腸桿菌、金黃色葡萄球菌和銅綠假單胞菌在單獨(dú)培養(yǎng)條件下的細(xì)菌豐度利用線性回歸方程進(jìn)行生長(zhǎng)擬合，擬合結(jié)果如圖2-3、2-4、2-5所示，其中橫坐標(biāo)代表細(xì)菌生長(zhǎng)時(shí)間，縱坐標(biāo)代表不同生長(zhǎng)時(shí)期的細(xì)菌豐度。大腸桿菌在單獨(dú)培養(yǎng)條件下8h左右開(kāi)始進(jìn)入穩(wěn)定期并且最大生長(zhǎng)量在14-....

圖2-4金黃色葡萄球菌1-100號(hào)菌株單獨(dú)培養(yǎng)條件下生長(zhǎng)擬合Figure2-4NO.1-100ofS.aureusfittinggrowthtrajectoriesinmonoculture

動(dòng)態(tài)GWAS研究三種細(xì)菌互作遺傳機(jī)制及基因功能驗(yàn)證20圖2-4金黃色葡萄球菌1-100號(hào)菌株單獨(dú)培養(yǎng)條件下生長(zhǎng)擬合Figure2-4NO.1-100ofS.aureusfittinggrowthtrajectoriesinmonoculture

本文編號(hào)：4027042