普通六倍體小麥(Triticum aestivum L.)是全世界的主要糧食作物之一,硬粒小麥(Triticum durum)也是西方國家制作通心粉的原材料,國內(nèi)外對(duì)小麥屬的進(jìn)化和馴化研究一直高度重視。小麥屬(Triticum)中的一粒、二粒和普通小麥都有野生種和栽培種(或原始栽培種),是研究植物馴化和多倍化難得的材料。小麥屬的馴化對(duì)人類歷史的發(fā)展具有重要的意義,研究小麥屬馴化過程中的關(guān)鍵基因,可以使人們深入了解小麥的馴化。本研究對(duì)小麥屬的烏拉爾圖小麥(Triticum urartu)、栽培一粒小麥(Triticum mon ococcum)、野生二粒小麥(Triticum dicoccoides)、硬粒小麥、斯卑爾脫小麥(Triticum spelta)和中國春6個(gè)物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,通過SNP位點(diǎn)和表達(dá)量方面的差異探索小麥的馴化,結(jié)果如下:(1)以烏拉爾圖小麥為例,評(píng)估Trinity無參組裝質(zhì)量。利用blastn軟件對(duì)Trinity無參組裝和參考CDS序列進(jìn)行比對(duì)。對(duì)blastn比對(duì)的結(jié)果統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn):無參組裝的結(jié)果中,絕大多數(shù)參考CDS序列可以在結(jié)果中找到相似的序列,但Trinity...

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

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中文摘要
Abstract
1 引言
    1.1 小麥屬概述
        1.1.1 小麥屬分類
        1.1.2 小麥屬的進(jìn)化
    1.2 作物的馴化
        1.2.1 馴化的研究現(xiàn)狀
        1.2.2 小麥屬的馴化
        1.2.3 多倍化與作物馴化
    1.3 小麥屬轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        1.3.1 測(cè)序技術(shù)
        1.3.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序組裝技術(shù)
        1.3.3 小麥屬參考基因組
    1.4 研究目的及意義
2 材料和方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
    2.2 RNA提取和質(zhì)量檢測(cè)
    2.3 文庫構(gòu)建及庫檢和上機(jī)測(cè)序
    2.4 測(cè)序數(shù)據(jù)過濾和組裝
    2.5 栽培種和野生種差異檢測(cè)
    2.6 基因功能注釋
3 結(jié)果與分析
    3.1 測(cè)序與組裝
        3.1.1 測(cè)序質(zhì)量
        3.1.2 參考基因組質(zhì)量
        3.1.3 無參組裝結(jié)果評(píng)估
        3.1.4 有參組裝過程和結(jié)果
    3.2 差異基因分析
        3.2.1 SNP位點(diǎn)深度
        3.2.2 SNP位點(diǎn)堿基突變方向
        3.2.3 SNP位點(diǎn)在各個(gè)染色體上的分布
        3.2.4 SNP位點(diǎn)基因功能注釋
        3.2.5 表達(dá)量差異基因分析
4 討論
    4.1 轉(zhuǎn)錄組組裝
    4.2 差異基因分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝



本文編號(hào)：3804360