目的原發(fā)性肝癌是我國最常見的惡性腫瘤之一,其惡性程度高,潛伏期長,起病隱匿,進展快,病程短,死亡率高,嚴重威脅著人們的健康和生命。肝癌的發(fā)生是一個復(fù)雜而漸進的過程。本研究前期通過在線工具MethHC數(shù)據(jù)庫篩選出啟動子甲基化顯著差異且與其表達水平呈負相關(guān)基因,再結(jié)合TCGA數(shù)據(jù)庫的肝癌數(shù)據(jù)對候選基因進行生物信息學(xué)整合分析,并探討該基因與肝癌預(yù)后的關(guān)系。本次研究將針對候選基因TBX15在肝癌及相應(yīng)的癌旁組織和HCC細胞系中進行相關(guān)基因表達和功能驗證,深入研究該基因啟動子甲基化對其mRNA表達的調(diào)控和細胞腫瘤行為的影響。方法1.生物信息學(xué)分析:(1)利用在線工具MethHC數(shù)據(jù)庫篩選肝癌發(fā)生發(fā)展過程中的啟動子甲基化顯著差異基因;(2)使用癌癥基因組圖譜TCGA公共數(shù)據(jù)庫中的HumanMethylation450 BeadChip(Illumina)平臺下載Level 1中的甲基化及mRNA數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù);(3)使用R軟件對原始數(shù)據(jù)進行整合分析,然后對候選基因TBX15在納入的肝癌及其癌旁組織樣本中進行甲基化和mRNA表達差異分析;(4)Spearman等級相關(guān)分析TBX15基因啟動子甲基化對...

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-2TBX15基因啟動子甲基化與其mRNA表達相關(guān)性散點圖

圖1-2TBX15基因啟動子甲基化與其mRNA表達相關(guān)性散點圖igure1-2ScatterplotshowingthecorrelationsofTBX15promotermethylatedexpressedlevelsTBX15啟動子甲基化與....

圖1-3TBX15基因啟動子甲基化高和低兩組的生存曲線圖

圖1-3TBX15基因啟動子甲基化高和低兩組的生存曲線圖igure1-3ThesurvivalcurvewithhighandlowmethylationofTBX15promoter研究采用COX比例風險回歸模型探討TBX15基因啟動子甲基與....

圖1-4TBX15基因的mRNA表達柱狀圖

圖1-4TBX15基因的mRNA表達柱狀圖gure1-4HistogramplotshowingmRNAexpressedlevelsofTBX，全球每年的肝癌發(fā)病率為6.26/10萬人口，年來均有升高趨勢，其中超過50％的病例來癌的治療已經(jīng)有了....

圖2-3pcDNA3.1（+）載體圖譜

素濃度為100μg/ml），用玻棒緩慢將菌液均勻涂開。等到平板表置，于37℃過夜培養(yǎng)。鑒定挑取上述平板上的單菌落，送測序公司進行測序以及鑒定。構(gòu)建過表達載體X15基因序列分析根據(jù)UCSC基因組生物信息庫（http://genome.ucsc.edu/）查找的序列，對....

本文編號：3934310