【目的】獲得龍脷葉(Sauropus spatulifolius Beille)轉(zhuǎn)錄組學(xué)信息特征及黃酮類(lèi)生物合成通路基因�！痉椒ā坎捎酶咄繙y(cè)序平臺(tái)Illumina HiSeq^TM 4000對(duì)龍脷葉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,通過(guò)Trinity 軟件de novo組裝獲得unigene,并基于序列同源性對(duì)unigene進(jìn)行功能注釋和代謝通路分析�！窘Y(jié)果】測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)控后共獲得88 396 692個(gè)高質(zhì)量的reads,通過(guò)de novo 組裝獲得46 600個(gè)unigene,N50長(zhǎng)度為1 441 bp,平均長(zhǎng)度877 bp。其中34 188個(gè)(73.36%)unigene在NR、SwissProt、KOG、GO、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋。其中KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)注釋到6 902個(gè)unigene,涉及132條代謝通路。在龍脷葉中我們共鑒定到56個(gè)unigene涉及類(lèi)黃酮生物合成、9個(gè)unigene參與黃酮和黃酮醇生物合成,2個(gè)unigene參與異黃酮生物合成。同時(shí)還鑒定到1 256個(gè)轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors,TFs)和3 842個(gè)植物抗性基因(R基因)。...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 試驗(yàn)方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 建庫(kù)測(cè)序與拼接組裝
        1.2.3 Unigene的功能注釋
        1.2.4 TFs、R基因和SSRs鑒定分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 龍脷葉轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與de novo組裝
    2.2 龍脷葉轉(zhuǎn)錄組功能注釋
    2.3 KOG功能分類(lèi)
    2.4 GO功能注釋分類(lèi)
    2.5 KEGG代謝通路分析
    2.6 黃酮類(lèi)生物合成基因的鑒定
    2.7 轉(zhuǎn)錄組中TFs和R基因分析
    2.8 轉(zhuǎn)錄組中SSRs標(biāo)記位點(diǎn)分布
3 討論
4 結(jié)論



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