信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)與轉(zhuǎn)錄激活因子(STAT1)與多種細(xì)胞因子和生長因子的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)聯(lián),同時(shí)參與多種細(xì)胞功能的調(diào)節(jié),例如參與調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng),抑制腫瘤細(xì)胞的增長,抑制細(xì)胞分化,促進(jìn)細(xì)胞的凋亡。本實(shí)驗(yàn)室在前期分析了人類STAT1基因在低骨密度(BMD)中高表達(dá),以及在stat1b突變品系斑馬魚中破骨細(xì)胞(OC)含量增加。斑馬魚與人類在遺傳上和生理上都具有比較高的同源性,并且斑馬魚具有較強(qiáng)的基因編輯能力、世代時(shí)間較短和發(fā)育階段比較快速等等特點(diǎn),使得斑馬魚常被選定為研究對(duì)象。本研究運(yùn)用高通量測序獲得了有關(guān)于stat1b基因純系突變品系和野生型斑馬魚的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),有助于人類從分子水平上對(duì)stat1b基因進(jìn)行深入研究。本研究利用CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)對(duì)斑馬魚stat1b基因進(jìn)行了敲除。通過一系列實(shí)驗(yàn),包括DNA基因組提取、目的片段的擴(kuò)增、DNA純化回收、T7核酸內(nèi)切酶Ⅰ酶切、TA克隆和Sanger測序鑒定stat1b突變型斑馬魚并且成功獲得了stat1b F3代純合突變品系斑馬魚,建立了stat1b^-/-突變模型。本文通過Illumina HiSeq平臺(tái)分別對(duì)stat1b...

【文章頁數(shù)】：120 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
ABSTRACT
1 前言
    1.1 STAT1的概述
        1.1.1 STAT1的結(jié)構(gòu)
        1.1.2 STAT1的激活
        1.1.3 STAT1的生物學(xué)功能
    1.2 模式生物斑馬魚
    1.3 高通量測序技術(shù)
    1.4 研究意義
2 材料和方法
    2.1 材料
        2.1.1 主要試劑
        2.1.2 主要實(shí)驗(yàn)耗材和儀器
        2.1.3 主要實(shí)驗(yàn)試劑的配方
    2.2 方法
        2.2.1 斑馬魚的養(yǎng)殖方法
        2.2.2 篩選純合突變體斑馬魚
            2.2.2.1 篩選stat1b-S2 F2代純合突變體斑馬魚
            2.2.2.2 篩選stat1b-S2 F3代純合突變體斑馬魚
        2.2.3 采集與處理stat1b-S2 F3代斑馬魚胚胎樣本
        2.2.4 基因文庫的構(gòu)建與測序
        2.2.5 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)的分析
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3.1 篩選通過CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)敲除的斑馬魚stat1b基因純合突變品系
    3.2 stat1b-S2 F3代純合突變能型斑馬魚表型觀察
    3.3 生物信息分析
        3.3.1 測序數(shù)據(jù)與質(zhì)量評(píng)估
        3.3.2 基因表達(dá)水平分析
        3.3.3 RNA-Seq相關(guān)性分析
        3.3.4 差異基因分析
            3.3.4.1 差異基因的篩選
            3.3.4.2 不同細(xì)胞時(shí)期的差異表達(dá)顯著的基因
            3.3.4.3 差異基因聚類分析
            3.3.4.4 差異基因維恩圖
            3.3.4.5 差異基因GO富集分析
            3.3.4.6 差異基因KEGG富集分析
            3.3.4.7 基于差異表達(dá)基因的信號(hào)通路分析
4 討論
    4.1 stat1b-S2純合突變品系斑馬魚的鑒定與確認(rèn)
    4.2 轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)總體分析
    4.3 stat1b基因影響鋅指蛋白相關(guān)基因
    4.4 stat1b基因突變對(duì)RNA轉(zhuǎn)運(yùn)通路產(chǎn)生影響
5 全文小結(jié)
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝



本文編號(hào)：3958868