單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的發(fā)展產(chǎn)生了大量有價(jià)值的數(shù)據(jù),其中最典型的就是單細(xì)胞RNA測(cè)序(single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)數(shù)據(jù),對(duì)這些數(shù)據(jù)的分析可以識(shí)別未知的細(xì)胞亞型、研究腫瘤內(nèi)的異質(zhì)性、篩選腫瘤標(biāo)志物等,進(jìn)而為研究癌癥的發(fā)生發(fā)展過程和臨床診斷提供依據(jù)。研究人員針對(duì)scRNA-seq數(shù)據(jù)的研究提出了很多分析方法,其中也包括一些對(duì)scRNA-seq基因表達(dá)數(shù)據(jù)的分布進(jìn)行研究的方法,但尚未有研究基因表達(dá)差異數(shù)據(jù)分布的方法。本文以scRNA-seq的基因表達(dá)差異數(shù)據(jù)為出發(fā)點(diǎn),觀察各階段數(shù)據(jù)的整體分布形狀,并根據(jù)各階段數(shù)據(jù)的分布特征提出相應(yīng)的分布模型。通過分布模型的參數(shù),可以揭示腫瘤細(xì)胞間的異質(zhì)性。此外,根據(jù)預(yù)先給定的閾值,本文提出的分布模型可以識(shí)別與腫瘤發(fā)生發(fā)展過程高度相關(guān)的基因。從分布的角度研究scRNA-seq數(shù)據(jù),可以為臨床研究腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程提供依據(jù)。本文主要工作如下:(1)以慢性髓系白血病(chronic myeloid leukemia,CML)為例,將其scRNA-seq數(shù)據(jù)按不同患者不同階段進(jìn)行分組,并將各組數(shù)據(jù)與參考態(tài)數(shù)據(jù)作差得到相應(yīng)的基因表...

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.3 行文結(jié)構(gòu)
第二章 stable分布
    2.1 stable分布概述
        2.1.1 stable分布定義
        2.1.2 不同參數(shù)系表征
    2.2 stable分布的概率密度函數(shù)
        2.2.1 直接數(shù)值積分法
        2.2.2 基于FFT的計(jì)算方法
    2.3 參數(shù)估計(jì)
    2.4 本章小結(jié)
第三章 基于sc RNA-seq基因表達(dá)差異數(shù)據(jù)的LSED模型
    3.1 數(shù)據(jù)與方法
        3.1.1 數(shù)據(jù)來源與處理
        3.1.2 LSED模型
    3.2 結(jié)果分析
        3.2.1 基因表達(dá)差異數(shù)據(jù)分析
        3.2.2 模型參數(shù)估計(jì)與擬合效果分析
        3.2.3 模型參數(shù)與基因表達(dá)水平的聯(lián)系
    3.3 本章小結(jié)
第四章 基于sc RNA-seq基因表達(dá)差異數(shù)據(jù)的混合分布模型
    4.1 數(shù)據(jù)與方法
        4.1.1 數(shù)據(jù)來源與處理
        4.1.2 MSND模型
        4.1.3 MSED模型
    4.2 MSND模型的結(jié)果分析
        4.2.1 模型參數(shù)估計(jì)與擬合效果分析
        4.2.2 模型參數(shù)與腫瘤細(xì)胞的聯(lián)系
        4.2.3 篩選腫瘤相關(guān)的基因
    4.3 MSED模型的結(jié)果分析
        4.3.1 MSED模型的參數(shù)估計(jì)與分析
        4.3.2 MSND模型與MSED模型的比較
    4.4 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 總結(jié)
    5.2 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄1:各組基因表達(dá)差異數(shù)據(jù)的描述性統(tǒng)計(jì)結(jié)果
附錄2:LSED模型的參數(shù)估計(jì)結(jié)果
附錄3:MSND模型與MSED模型的參數(shù)估計(jì)結(jié)果
附錄4:EPI組 vs.IMM組在未過濾、過濾低表達(dá)數(shù)據(jù)的GSEA結(jié)果
附錄5:MSED模型與LSED模型的RMSE比較
附錄6:作者在攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文



本文編號(hào)：3816080