目的:運用生物信息學(xué)方法探究胃癌組織中的差異表達基因(DEGs)。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)集并篩選出胃癌DEGs,利用GO和KEGG分析對DEGs進行功能和通路注釋,同時使用String數(shù)據(jù)庫和Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI),篩選出核心基因,結(jié)合Kaplan-Meier plotter數(shù)據(jù)庫對篩選出的DEGs進行預(yù)后分析。結(jié)果:共篩選出2 773個DEGs,其中1 423個上調(diào),1 350個下調(diào)。選擇COL1A1、COL1A2、BGN等作為10個核心基因并進行預(yù)后分析,除COL5A2外,其余基因的上調(diào)均影響胃癌患者的總體生存率。結(jié)論:COL1A1、COL1A2、BGN等DEGs可能參與胃癌的發(fā)生發(fā)展,與胃癌患者的預(yù)后相關(guān),可以作為胃癌潛在的預(yù)測指標(biāo)和治療靶點。

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【文章目錄】：
1 資料與方法
    1.1 資料
    1.2 方法
        1.2.1 DEGs的篩選
        1.2.2 DEGs的基因本體論(gene ontology,GO)富集分析與京都基因與基因組百科全書(the kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析
        1.2.3 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和核心基因的篩選
    1.3 核心基因的預(yù)后分析
2 結(jié)果
    2.1 篩選DEGs
    2.2 胃癌DEGs的生物過程分析
    2.3 胃癌DEGs參與的信號通路分析
    2.4 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和核心基因鑒定
    2.5 核心基因的預(yù)后分析
3 討論



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