發(fā)布時(shí)間：2024-03-27 21:38

　　利用生物信息學(xué)方法,基于全基因組水平篩選鑒定出40個(gè)巨桉GLK基因(EgG1～EgG40),對(duì)其分子質(zhì)量、等電點(diǎn)和親水性進(jìn)行了預(yù)測(cè).結(jié)果表明,這些基因非均勻地分布在11條染色體上,亞細(xì)胞定位主要在細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核上.GLK蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)主要以α-螺旋和無規(guī)則卷曲為主.系統(tǒng)進(jìn)化分析將巨桉GLK基因分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ等5個(gè)亞家族.該家族基因含有1～11個(gè)外顯子,基因結(jié)構(gòu)相對(duì)保守.結(jié)果表明巨桉GLK基因在成熟葉、莖尖和幼葉中表達(dá)較高,而在木質(zhì)部中表達(dá)相對(duì)較低.

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【部分圖文】：

圖1巨桉GLK基因在染色體上的分布

為了進(jìn)一步了解巨桉GLK家族基因的功能和特征,對(duì)鑒定到的40個(gè)巨桉和已經(jīng)報(bào)道的番茄(54個(gè))GLK基因的氨基酸序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖2).結(jié)果表明,GLK家族基因明顯聚類于5個(gè)亞族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ),其中Ⅰ～Ⅴ每個(gè)亞族中均有巨桉和番茄分布,分別包含13、8、4、5、10個(gè)巨桉....

圖2巨桉與番茄GLK轉(zhuǎn)錄因子的系統(tǒng)進(jìn)化樹

基因結(jié)構(gòu)分析表明(圖3),巨桉GLK家族各成員基因外顯子的數(shù)量、長(zhǎng)度以及位置存在差異.這些基因大多數(shù)長(zhǎng)度在1～9kb,且這些基因的上游非編碼區(qū)均不超過1kb,其中EgG19長(zhǎng)度最長(zhǎng),該基因存在8kb左右的內(nèi)含子.EgG11、EgG8和EgG35只有一個(gè)外顯子,屬于內(nèi)含子缺失....

圖3巨桉GLK家族基因結(jié)構(gòu)

從圖4可看出,每個(gè)亞族內(nèi)多數(shù)Motif排列順序相同,但位置不盡相同.GLK蛋白所有成員都有Motif2和Motif1,說明兩個(gè)基序是GLK蛋白的核心組件.GroupⅠ特有的基序是Motif3和Motif13,而GroupⅡ基序最少,只有Motif2和Motif1.G....

圖4巨桉GLK轉(zhuǎn)錄因子家族的基序

續(xù)表2蛋白質(zhì)α-螺旋β-轉(zhuǎn)角延伸鏈無規(guī)則卷曲氨基酸長(zhǎng)度/個(gè)占比/%氨基酸長(zhǎng)度/個(gè)占比/%氨基酸長(zhǎng)度/個(gè)占比/%氨基酸長(zhǎng)度/個(gè)占比/%EgG154443.5665.941413.863736.63EgG167520.00102.....

本文編號(hào)：3940534