目的:分析鑒定乳腺癌細胞中YB-1下游關(guān)鍵基因和通路,為乳腺癌治療提供新的靶點。方法:首先,從基因表達數(shù)據(jù)庫GEO中獲得GSE95299和GSE63562數(shù)據(jù)集。其次,分析這兩個數(shù)據(jù)集,我們分別篩選出乳腺癌細胞YB-1過表達組與未經(jīng)處理組之間的差異表達基因和乳腺癌細胞YB-1 shRNA組與對照組的差異表達基因;通過韋恩分析,獲得與YB-1表達呈一致性的差異表達基因。接著,運用DAVID、FunRich和KOBAS對差異表達基因進行功能和通路富集分析;通過STRING和Cytoscape構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò);使用Kaplan-Meier plotter評估與乳腺癌預(yù)后相關(guān)的差異表達基因。最后,運用NCBI數(shù)據(jù)庫和Genomatix軟件進行差異基因的啟動子分析。結(jié)果:從乳腺癌細胞YB-1基因過表達組和未處理組中篩選出2354個上調(diào)和1740個下調(diào)差異基因;乳腺癌細胞YB-1 shRNA組和對照組中篩選出737個上調(diào)和849個下調(diào)差異基因;韋恩分析后,共獲得185個呈一致表達趨勢的基因,包括147個和YB-1表達呈正相關(guān)的上調(diào)差異表達基因和38個和YB-1表達呈負相關(guān)的...

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１差異表達基因的韋恩圖分析??

其中ＧＳＥ９５２９９是高通量測序數(shù)據(jù)集，使用Ｒ語言篩選??獲得４０９４個差異表達基因，包含２３５４個上調(diào)基因和１７４０個下調(diào)基因。ＧＳＥ６３５６２??是微陣列芯片數(shù)據(jù)集，通過ＮＣＢＩ－ＧＥＯ中自帶的ＧＥ０２Ｒ篩選獲得１５８６個差異表達??基因，包括７３７個上調(diào)基因和８４９個下調(diào)基....

圖１－２差異表達基因的熱圖分析??２．２差異表達基因的功能和通路富集分析??分別使用ＤＡＶＩＤ和ＦｕｎＲｉｃｈ進行差異表達基因的基因本體分析（ＧＯ）

基于生物信息學(xué)分析鑒定乳腺癌細胞中ＹＢ－丨下游的關(guān)鍵基因和通路?第二章結(jié)果??ｉ＿＿．?Ｉ：與??１?臨?ｒＪ?ｄ?ｒ??＿?Ｊ？ｌ??■１?＾Ｈｉ??ｉｌｌ?Ｂｐｌ??ｉ?Ｌ［?：；＾??］；ｌ｜?圓?｜??圍Ｉ；??Ｍｌ？？？?Ｉ?Ｉ?義?Ｉ??ｔｉｌ?ｙｊ?ｍ?ｕ??Ｉ?ｉ....

圖２－ｌ差異表達基因的功能和通路分析??

第二章結(jié)果?基于生物信息學(xué)分析鑒定乳腺癌細胞中ＹＢ－１下游的關(guān)鍵基因和通路??基因富集于免疫反應(yīng)、細胞凋亡過程、對藥物的反應(yīng)，下調(diào)基因富集于細胞增殖的正??調(diào)節(jié)。細胞成分組：上調(diào)基因富集于高爾基膜、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體外膜和細胞質(zhì)的核周??區(qū)域，下調(diào)基因富集于細胞質(zhì)。分子功能組：上調(diào)基....

圖３差異表達基因的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析??

第二章結(jié)果?基于生物信息學(xué)分析鑒定乳腺癌細胞中ＹＢ－１下游的關(guān)鍵基因和通路??Ａ?Ｂ??ｍｍ－??圖３差異表達基因的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析??２．４差異表達基因的生存分析??為了評估１８５個差異表達基因與乳腺癌患者的預(yù)后關(guān)系，我們使用了一個免費的??在線數(shù)據(jù)庫，Ｋａｐｌａｎ－....

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