發(fā)布時間：2017-05-21 20:24

  本文關(guān)鍵詞：全基因組外顯子測序搜尋一例家族性進(jìn)行性色素沉著和色素減退家系的致病基因，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景家族性進(jìn)行性色素沉著和色素減退癥(familial progressive hyperpigmentation and hypopigmentation,FPHH)是一種外顯率降低的常染色體顯性遺傳性色素異常性皮膚病,于1971年chernosky等人首次報道發(fā)現(xiàn)。臨床特征為彌漫性不同程度的色素沉著、咖啡斑、較大桉樹葉狀色素減退斑,通常累及面、頸、軀干和四肢�；颊叱錾鷷r或出生幾月后發(fā)病,皮損大小及數(shù)量隨年齡增長而逐漸增加。有報道部分家系中患者存在智力缺陷和生長發(fā)育障礙。2011年Amyere等首次提出FPHH這個概念,并對7例伴雀斑樣痣的FPHH家系(5例德國家系、1例美國家系和1例丹麥家系)進(jìn)行全基因組參數(shù)與非參數(shù)多點連鎖分析和單倍型分析,將其致病基因定位于染色體12q21.12-q22區(qū)域;其中4例家系中檢測到KITLG基因3種突變c.107AG(p.Asn36Ser)、c.98TC(p.Val33Ala)、c.100AC(p.Thr34Pro)。目的(1)對1例常染色體顯性遺傳的漢族家族性進(jìn)行性色素沉著和色素減退進(jìn)行臨床研究,探討FPHH的臨床特點。(2)進(jìn)行KITLG基因突變檢測,探討是否由該基因引起該家系發(fā)病。(3)應(yīng)用中華芯片進(jìn)行連鎖分析,確定致病基因的染色體定位。(4)選擇該家系中1個患者和2個正常個體進(jìn)行全基因組外顯子測序,以搜尋該家系的致病基因,從而進(jìn)一步闡明該家系發(fā)病分子遺傳學(xué)機(jī)制。方法(1)對該家系中的所有患者進(jìn)行遺傳流行病學(xué)調(diào)查和體格檢查。(2)采集家系中的14個樣本(8例患者,6例正常對照)和200例家系外無血緣關(guān)系的正常個體對照外周抗凝血樣本,采用Qiagen試劑盒提取所有樣本的基因組DNA;(3)應(yīng)用Primer Premier 5.0軟件對已報道的FPHH致病基因KITLG基因的全部外顯子及其倆側(cè)的側(cè)翼序列區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計,應(yīng)用降落式PCR擴(kuò)增目的片段后,應(yīng)用ABI3730XL測序儀將所擴(kuò)增目的片段進(jìn)行sanger直接測序驗證有無致病突變。(4)使用Illumina中華芯片對獲得DNA樣本的家系中14名成員進(jìn)行基因分型,獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行家系連鎖定位分析,獲得一段連鎖區(qū)域。(5)Hi Seq2500高通量測序儀對該家系2例正常對照(III:11,III:18)和1例患者(II:I0)進(jìn)行全基因外顯子測序,獲得數(shù)據(jù)經(jīng)過過濾、比對后,結(jié)果與連鎖定位區(qū)域進(jìn)行比對,選擇處連鎖定位區(qū)域內(nèi)的變異位點進(jìn)行Sanger測序驗證。(6)如果未在連鎖定位區(qū)域內(nèi)找到變異位點或未在外顯子組區(qū)域驗證出基因型-表型共分離位點,應(yīng)將搜索范圍擴(kuò)大到整個外顯子組,通過功能預(yù)測軟件如SIFT、Poly Phen選擇可能有害變異位點,應(yīng)用Sanger測序驗證。結(jié)果(1)常染色體顯性FPHH的臨床特征出生時或出生幾月后發(fā)病,皮損表現(xiàn)為彌漫性不同程度的色素沉著、咖啡斑、較大桉樹葉狀色素減退斑,通常累及面、頸、軀干和四肢,且皮損大小及數(shù)量隨年齡增長而逐漸增加。(2)Sanger測序結(jié)果顯示KITLG基因的所有外顯子和側(cè)翼序列未發(fā)現(xiàn)致病性突變。(3)Illumina中華芯片連鎖分析未發(fā)現(xiàn)與該家系相連鎖的染色體區(qū)域;(4)家系中的2例正常對照(III:11,III:18)和1例病例(II:I0)進(jìn)行全基因組外顯子測序,所獲得的全部數(shù)據(jù)在db SNP,Hapmap8等數(shù)據(jù)以及病例對照之間進(jìn)行篩查,最終得到186個SNP位點和31個Indels變異。使用SIFT、Polyphen軟件進(jìn)行預(yù)測,獲得22個可能有害的變異位點,Sanger測序未發(fā)現(xiàn)致病性突變。結(jié)論:(1)在該FPHH家系中未有檢測到KITLG基因致病性突變,提示FPHH存在遺傳異質(zhì)性。(2)應(yīng)用Ilumina中華bread8芯片定位該FPHH家系連鎖區(qū)域,并未得到有意義的連鎖信號,推測該芯片適合大規(guī)模散發(fā)病例的連鎖定位研究,不適合單基因小家系的研究。(3)應(yīng)用全基因組外顯子測序和Sanger測序未有發(fā)現(xiàn)該家系的致病基因,需要采用新的研究策略進(jìn)行搜尋該家系的致病基因。
【關(guān)鍵詞】：常染色體顯性色素異常性疾病 家族性進(jìn)行色素沉著和色素減退突變 KITLG 基因
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R758.4
【目錄】：

• 中英文縮略對照表6-7
• 中文摘要7-9
• Abstract9-11
• 1.引言11-15
• 2.實驗研究材料15-21
• 2.1 研究對象15-17
• 2.2 實驗試劑17-19
• 2.3 實驗儀器19-21
• 3.實驗研究分析軟件和電子數(shù)據(jù)庫21-22
• 4.實驗方法和步驟22-42
• 4.1 基因組DNA的提取22-23
• 4.2 KITLG基因引物設(shè)計、稀釋和保存23-25
• 4.3 PCR反應(yīng)25-28
• 4.4 PCR片段測序28-29
• 4.5 測序結(jié)果分析29-30
• 4.6 Illumina HumanOmniZhongHua-8 BeadChip芯片的連鎖定位分析30-32
• 4.7 全基因組外顯子測序32-41
• 4.8 全基因外顯子篩查數(shù)據(jù)進(jìn)行靶基因Sanger測序驗證41-42
• 5.實驗結(jié)果42-52
• 5.1 1 例常染色體顯性的家族性進(jìn)行性色素沉著和色素減退癥（FPHH）的臨床體征42-46
• 5.2 KITLG基因突變檢測結(jié)果46-47
• 5.3 中華芯片芯片分型定位結(jié)果47-49
• 5.4 全基因外顯子數(shù)據(jù)49-52
• 6. 討論52-56
• 7.結(jié)論56-57
• 8.參考文獻(xiàn)57-61
• 附錄61-63
• 致謝63-64
• 課題綜述 遺傳性色素性皮膚病的研究進(jìn)展64-73
• 參考文獻(xiàn)71-73

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 ;我國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)房顫致病基因[J];中國臨床康復(fù);2003年09期

2 ;上�？茖W(xué)家發(fā)現(xiàn)一智障致病基因[J];生物學(xué)教學(xué);2012年12期

3 王丹;周敬華;曹學(xué)兵;;常染色體隱性遺傳肢帶型肌營養(yǎng)不良癥致病基因研究進(jìn)展[J];國際神經(jīng)病學(xué)神經(jīng)外科學(xué)雜志;2007年03期

4 ;華裔博士楊平發(fā)現(xiàn)肺癌致病基因[J];養(yǎng)生大世界;2010年05期

5 劉文玲,胡大一;家族性預(yù)激綜合征致病基因的發(fā)現(xiàn)[J];中國心臟起搏與心電生理雜志;2001年06期

6 余家駒;智力為何與某些疾病伴生?——德系猶太人的高智商可能與他們帶有的某些致病基因有關(guān)[J];世界科學(xué);2005年07期

7 任翔,梁直厚,姚淇,劉木根;肢帶型肌營養(yǎng)不良一家系致病基因排除性定位[J];華中科技大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2005年09期

8 沈軼;曹國凡;蔣沁;;原發(fā)性開角型青光眼三個致病基因的研究進(jìn)展[J];眼視光學(xué)雜志;2008年02期

9 丁華新,楊曉蘇;兒童型脊髓性肌萎縮癥致病基因的研究進(jìn)展[J];中國當(dāng)代兒科雜志;2003年03期

10 李謀,余利紅,劉小林,孫志賢,張成崗;原發(fā)性紅斑性肢痛癥致病基因研究進(jìn)展[J];國外醫(yī)學(xué).遺傳學(xué)分冊;2005年04期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 康曉靜;唐小輝;;表皮松解性掌跖角化病一維吾爾家系致病基因研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第十五次全國皮膚性病學(xué)術(shù)會議論文集[C];2009年

2 卓業(yè)鴻;李秀梅;段山;侯飛;王梅;李亮;葛堅;;廣東普寧原發(fā)性開角型青光眼候選致病基因和臨床特征的研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第十二屆全國眼科學(xué)術(shù)大會論文匯編[C];2007年

3 何君;王培光;楊春俊;楊森;張學(xué)軍;;原發(fā)性紅斑肢痛癥致病基因研究進(jìn)展[A];中華醫(yī)學(xué)會第14次全國皮膚性病學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2008年

4 鄭多;潘乾;劉征;席興華;劉小平;胡正茂;夏昆;夏家輝;;一個常染色體顯性遺傳視網(wǎng)膜色素變性家系致病基因的定位與鑒定[A];中國的遺傳學(xué)研究——中國遺傳學(xué)會第七次代表大會暨學(xué)術(shù)討論會論文摘要匯編[C];2003年

5 崔勇;楊森;高敏;陳建軍;嚴(yán)開林;肖風(fēng)麗;王培光;張學(xué)軍;;進(jìn)行性對稱性紅斑角化癥致病基因的染色體定位[A];中華醫(yī)學(xué)會第十二次全國皮膚性病學(xué)術(shù)會議論文集[C];2006年

6 王玉萍;楊康鵑;;先天性特發(fā)性眼球震顫致病基因研究現(xiàn)狀[A];東北三省及內(nèi)蒙古地區(qū)遺傳學(xué)研究進(jìn)展學(xué)術(shù)研討會論文匯編[C];2009年

7 張向陽;溫景敏;楊威;王程;高魯娜;鄭良宏;周專;姚鏡;張學(xué);劉靜宇;;一個新的疼痛致病基因鑒定與分子致病機(jī)制研究[A];第十二次全國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2014年

8 翟猛;林鵬飛;毛飛;孫文杰;劉奇跡;焉傳祝;龔瑤琴;;遺傳性痙攣性截癱家系致病基因突變分析[A];第十二次全國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2014年

9 杜鵑;沈璐;唐北沙;;新的AD-HSP致病基因初步定位研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第十三次全國神經(jīng)病學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2010年

10 夏憶;柯鐵;吳小艷;金潤銘;;先天性長QT綜合征治病基因的研究進(jìn)展[A];中華醫(yī)學(xué)會第十七次全國兒科學(xué)術(shù)大會論文匯編（下冊）[C];2012年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 記者 唐先武;我科學(xué)家發(fā)現(xiàn)三個反常性痤瘡致病基因[N];科技日報;2010年

2 記者 葉又紅;中外攜手尋找致病基因[N];文匯報;2000年

3 通訊員 萬霞 張雯怡 記者 劉志偉;我科學(xué)家發(fā)現(xiàn)特發(fā)性基底節(jié)鈣化致病基因[N];科技日報;2012年

4 黃敏;非煙民為何患肺癌？致病基因已找到[N];新華每日電訊;2010年

5 盧蘇燕;中法科學(xué)家發(fā)現(xiàn)房顫致病基因——ＫＣＮＱ１[N];經(jīng)濟(jì)參考報;2003年

6 蔚然;中國科學(xué)家首次發(fā)現(xiàn)房顫致病基因[N];山東科技報;2003年

7 記者褚寧;首次發(fā)現(xiàn)：房顫致病基因[N];解放日報;2003年

8 馮立中 朱梅福;“花手花臉”致病基因藏身染色體[N];健康報;2003年

9 記者 高翔;我國專家克隆出顱內(nèi)鈣化致病基因[N];健康報;2012年

10 記者田泓;我科學(xué)家發(fā)現(xiàn)家族性心房顫動致病基因[N];人民日報;2003年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 戴禮猛;先天性并指（趾）畸形和先天性厚甲癥家系致病基因鑒定及功能研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2015年

2 徐浩;213例男性孤立性促性腺激素釋放激素缺乏癥患者的臨床特征及初步致病基因分析[D];華中科技大學(xué);2015年

3 吳舜堯;基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的致病基因檢測研究[D];青島大學(xué);2014年

4 谷峰;遺傳性白內(nèi)障致病基因的定位及其突變分析[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2006年

5 劉奇跡;Smith-Fineman-Myers綜合征致病基因的精細(xì)定位及候選基因分析[D];山東大學(xué);2005年

6 姜yN群;遺傳性對稱性色素異常癥致病基因的定位和突變研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2004年

7 張?zhí)鞎?兩種遺傳性眼病致病基因的定位與突變研究[D];中國醫(yī)科大學(xué);2008年

8 劉嘉利;三例遺傳性牙本質(zhì)發(fā)育不全Ⅱ型家系致病基因的定位研究[D];中國人民解放軍第四軍醫(yī)大學(xué);2003年

9 柳青;遺傳性對稱性色素異常癥致病基因的突變鑒定和功能分析[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2005年

10 王英;遺傳性牙本質(zhì)發(fā)育不全Ⅱ型致病基因的定位與克隆[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2001年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 方明宏;基于熱擴(kuò)散模型的致病基因預(yù)測方法研究[D];華中師范大學(xué);2015年

2 周元珂;基于人類基因連接組的視網(wǎng)膜色素變異致病基因預(yù)測[D];青島大學(xué);2015年

3 曾磊;全基因組外顯子測序搜尋一例家族性進(jìn)行性色素沉著和色素減退家系的致病基因[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2016年

4 劉笑逸;基于異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)模型的致病基因預(yù)測算法[D];西安電子科技大學(xué);2013年

5 劉青;基于相互作用網(wǎng)絡(luò)的致病基因預(yù)測方法研究[D];中南大學(xué);2013年

6 高次子;一原發(fā)性開角型青光眼家系的臨床特點及致病基因的篩查[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2011年

7 鄭甄甄;原發(fā)性開角型青光眼大家系致病基因篩查研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2014年

8 劉芳;遺傳性泛發(fā)性色素異常癥一家系致病基因的定位分析[D];華中科技大學(xué);2010年

9 王春;常染色體顯性遺傳夜發(fā)性額葉癲癇新致病基因捕獲及驗證[D];南方醫(yī)科大學(xué);2013年

10 王娜;泛發(fā)性色素異常癥致病基因的分離與功能分析[D];濟(jì)南大學(xué);2013年

  本文關(guān)鍵詞：全基因組外顯子測序搜尋一例家族性進(jìn)行性色素沉著和色素減退家系的致病基因，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：384755