柑橘,富含維生素C,其種植面積和產(chǎn)量在果樹中均居世界首位,具有較高的營養(yǎng)價值和經(jīng)濟價值。近年來,柑橘全基因組測序已經(jīng)完成,但其基因功能研究相對落后,尤其是關(guān)于生物脅迫與非生物脅迫的研究。因此對柑橘錨蛋白與親環(huán)蛋白基因家族的研究,不但可以預(yù)測基因家族成員的功能,并能為其功能驗證和物種進化研究提供理論基礎(chǔ)。本文對美國柑橘(C.clementina)與中國甜橙(C.sinensis)的錨蛋白與親環(huán)蛋白基因家族進行全基因組分析,根據(jù)不同結(jié)構(gòu)域?qū)﹀^蛋白與親環(huán)蛋白基因家族成員分類,并確定錨蛋白與親環(huán)蛋白基因在染色體上的具體位置,構(gòu)建同源基因及基因簇,通過錨蛋白與親環(huán)蛋白基因在柑橘不同組織中的差異表達以預(yù)測基因家族成員的潛在功能。本實驗取得以下研究成果:(1)在美國柑橘和中國甜橙基因組中分別篩選出192和205個錨蛋白重復(fù)基因。根據(jù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的不同,將其分為11個亞家族,并發(fā)現(xiàn)亞家族ANK-M、ANK-TM和ANK-BTB在柑橘基因組中顯著擴增。系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果表明,ANK基因根據(jù)根節(jié)點分成5個部分,進化枝結(jié)果表明大多數(shù)進化枝均包含來自二個柑橘基因組的ANK基因,這說明二個物種基因組含有相似數(shù)目和...

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 引言
    1.2 ANK基因家族的研究進展
    1.3 CYP基因家族的研究進展
    1.4 基因家族分析流程及比較基因組學(xué)常用算法
        1.4.1 基因家族分析流程
        1.4.2 BLAST算法
        1.4.3 MAFFT多重序列比對算法
    1.5 研究目的與意義
第二章 柑橘錨蛋白基因家族的篩選,鑒定及表達分析
    2.1 實驗材料
    2.2 實驗方法
        2.2.1 柑橘ANK基因的篩選方法
        2.2.2 柑橘ANK基因的理化性質(zhì)分析
        2.2.3 柑橘ANK基因的保守基序分析
        2.2.4 柑橘ANK基因的系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
        2.2.5 柑橘ANK基因的染色體圖譜及基因簇方法
        2.2.6 柑橘ANK基因的同源基因分析
        2.2.7 柑橘ANK基因的表達譜分析方法
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 柑橘ANK基因的鑒定
        2.3.2 柑橘ANK基因的分類
        2.3.3 柑橘ANK基因的進化分析和進化枝分析
        2.3.4 柑橘ANK基因的保守基序分析
        2.3.5 柑橘ANK基因的染色體圖譜及基因簇分析
        2.3.6 柑橘ANK的同源基因分析
        2.3.7 柑橘ANK基因在四種柑橘組織中的表達譜分析
第三章 柑橘親環(huán)蛋白基因家族的篩選,鑒定及表達分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 數(shù)據(jù)收集
        3.1.2 柑橘CYP的篩選,結(jié)構(gòu)及理化性質(zhì)分析方法
        3.1.3 柑橘CYP的染色體圖譜,基因簇及同源分析方法
        3.1.4 柑橘CYP的進化,保守基序及差異表達分析方法
    3.2 結(jié)果與討論
        3.2.1 柑橘CYP基因家族的篩選,鑒定及理化性質(zhì)分析
        3.2.2 柑橘CYP的系統(tǒng)進化分析
        3.2.3 柑橘CYP的保守結(jié)構(gòu)域分析
        3.2.4 柑橘CYP的染色體圖譜及基因簇分析
        3.2.5 柑橘CYP的同源分析
        3.2.6 柑橘CYP的差異表達分析
文章小結(jié)
參考文獻
致謝
作者簡介
附錄1
附錄2



本文編號：3875316