目的識(shí)別與前列腺癌不良預(yù)后相關(guān)的差異甲基化基因,為尋找治療靶點(diǎn)提供數(shù)據(jù)支持。方法利用GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的4個(gè)前列腺癌基因芯片數(shù)據(jù)集GSE46602、GSE69223、GSE6919和GSE32269進(jìn)行差異基因的篩選,并與TCGA數(shù)據(jù)相比對(duì)。通過(guò)David數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)其進(jìn)行功能富集分析。采用String數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建了基因編碼蛋白之間PPI網(wǎng)絡(luò),隨后利用Cytoscape軟件進(jìn)行分析并實(shí)現(xiàn)可視化。通過(guò)TCGA甲基化數(shù)據(jù),考量基因的甲基化水平,并利用臨床數(shù)據(jù)觀察其差異表達(dá)對(duì)預(yù)后的影響。結(jié)果 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)篩選得到差異基因600個(gè),與TCGA數(shù)據(jù)比對(duì)后,得到差異基因301個(gè)。激活了癌癥、p I3K-Akt和cGMP-PKG信號(hào)通路。構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),分析出10個(gè)網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),進(jìn)一步做差異甲基化分析,發(fā)現(xiàn)過(guò)表達(dá)基因EZH2、TOP2A、GTSE1和HOXC6存在啟動(dòng)子區(qū)低甲基化情況,低表達(dá)基因CAV1啟動(dòng)子區(qū)高甲基化。其中基因EZH2、GTSE1和HOXC6的過(guò)表達(dá)與前列腺癌的不良預(yù)后相關(guān)。結(jié)論選取不同平臺(tái)的前列腺癌數(shù)據(jù),通過(guò)生物信息學(xué)分析,篩選出與不良預(yù)后相關(guān)的差異甲基化基因,為前列腺癌治療提供新的分子靶點(diǎn)...

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【部分圖文】：

圖3差異基因蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)

圖2差異基因篩選韋恩圖2.3PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

圖1差異基因篩選流程圖

為選取更具特征性的差異基因，分析了原發(fā)前列腺癌GSE46602數(shù)據(jù)，得到差異表達(dá)基因1393個(gè)，其中上調(diào)表達(dá)502個(gè)，下調(diào)表達(dá)891個(gè)；GSE69223數(shù)據(jù)，得到差異表達(dá)基因1759個(gè)，其中上調(diào)表達(dá)592個(gè)，下調(diào)表達(dá)1167個(gè)，兩個(gè)結(jié)果取交集得到差異基因401個(gè)。分析轉(zhuǎn)移前列腺癌....

圖2差異基因篩選韋恩圖

對(duì)最終篩選的301個(gè)差異基因做GO分析和KEGG分析。GO分析結(jié)果顯示，生物過(guò)程（biologicalprocess,BP）主要圍繞聚合酶II啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的負(fù)性調(diào)節(jié)、細(xì)胞增殖的調(diào)控和細(xì)胞黏附及分化；細(xì)胞組分（cellularcomponent,CC）主要表現(xiàn)在細(xì)胞質(zhì)、質(zhì)膜、胞漿....

圖4關(guān)鍵基因甲基化水平（A:EZH2,P=6.84E-08;B:TOP2A,P=2.49E-05;C:GTSE1,P=1.62E-12;D:HOXC6,P<1.0E-12;E:CAV1,P<1.0E-12;**P<0.01)

利用TCGA臨床數(shù)據(jù)評(píng)估上一步中篩選出的5個(gè)差異甲基化基因，考察其表達(dá)水平與生存時(shí)間的關(guān)系。K-M法生存曲線顯示，前列腺癌患者組織中EZH2、GTSE1和HOXC6高表達(dá)組患者總生存率低于低表達(dá)組，差異具有顯著性，P<0.05，詳見(jiàn)圖5。圖5生存分析曲線（A:EZH2;B:GT....

本文編號(hào)：3971618